 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3863 | 回復(fù): 6 | ||||
genghuahua銀蟲(chóng) (小有名氣)
|
[求助]
水分子建模方法
|
|
行外人求助，請(qǐng)問(wèn)做分子模擬的朋友，給講一下水分子建模的方法主要有幾種，評(píng)一下優(yōu)劣 [ Last edited by genghuahua on 2012-3-19 at 14:39 ] |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專(zhuān)輯推薦
 我學(xué)習(xí)計(jì)算的一些帖子 | Modeling |
» 猜你喜歡
303求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
有沒(méi)有道鐵/土木的想調(diào)劑南林，給自己招師弟中～
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
梁成偉老師課題組歡迎你的加入
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿蘇州大學(xué)材料工程（085601）專(zhuān)碩有科研經(jīng)歷三項(xiàng)國(guó)獎(jiǎng)兩個(gè)實(shí)用型專(zhuān)利一項(xiàng)省級(jí)立項(xiàng)
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
070300化學(xué)319求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專(zhuān)業(yè)（081702）315分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
290求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
材料與化工求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
293求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 關(guān)于3個(gè)水分子的粗�；�
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 求助：本人新手，想分段同源建模，不知道用什么軟件和方法？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 求助關(guān)于水分子優(yōu)化后的鍵長(zhǎng)鍵角
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 關(guān)于同源建模預(yù)測(cè)蛋白三維結(jié)構(gòu)
已經(jīng)有4人回復(fù)
- CASTEP建模方法：虛擬晶體近似(VCA)
已經(jīng)有498人回復(fù)
- 求教給配位水分子加氫原子的方法！
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】求助Easy Modeller 的使用
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【專(zhuān)家會(huì)診】bay 討論namd,gmx處理水溶液,蛋白等MD 模擬;討論水及水通道
已經(jīng)有50人回復(fù)
- 【分享】MS晶體建模基本方法（團(tuán)簇模型）
已經(jīng)有36人回復(fù)
- 【求助】也許是小問(wèn)題，但就是搞不定，MS中如何選中相同分子，然后再把他們隱藏起來(lái)？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【原創(chuàng)】從頭建模和從頭計(jì)算
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【討論】如何利用gaussian來(lái)解釋關(guān)于不同合成條件下得到的兩種配合物（50金幣）
已經(jīng)有20人回復(fù)
- 【經(jīng)驗(yàn)】用Modeller補(bǔ)全殘基學(xué)習(xí)心得
已經(jīng)有17人回復(fù)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-03-19 15:56:20
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-03-19 15:56:20
|
賺金幣了，哈哈哈哈 1、vmd 直接就可以添加水分子 2、packmol 由一個(gè)水分子的PDB文件，就可以生產(chǎn)你規(guī)定的個(gè)數(shù)，你想要的形狀 3、還有你可以自己編寫(xiě)程序生成，畢竟水分子只有三個(gè)原子構(gòu)成，拓?fù)浜?jiǎn)單。 前面兩種方法，在論壇里搜索一下，會(huì)有好多好多的介紹。 還有不同的水分子模型的介紹，推薦看lammps的介紹，地址： http://lammps.sandia.gov/doc/Section_howto.html#howto_7 |
2樓2012-03-19 15:22:30
genghuahua
銀蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 358.2
- 帖子: 84
- 在線: 33.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 840340
- 注冊(cè): 2009-09-04
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 催化化學(xué)
3樓2012-03-19 18:13:10
itsok
金蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 1087.3
- 帖子: 192
- 在線: 84.8小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 882687
- 注冊(cè): 2009-10-24
- 性別: MM
- 專(zhuān)業(yè): 工程管理
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
genghuahua: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-03-19 18:51:32
jiaoyixiong: 金幣+5, 贊！ 2012-03-20 08:29:32
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
genghuahua: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-03-19 18:51:32
jiaoyixiong: 金幣+5, 贊！ 2012-03-20 08:29:32
| “rigid model; flexible model; polarizable model 這是建模方法嗎 還是point-charge electrostatic model ?”，這個(gè)準(zhǔn)確說(shuō)來(lái)應(yīng)該是計(jì)算方法，分子模擬要把水分子的勢(shì)能計(jì)算出來(lái)，這里面計(jì)算可以有幾種方法，就是你提到的，rigid剛體模型（忽略鍵長(zhǎng)和鍵角變化）只考略分子間力，而flexible model還要考略化學(xué)鍵的，計(jì)算會(huì)準(zhǔn)確些不好計(jì)算量大耗時(shí)多。因?yàn)樗肿邮菢O性的，所以要考略部分電荷作用即point-charge electrostatic model ，不過(guò)我看到比較多的是簡(jiǎn)單電荷模型（simple point charge），至于你的體系適合用哪種模型，你可以參考相關(guān)的文獻(xiàn)。建模這塊，不知你用什么軟件，一般都可以直接添加原子，或是先建立晶體模型再添加氫和氧原子。個(gè)人也是才接觸分子模擬，不過(guò)發(fā)現(xiàn)很有意思，希望對(duì)你有所幫助吧。 |
4樓2012-03-19 18:23:56
genghuahua
銀蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 358.2
- 帖子: 84
- 在線: 33.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 840340
- 注冊(cè): 2009-09-04
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 催化化學(xué)
5樓2012-03-19 18:50:31
6樓2014-09-03 11:27:26
gaoshan9202
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 132.3
- 帖子: 52
- 在線: 50.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 3797858
- 注冊(cè): 2015-04-09
- 專(zhuān)業(yè): 傳熱傳質(zhì)學(xué)
7樓2015-07-08 20:46:02
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 genghuahua 的主題更新
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專(zhuān)業(yè)（081702）315分求調(diào)劑 +4 | yangfz 2026-03-17 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料與化工專(zhuān)碩調(diào)劑 +5 | heming3743 2026-03-16 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 278求調(diào)劑 +3 | Yy7400 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料專(zhuān)碩326求調(diào)劑 +5 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 國(guó)自科面上基金字體 +6 | iwuli 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷 +3 | 生物工程調(diào)劑 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑0703 +8 | 啊我我的 2026-03-11 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程調(diào)劑 +6 | 大可digkids 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +5 | 大米飯！ 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑 +10 | 小樓。 2026-03-12 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +6 | ytter 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑 +3 | 自由煎餅果子 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 招收0805（材料）調(diào)劑 +3 | 18595523086 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 279求調(diào)劑 +3 | 抓著星星的女孩 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工求調(diào)劑一志愿 985 總分 295 +8 | dream…… 2026-03-12 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 求材料調(diào)劑 +5 | 隔壁陳先生 2026-03-12 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +7 | 7712b 2026-03-13 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工 309分請(qǐng)求調(diào)劑 +7 | dtdxzxx 2026-03-12 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +3 | ADT 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑，材料、化工皆可 +8 | 蘇打水7777 2026-03-11 | 10/500 |
|