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零度不結(jié)冰新蟲(chóng) (小有名氣)
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Anneal 優(yōu)化結(jié)構(gòu)的問(wèn)題 已有1人參與
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探討一個(gè)問(wèn)題，文獻(xiàn)中講到通過(guò)MS Focite Anneal得到優(yōu)化后的構(gòu)型，但是在Anneal優(yōu)化的過(guò)程中，得到的兩個(gè)xtd的軌跡文件，一個(gè)是name.xtd一個(gè)是name anneal.xtd，請(qǐng)問(wèn)這兩個(gè)里面分別包含的是那幾步過(guò)程的軌跡。在選取最優(yōu)構(gòu)型時(shí)是通過(guò)計(jì)算比較Hamiltonian大小排序選擇，還是通過(guò)計(jì)算total energy計(jì)算選擇。 還有一個(gè)問(wèn)題，就是在進(jìn)行Anneal的過(guò)程中Geometry Optimization這個(gè)選項(xiàng)勾選上對(duì)結(jié)果有什么影響，定義中GO過(guò)程是對(duì)每一步Anneal cycle產(chǎn)生的low energy 進(jìn)行Minimize然后輸出，不知道這種結(jié)果和不選擇G.O相比較會(huì)有什么不同呢，或者說(shuō)GO過(guò)程是如何優(yōu)化構(gòu)型的呢？ |
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零度不結(jié)冰
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2樓2012-03-02 11:23:07
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-04-12 16:47:54
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-04-12 16:47:54
| go是通過(guò)對(duì)勢(shì)能求最小值得到最穩(wěn)態(tài)的，具體方法是結(jié)構(gòu)優(yōu)化的各種方法，看ms幫助文件theory去吧。輸出兩個(gè)軌跡文件，一個(gè)是設(shè)置里面不是有每多少步輸出一個(gè)構(gòu)象？另一個(gè)是每個(gè)退火周期后輸出的。go是對(duì)每個(gè)退火周期輸出構(gòu)象的優(yōu)化。 |
3樓2012-04-12 16:11:53
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