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北京石油化工學院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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mxt001

銅蟲 (初入文壇)

應助: 0 (幼兒園)
金幣: 108
帖子: 6
在線: 13.2小時
蟲號: 1170947
注冊: 2010-12-16
專業(yè): 生物信息學

[求助] Amber MM_PBSA報錯

小弟在計算MM_PBSA最后一步的binding時，出現(xiàn)以下報錯： /usr/local/amber8/exe/pbsa -O -i pbsa.in -o pbsa_com.1.out -c ../01GenerateSnapshots/snapshots/N-D_com.crd.1 -p ../N-D_complex_vac.prmtop not successful，在生成的pbsa_com.1.out文件里報錯是PB bomb in pb_setgrd(): Allocation aborted 。
我上網(wǎng)搜了搜，試了試大家講的把pbsa.in 里的space改動到0.75，1和1.25，把fillratio值加入為3或者是4，結(jié)果還是報錯，pbsa_com.1.out文件末是

PB Bomb in epsbnd(): No neighbor found for exposed boundary grid 92
103 61
請大家不吝賜教�。�！謝謝！

急急急呀�。。�

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1樓 2012-03-13 16:12:06

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mengyan142

木蟲 (小有名氣)

應助: 1 (幼兒園)
金幣: 823.6
散金: 86
紅花: 2
帖子: 110
在線: 52.4小時
蟲號: 1089783
注冊: 2010-09-05
性別: MM
專業(yè): 粉末冶金與粉體工程

我最近也在學習這個，

你確定你的配體受體設定的是對的？

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2樓2012-06-08 23:26:23

已閱回復此樓關注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

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