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[求助]
gromacs 模擬的一個(gè)條件判斷
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請(qǐng)教大家一個(gè)技術(shù)性問(wèn)題： 我現(xiàn)在用gromacs想模擬一個(gè)體系，采用NPT系宗，semiisotropic 加壓的方法給模擬體系施加一個(gè)側(cè)向壓力，當(dāng)模擬的盒子在xy平面的邊長(zhǎng)大于20nm的時(shí)候，施加側(cè)正向壓力，使盒子壓縮，當(dāng)壓縮到20nm的時(shí)候，改為側(cè)向負(fù)壓力，使盒子擴(kuò)張當(dāng)盒子擴(kuò)張到50nm的時(shí)候，再壓縮。如此循環(huán)模擬，我要做5個(gè)這樣的循環(huán)，如何在gromacs中設(shè)置呢？ 非常感謝各位指教 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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jiaoyixiong(金幣+10): ★有幫助 thanks a lot 2012-03-02 13:58:43
jiaoyixiong(金幣+10): ★有幫助 thanks a lot 2012-03-02 13:58:43
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嗯, 如果你一定要知道在不同壓力下盒子的響應(yīng)(體積變化), 那么可以設(shè)定一系列的壓力值, 將NPT串起來(lái)跑. 更進(jìn)一步, 如果你只是希望看到盒子在x, y方向的變化, 那么可以在模擬過(guò)程中, 將z方向fix. 只是想法而已, 供你參考一下, 并不一定是最優(yōu)的方案. 但是原則上我覺(jué)得你的想法是可以實(shí)現(xiàn)的. |
3樓2012-03-02 10:46:56
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong(金幣+10): ★有幫助 非常感謝，我是需要在體系中施加壓力的作用而產(chǎn)生變化。 2012-03-02 10:38:12
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong(金幣+10): ★有幫助 非常感謝，我是需要在體系中施加壓力的作用而產(chǎn)生變化。 2012-03-02 10:38:12
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回答不了在gromacs里面怎么實(shí)現(xiàn)你的想法, 但是看你描述, 你想讓體系在20nm和50nm之間振蕩. 如果不是很關(guān)注在指定的壓力下體系的變化(猜想這是你用NPT的原因?), 是不是可以用NVT, 將幾步模擬串起來(lái)跑? 比如 DO I = 1, 5 (1) NVT, x=y=20nm, run for 1ns for equilibrium, followed by another 10 ns for statistics; (2) NVT, x=y=50nm, run for 1ns for equilibrium, followed by another 10 ns for statistics; END DO 我在lammps就常采用類(lèi)似的做法. |
2樓2012-03-02 09:11:30
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