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hshzhq

銅蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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[交流] 如何P一個(gè)全長(zhǎng)基因？

現(xiàn)在P某個(gè)基因的CDS全長(zhǎng)序列，一般是按照ATG開(kāi)頭和TGA/TAG結(jié)尾設(shè)計(jì)20個(gè)以上的引物，那么如果引物序列是在20-30個(gè)長(zhǎng)的話，需要注意哪些信息才能設(shè)計(jì)出比較好的優(yōu)化的引物呢？
平常大家都說(shuō)25、26個(gè)左右就可以了，但是做實(shí)驗(yàn)當(dāng)然希望能優(yōu)化一下比較好，一般大家是用哪種軟件優(yōu)化的？

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1樓 2012-03-01 11:04:37

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hongqifei

木蟲(chóng) (小有名氣)

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★ ★
hshzhq(金幣+1):謝謝參與
小丹木木(金幣+1): 鼓勵(lì) 2012-03-01 17:05:06

設(shè)計(jì)引物可以試試NCBI的在線工具Primer-BLAST
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tool ... ?LINK_LOC=BlastHome

擴(kuò)基因全長(zhǎng)建議采用巢式PCR。先設(shè)計(jì)一對(duì)質(zhì)量較高、產(chǎn)物較大（至少包含基因的編碼區(qū)全長(zhǎng)）的引物，擴(kuò)出目的片段后作為模板，再用用于分子克隆的引物擴(kuò)增。

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3樓2012-03-01 12:46:22

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eagle00768

木蟲(chóng) (小有名氣)

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★ ★
hshzhq(金幣+1):謝謝參與
小丹木木(金幣+1): 鼓勵(lì) 2012-03-01 17:04:53

用DNAMAN試試，我們一般用這個(gè)設(shè)計(jì)出來(lái)的引物效果還不錯(cuò)，把引物序列輸進(jìn)去，然后它會(huì)給你分析有沒(méi)有自連現(xiàn)象，也會(huì)出來(lái)退火溫度和GC含量等，一般GC含量選用40%-60%，兩條引物之間的退火溫度不要相差太大，最好不要超過(guò)15度吧，長(zhǎng)度的話，我一般都是先輸入21個(gè)堿基，然后再根據(jù)分析的結(jié)果進(jìn)行調(diào)整。不知道這個(gè)對(duì)你有沒(méi)有幫助

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2樓2012-03-01 11:11:03

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22148942

新蟲(chóng) (初入文壇)

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小丹木木(金幣+2): 鼓勵(lì) 2012-03-03 11:46:06

1 對(duì)于已知基因，可以在編碼區(qū)兩端設(shè)計(jì)引物，直接擴(kuò)增就可以了，然后總RACE，擴(kuò)增基因全長(zhǎng)；
2 如果要從某個(gè)基因家族里獲取相應(yīng)基因，可以通過(guò)基因序列比對(duì)，在高度保守區(qū)內(nèi)設(shè)計(jì)引物，進(jìn)行擴(kuò)增后測(cè)序，根據(jù)測(cè)序結(jié)果設(shè)計(jì)合適的引物做RACE，就可以得到基因的全長(zhǎng)了

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4樓2012-03-02 15:03:55

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華曄-123

銅蟲(chóng) (初入文壇)

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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖

引用回帖:

4樓: Originally posted by 22148942 at 2012-03-02 15:03:55:
1 對(duì)于已知基因，可以在編碼區(qū)兩端設(shè)計(jì)引物，直接擴(kuò)增就可以了，然后總RACE，擴(kuò)增基因全長(zhǎng)；
2 如果要從某個(gè)基因家族里獲取相應(yīng)基因，可以通過(guò)基因序列比對(duì)，在高度保守區(qū)內(nèi)設(shè)計(jì)引物，進(jìn)行擴(kuò)增后測(cè)序，根據(jù)測(cè)序結(jié) ...

我是菜鳥(niǎo).....擴(kuò)增出來(lái)后為什么還要RCSE，直接純化測(cè)序不行嗎？

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6樓2012-03-09 23:36:41

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