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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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可米kemi

銀蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 藥物分析

[求助] 生成熱（HF）結(jié)果與其中氫鍵作用力等分析結(jié)果相反，求解。

大家好：
我對(duì)某藥和環(huán)糊精的包合物進(jìn)行NBO計(jì)算.結(jié)果打開計(jì)算結(jié)果的文本框后發(fā)現(xiàn)：
在文本的最后結(jié)果中R構(gòu)型的HF=-5363.6520546，S構(gòu)型的HF=-5363.64425.
那按理來(lái)說(shuō)應(yīng)該R型的穩(wěn)定些。（和實(shí)驗(yàn)結(jié)果也符合）
結(jié)果在做其中氫鍵、靜電作用、偶極作用分析的時(shí)候，問(wèn)題來(lái)了。
1.氫鍵分析中，S構(gòu)型的E(2)略微比R構(gòu)型的大些，當(dāng)然這一塊我自己本身也還存在懷疑，因?yàn)殛P(guān)于氫鍵的數(shù)據(jù)我有些拿捏不準(zhǔn)應(yīng)該選那些。是應(yīng)該選E(2)>2.09KJ/MOL的，還是只要符合能形成氫鍵的都選上。如果是后者的話，那就太多了，象o....H-O，F(xiàn)....H-O，特別是C-H.....H-C。
2.然后是靜電作用，我把包合物中的小分子拿出來(lái)，然后算出小分子的總電荷，結(jié)果R是 -0.00497 ，S是-0.01196（原本未包結(jié)的小分子電荷為0），根據(jù)每0.0001個(gè)電荷轉(zhuǎn)移相當(dāng)于4。18709KJ/MOL能量，那不是S>R？
3.然后是偶極相互作用R=12.0947 , S=14.7282 .
請(qǐng)高手幫我分析分析到底是哪里出了問(wèn)題，謝謝。

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1樓 2012-03-06 23:27:51

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showcat

金蟲 (小有名氣)

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請(qǐng)問(wèn)，你是如何將氫鍵作用、靜電作用和偶極作用區(qū)分開的呢？我的理解是氫鍵作用和偶極-偶極作用應(yīng)該都屬于靜電作用，所以想請(qǐng)教一下，你用的什么級(jí)別的泛函什么關(guān)鍵詞呢？

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化工人，初入計(jì)算領(lǐng)域

2樓2012-04-14 10:38:28

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