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sdzjc1988木蟲 (小有名氣)
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[求助]
求教：LAMMPS中DNA的分子建模
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| 求教, 本人想用LAMMPS做DNA的分子動力學(xué)模擬，但不知道如何獲得DNA的data文件，請問有人知道如何構(gòu)建DNA的分子模型嗎？多謝指點，萬分感謝~~ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
sdzjc1988: 金幣+2 2012-03-23 08:40:50
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-03-25 16:10:43
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zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-03-25 16:10:43
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做DNA相關(guān)的模擬，推薦使用NAMD或者gromacs吧，這兩款更適合做生物分子模擬，你找找相關(guān)的文獻，很少用lammps做。 lammps更適合做材料相關(guān)的模擬，而且lammps處理生物分子相關(guān)的模擬的適合，很多重要的信息處理起來很麻煩，比如殘基，鏈等相關(guān)的信息。 DNA分子建模參考NAMD手冊，介紹的非常非常詳細。 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ Modeling Nanopores for Sequencing DNA 這部分 |
3樓2012-03-23 08:28:35
sdzjc19885樓2012-03-23 08:34:50
★ ★ ★
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-03-26 21:02:32
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-03-26 21:02:32
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你沒有認真看我的回復(fù)哦，我上面給出的鏈接里就有非常詳細的建模過程，當然有DNA分子的勢函數(shù)，這個用的是CHARMM勢 好吧，大家都還是新手，都希望得到的幫助越詳細越好，http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html 這個就是charmm力場的下載地址 [ Last edited by jiaoyixiong on 2012-3-25 at 19:01 ] |
9樓2012-03-25 18:58:33
wangzg9292
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2樓2012-03-23 08:18:50
4樓2012-03-23 08:29:07
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6樓2012-03-23 08:38:47
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7樓2012-03-23 08:40:01
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8樓2012-03-25 10:56:56
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10樓2012-03-26 08:42:26
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