 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2435 | 回復(fù): 9 | ||||||||
| 本帖產(chǎn)生 1 個(gè) MolEPI ，點(diǎn)擊這里進(jìn)行查看 | ||||||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||||||||
[交流]
引物設(shè)計(jì)
|
||||||||
|
上游1（含信號(hào)肽） 5’—3’ TTGATCATGATTACACGTC 上游2（不含信號(hào)肽） 5’—3’ 下游 5’—3’ GATCATTGCAGGATCACTAA 引物設(shè)計(jì)的怎么樣啊，用oligo，primer5分析里面數(shù)據(jù)太多，看不懂~~ oligo PCR分析（圖1），得到的數(shù)據(jù)，覺得數(shù)據(jù)怪怪的，上下游引物退火溫度差不多就好了，干嘛還有個(gè)product Tm呢，總結(jié)論也看不懂 上游引物二聚體分析：圖2 下游引物二聚體分析：圖3 上游錯(cuò)配分析：圖4 看不懂，糾結(jié)~~還請(qǐng)各位賜教 引物分析時(shí)要不要把限制性酶堿基，保護(hù)堿基包括在內(nèi)呀~ 圖一（PCR分析） 圖2 上游引物二聚體分析 圖3 下游引物二聚體分析 圖4 上游引物錯(cuò)配率分析 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 分子生物學(xué)資料 | 分子生物 | 【分子生物】EPI帖 | 分子生物實(shí)驗(yàn)相關(guān) |
| 分子生物 |
» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測(cè)：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有185人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測(cè)重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
留學(xué)--博士招生
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
化學(xué)工程，本211，求調(diào)劑，ab區(qū)不限
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
邵陽學(xué)院食品與化學(xué)工程學(xué)院碩士調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
中國(guó)科學(xué)院青島生物能源與過程研究所 招生2-3名聯(lián)培生
+1/179
-
【招聘】清北（濟(jì)南）生物科技招聘AI制藥研發(fā)計(jì)算人才
+1/96
-
南昌航空大學(xué)材料學(xué)院教授/博導(dǎo)團(tuán)隊(duì)招收調(diào)劑研究生
+1/90
-
上海高校招收化學(xué)，材料，環(huán)境，化工等專業(yè)基礎(chǔ)的同學(xué)攻讀碩士研究生
+1/82
-
下一站，欽州
+1/80
-
留學(xué)--博士招生
+1/50
-
雙一流大學(xué)湘潭大學(xué)“化工過程模擬與強(qiáng)化”國(guó)家地方聯(lián)合工程研究中心招收各類博士生
+1/15
-
西北工業(yè)大學(xué)機(jī)電學(xué)院 復(fù)合材料加工制造方向招聘博士后
+1/15
-
南京林業(yè)大學(xué)化工院有機(jī)合成方向碩士招調(diào)劑
+1/14
-
化工畢業(yè)三年轉(zhuǎn)電子信息可行嗎？？各位同行前輩
+1/12
-
26年申博自薦-計(jì)算機(jī)視覺
+1/10
-
南京醫(yī)科大學(xué)-譚磊課題組-誠(chéng)招博士后
+1/10
-
韓國(guó)慶熙大學(xué) Yu Taekyung 教授招2026年博士研究生
+1/10
-
三峽大學(xué)材化學(xué)院能源環(huán)保晶態(tài)材料課題組接收調(diào)劑，招收化學(xué)類碩士
+1/10
-
蘇州初創(chuàng)公司誠(chéng)聘化學(xué)過程工藝與硬件系統(tǒng)工程師
+1/9
-
歡迎來英國(guó)拉夫堡大學(xué)交流-結(jié)晶，蛋白質(zhì)，AI，水處理等
+1/7
-
香港中文大學(xué)（深圳）生物智能制造方向招生-高分子功能材料、智能/仿生材料、生物材料
+1/7
-
歡迎調(diào)劑報(bào)考
+1/6
-
北京石油化工學(xué)院機(jī)器人應(yīng)用技術(shù)研究所2026年招收調(diào)劑研究生！
+1/6
-
天津大學(xué)理學(xué)院分離分析及功能材料研究組招收碩士研究生
+1/1
孫啟亮
金蟲 (著名寫手)
- MolEPI: 6
- 應(yīng)助: 121 (高中生)
- 貴賓: 0.216
- 金幣: 2881.3
- 帖子: 2792
- 在線: 677.4小時(shí)
- 蟲號(hào): 1112263
★
happywyh(金幣+1): 謝謝參與
happywyh(金幣+1): 謝謝參與
| 建議樓主同時(shí)做下primer-blast，看能不能擴(kuò)出來自己想要的片段，網(wǎng)址為http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tool ... ?LINK_LOC=BlastHome 我剛剛幫你blast了一下，發(fā)現(xiàn)什么產(chǎn)物也沒有 |
7樓2012-03-27 13:18:08
atlanticwi
金蟲 (正式寫手)
- MolEPI: 25
- 應(yīng)助: 138 (高中生)
- 金幣: 141.2
- 帖子: 536
- 在線: 313.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 1099992
2樓2012-03-26 17:25:23
atlanticwi
金蟲 (正式寫手)
- MolEPI: 25
- 應(yīng)助: 138 (高中生)
- 金幣: 141.2
- 帖子: 536
- 在線: 313.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 1099992
★ ★ ★
小丹木木: 金幣+3, MolEPI+1, 只能說，非常感謝對(duì)本版的支持！ 2012-03-27 11:37:58
小丹木木: 金幣+3, MolEPI+1, 只能說，非常感謝對(duì)本版的支持！ 2012-03-27 11:37:58
|
嗯.............要不這么來說說吧 1. 首先不明白你上游引物寫了兩個(gè)，為什么分析中只有一個(gè)，觀察你的序列和引物位置，那么就假設(shè)你P的是某基因的CDS全長(zhǎng) 2. 從PCR分析來看，兩引物Tm值相差不大，但較不穩(wěn)定引物與產(chǎn)物Tm值相差達(dá)到32.7度，這個(gè)比較致命，因?yàn)楫a(chǎn)物與引物Tm相差過高，會(huì)引起模板-模板間和模板-引物間的退火競(jìng)爭(zhēng)效應(yīng)，Oligo軟件設(shè)計(jì)官方給出的最大差值是不要超過29度，也有人提出不要超過20度。所以要不增大你引物長(zhǎng)度，適當(dāng)增加引物Tm值，要不依舊使用此引物但采用高退火溫度去P。 3. 以假定你是需要擴(kuò)CDS來講，那么上下游的Dimer實(shí)際并不用考慮過多，只要3‘Dimer不是很嚴(yán)重就可以了，文中觀察你的Dimer中堿基配對(duì)數(shù)量和自由能觀察，你這個(gè)引物基本木有問題。 4. 關(guān)于錯(cuò)配，Primer Premier5中是有錯(cuò)配是否能生成產(chǎn)物的結(jié)論，如果沒有，怎么錯(cuò)配了我們都不管，或是錯(cuò)配產(chǎn)物遠(yuǎn)遠(yuǎn)小于P產(chǎn)物，那么我們也是不管，而Oligo好像是看上頭Primering efficiency的，上游引物第一個(gè)與正義鏈的錯(cuò)配分?jǐn)?shù)較高，但感覺也不會(huì)出現(xiàn)問題。 5. 再說明一下，需要另加的酶切位點(diǎn)和保護(hù)堿基是不算在引物分析之內(nèi)的。 6. 以你就是要P某基因的CDS為例，反正正反開始都限定了，你就選個(gè)合適的引物長(zhǎng)度去P就是了，注意長(zhǎng)度要盡量長(zhǎng)一點(diǎn)，保證高退火下的特異性就可以了。 純屬個(gè)人經(jīng)驗(yàn)，不足之處或說錯(cuò)之處希望高手出現(xiàn)并指正，祝實(shí)驗(yàn)成功  |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
3樓2012-03-26 22:33:37
送鮮花一朵 |
謝謝~~幫助很大 根據(jù)所提的一些要點(diǎn)，我重新設(shè)計(jì)了兩條引物 上游1（含有信號(hào)肽）AAAAAGAACCTGATCATGATTACACGTC 上游2（不含有信號(hào)肽）AGCTTTCCCATCTAGTATTCAA 下游 GATCATTGCAGGATCACTAAAGGAG 上游1：從起始密碼子之前的15個(gè)堿基開始設(shè)計(jì)的 上游2：不含信號(hào)肽的部分不好設(shè)計(jì)，鏈短退火溫度低，鏈長(zhǎng)會(huì)嚴(yán)重的形成3'端二聚體， 這一次的引物設(shè)計(jì)結(jié)果PCR分析數(shù)據(jù)： [ Last edited by happywyh on 2012-3-27 at 10:37 ] |
5樓2012-03-27 10:35:13
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 生物學(xué)學(xué)碩，一志愿湖南大學(xué)，初試成績(jī)338 +6 | YYYYYNNNNN 2026-03-26 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 085405 考的11408求各位老師帶走 +3 | Qiu學(xué)ing 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +4 | AZMK 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料292調(diào)劑 +12 | 橘頌思美人 2026-03-23 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑（080500） +4 | A child 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 279 分 求調(diào)劑 +4 | 睡個(gè)好覺_16 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 305求調(diào)劑 +5 | 哇盧卡庫 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[論文投稿] Journal of Mechanical Science and Technology +3 | Russ_ss 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)338求調(diào)劑！ +6 | Zuhui0306 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 336材料求調(diào)劑 +7 | 陳瀅瑩 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 349求調(diào)劑 +4 | 李木子啊哈哈 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +8 | Auroracx 2026-03-22 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 334分 一志愿武理 材料求調(diào)劑 +4 | 李李不服輸 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)339材料與化工求調(diào)劑 +3 | 江往賣魚 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 086003食品工程求調(diào)劑 +6 | 淼淼111 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[有機(jī)交流]
 有機(jī)合成求助
20+3
|
FENGSHUJEI 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
材料考研調(diào)劑生
+3
|
黃粱一夢(mèng)千年 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑一志愿武漢理工大學(xué)材料工程（085601） +5 | WW.' 2026-03-23 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 277分求調(diào)劑，跨調(diào)材料 +3 | 考研調(diào)劑lxh 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 384求調(diào)劑 +3 | 子系博 2026-03-22 | 6/300 |
|