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mxt001銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
Amber MM_PBSA報(bào)錯(cuò)
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小弟在計(jì)算MM_PBSA最后一步的binding時(shí)，出現(xiàn)以下報(bào)錯(cuò)： /usr/local/amber8/exe/pbsa -O -i pbsa.in -o pbsa_com.1.out -c ../01GenerateSnapshots/snapshots/N-D_com.crd.1 -p ../N-D_complex_vac.prmtop not successful，在生成的pbsa_com.1.out文件里報(bào)錯(cuò)是PB bomb in pb_setgrd(): Allocation aborted 。 我上網(wǎng)搜了搜，試了試大家講的把pbsa.in 里的space改動(dòng)到0.75，1和1.25，把fillratio值加入為3或者是4，結(jié)果還是報(bào)錯(cuò)，pbsa_com.1.out文件末是 PB Bomb in epsbnd(): No neighbor found for exposed boundary grid 92 103 61 請(qǐng)大家不吝賜教�。�！謝謝！ 急急急呀�。�！ |
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mengyan142
木蟲 (小有名氣)
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- 專業(yè): 粉末冶金與粉體工程
你確定你的配體受體設(shè)定的是對(duì)的？ 
2樓2012-06-08 23:26:23
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