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木蟲 (小有名氣)

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[求助] 請(qǐng)教關(guān)于模擬退火的問題

今天上午在郵件列表里看到一個(gè)教授回復(fù)的內(nèi)容，他提到可以用模擬退火的方法讓體系能快速平衡，原文如下：
http://lists.gromacs.org/piperma ... January/013820.html有幾個(gè)問題請(qǐng)教一下：
1. 教授指出，他是對(duì)膜進(jìn)行退火，之后再添加水分子，那是否可以將體系準(zhǔn)備完成后再退火，將體系分為各個(gè)溫度組進(jìn)行退火？
2. 如果可以，那模擬的順序是什么呢，我做的是油-表面活性劑-水-表面活性劑-油的體系，是不是應(yīng)該這樣，em-annealing-nvt-npt....
4. 退火產(chǎn)生速度嗎，需要不需要在后面的模擬里面用gen_vel=yes產(chǎn)生速度？
5. 退火對(duì)系綜的要求是什么，npt可以嗎，是不是只需要將退火那部分參數(shù)加到mdp文件中即可，其中把ref_t扔掉
6. annealing_time，annealing_temp的設(shè)置有什么注意的嗎？希望大家能貼一個(gè)正確的mdp出來讓小弟參考一下。

這么多問題，麻煩大家了，剛接觸退火，不知道里面說的有問題沒，請(qǐng)大家指正。

回復(fù)此樓

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1樓 2012-03-03 16:36:24

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