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小木蟲論壇-學(xué)術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 專家會診 » 水分子建模方法
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genghuahua銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
水分子建模方法
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行外人求助，請問做分子模擬的朋友，給講一下水分子建模的方法主要有幾種，評一下優(yōu)劣 [ Last edited by genghuahua on 2012-3-19 at 14:39 ] |
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genghuahua
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3樓2012-03-19 18:13:10
【答案】應(yīng)助回帖
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zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-03-19 15:56:20
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zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-03-19 15:56:20
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賺金幣了，哈哈哈哈 1、vmd 直接就可以添加水分子 2、packmol 由一個水分子的PDB文件，就可以生產(chǎn)你規(guī)定的個數(shù)，你想要的形狀 3、還有你可以自己編寫程序生成，畢竟水分子只有三個原子構(gòu)成，拓?fù)浜唵巍?br /> 前面兩種方法，在論壇里搜索一下，會有好多好多的介紹。 還有不同的水分子模型的介紹，推薦看lammps的介紹，地址： http://lammps.sandia.gov/doc/Section_howto.html#howto_7 |
2樓2012-03-19 15:22:30
itsok
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【答案】應(yīng)助回帖
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genghuahua: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-03-19 18:51:32
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| “rigid model; flexible model; polarizable model 這是建模方法嗎 還是point-charge electrostatic model ?”，這個準(zhǔn)確說來應(yīng)該是計算方法，分子模擬要把水分子的勢能計算出來，這里面計算可以有幾種方法，就是你提到的，rigid剛體模型（忽略鍵長和鍵角變化）只考略分子間力，而flexible model還要考略化學(xué)鍵的，計算會準(zhǔn)確些不好計算量大耗時多。因為水分子是極性的，所以要考略部分電荷作用即point-charge electrostatic model ，不過我看到比較多的是簡單電荷模型（simple point charge），至于你的體系適合用哪種模型，你可以參考相關(guān)的文獻。建模這塊，不知你用什么軟件，一般都可以直接添加原子，或是先建立晶體模型再添加氫和氧原子。個人也是才接觸分子模擬，不過發(fā)現(xiàn)很有意思，希望對你有所幫助吧。 |
4樓2012-03-19 18:23:56
genghuahua
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5樓2012-03-19 18:50:31
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