 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 分子生物 » 綜合其他 » 引物設計
| 10 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2431 | 回復: 9 | ||||||||
| 本帖產(chǎn)生 1 個 MolEPI ，點擊這里進行查看 | ||||||||
[交流]
引物設計
|
||||||||
|
上游1（含信號肽） 5’—3’ TTGATCATGATTACACGTC 上游2（不含信號肽） 5’—3’ 下游 5’—3’ GATCATTGCAGGATCACTAA 引物設計的怎么樣啊，用oligo，primer5分析里面數(shù)據(jù)太多，看不懂~~ oligo PCR分析（圖1），得到的數(shù)據(jù)，覺得數(shù)據(jù)怪怪的，上下游引物退火溫度差不多就好了，干嘛還有個product Tm呢，總結論也看不懂 上游引物二聚體分析：圖2 下游引物二聚體分析：圖3 上游錯配分析：圖4 看不懂，糾結~~還請各位賜教 引物分析時要不要把限制性酶堿基，保護堿基包括在內(nèi)呀~ 圖一（PCR分析） 圖2 上游引物二聚體分析 圖3 下游引物二聚體分析 圖4 上游引物錯配率分析 |
回復此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 分子生物學資料 | 分子生物 | 【分子生物】EPI帖 | 分子生物實驗相關 |
| 分子生物 |
» 猜你喜歡
不合理蛙科研實驗之小鼠實驗：嚴謹設計，解析生命機制的重要載體
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之重金屬檢測：精準篩查，守護健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復
-
化學工程及工業(yè)化學論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有94人回復
-
不合理蛙科研實驗之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標南京
已經(jīng)有0人回復
-
留學--博士招生
已經(jīng)有16人回復
-
化學工程，本211，求調(diào)劑，ab區(qū)不限
已經(jīng)有4人回復
-
邵陽學院食品與化學工程學院碩士調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
【招聘】溫州醫(yī)科大學/附屬醫(yī)院/甌江實驗室李校堃院士團隊誠聘博士后和科研人員
+1/193
-
天津科技大學-（新晉院士團隊）先進纖維與紙基功能材料團隊B+專業(yè)
+1/93
-
天津科技大學生物質(zhì)功能材料研究團隊 碩士招生
+1/93
-
上海電力大學先進儲能電池技術課題組招生
+1/80
-
西京學院土木水利 2026 級研究生招生
+2/40
-
招聘︱國家納米科學中心丁寶全杰青團隊誠聘博士后（特別研究助理）
+2/38
-
福建農(nóng)林大學材料院招收調(diào)劑碩士生
+1/37
-
沈陽農(nóng)業(yè)大學生物與醫(yī)藥招收調(diào)劑生�。。。。。。。。�！
+1/36
-
中國農(nóng)業(yè)大學資源與環(huán)境學院 - 招聘杰出人才（教授-專技四級）、青年研究員、優(yōu)秀人才
+1/14
-
中科院物理所二維材料方向招收推免研究生
+1/13
-
長江大學石油工程學院2026年碩士調(diào)劑招生公告!!!
+1/13
-
課題組招收專業(yè)代碼08開頭的學碩！
+1/9
-
寧夏大學化學化工學院魏逸彬研究員課題組招聘啟事
+1/7
-
【博士招生】廣東工業(yè)大學國家優(yōu)青課題組招收2026年環(huán)境方向博士生
+1/7
-
北京石油化工學院VOCs凈化技術課題組 招收2026級碩士調(diào)劑
+1/7
-
天津工業(yè)大學雙一流高校招博士、碩士、博士后
+1/4
-
武漢紡織大學材料學院招收考研調(diào)劑
+1/2
-
青島大學物理科學學院國家級人才團隊招收材料、物理、能源等相關專業(yè)調(diào)劑碩士研究生
+1/2
-
2026年北京石油化工學院環(huán)境學科-水污染控制工程方向課題組歡迎您
+1/1
-
南昌航空大學擬招收飛行器設計或計算空氣動力學研究方向博士生 1名
+1/1
★ ★ ★
小丹木木: 金幣+3, MolEPI+1, 只能說，非常感謝對本版的支持！ 2012-03-27 11:37:58
小丹木木: 金幣+3, MolEPI+1, 只能說，非常感謝對本版的支持！ 2012-03-27 11:37:58
|
嗯.............要不這么來說說吧 1. 首先不明白你上游引物寫了兩個，為什么分析中只有一個，觀察你的序列和引物位置，那么就假設你P的是某基因的CDS全長 2. 從PCR分析來看，兩引物Tm值相差不大，但較不穩(wěn)定引物與產(chǎn)物Tm值相差達到32.7度，這個比較致命，因為產(chǎn)物與引物Tm相差過高，會引起模板-模板間和模板-引物間的退火競爭效應，Oligo軟件設計官方給出的最大差值是不要超過29度，也有人提出不要超過20度。所以要不增大你引物長度，適當增加引物Tm值，要不依舊使用此引物但采用高退火溫度去P。 3. 以假定你是需要擴CDS來講，那么上下游的Dimer實際并不用考慮過多，只要3‘Dimer不是很嚴重就可以了，文中觀察你的Dimer中堿基配對數(shù)量和自由能觀察，你這個引物基本木有問題。 4. 關于錯配，Primer Premier5中是有錯配是否能生成產(chǎn)物的結論，如果沒有，怎么錯配了我們都不管，或是錯配產(chǎn)物遠遠小于P產(chǎn)物，那么我們也是不管，而Oligo好像是看上頭Primering efficiency的，上游引物第一個與正義鏈的錯配分數(shù)較高，但感覺也不會出現(xiàn)問題。 5. 再說明一下，需要另加的酶切位點和保護堿基是不算在引物分析之內(nèi)的。 6. 以你就是要P某基因的CDS為例，反正正反開始都限定了，你就選個合適的引物長度去P就是了，注意長度要盡量長一點，保證高退火下的特異性就可以了。 純屬個人經(jīng)驗，不足之處或說錯之處希望高手出現(xiàn)并指正，祝實驗成功  |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
happywyh3樓2012-03-26 22:33:37
2樓2012-03-26 17:25:23
4樓2012-03-27 08:48:26
5樓2012-03-27 10:35:13
6樓2012-03-27 12:50:15
★
happywyh(金幣+1): 謝謝參與
happywyh(金幣+1): 謝謝參與
| 建議樓主同時做下primer-blast，看能不能擴出來自己想要的片段，網(wǎng)址為http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tool ... ?LINK_LOC=BlastHome 我剛剛幫你blast了一下，發(fā)現(xiàn)什么產(chǎn)物也沒有 |
7樓2012-03-27 13:18:08
8樓2012-03-27 21:17:50
9樓2012-03-27 22:33:35
10樓2012-03-28 15:30:16
相關版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 happywyh 的主題更新
| 10 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 求調(diào)劑 +7 | 爭取九點睡 2026-03-28 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 生物學學碩，一志愿湖南大學，初試成績338 +5 | YYYYYNNNNN 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
[考研]
 一志愿武漢理工，總分321，英一數(shù)二，求老師收留。
+6
|
nnnnnnn5 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085701環(huán)境工程，267求調(diào)劑 +16 | minht 2026-03-26 | 16/800 |
|
|
|
[材料工程] 一志愿C9材料與化工專業(yè)總分300求調(diào)劑 +8 | 曼111 2026-03-24 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 331環(huán)境科學與工程求調(diào)劑 +3 | 熠然好運氣 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 352分 化工與材料 +5 | 海納百川Ly 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學求調(diào)劑，各位老師看看我！��！ +5 | 祁祺祺 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 359求調(diào)劑 +4 | 王了個楠 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化學工程085602 305分求調(diào)劑 +17 | RichLi_ 2026-03-25 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 一志愿上海交大生物與醫(yī)藥專碩324分，求調(diào)劑 +6 | jiajunX 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +4 | 15188958825 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 07化學303求調(diào)劑 +5 | 睿08 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 機械學碩總分317求調(diào)劑�。。�！ +4 | Acaciad 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 李李不服輸 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +3 | iwinso 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 341求調(diào)劑(一志愿湖南大學070300) +5 | 番茄頭--- 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +4 | LHHL66 2026-03-23 | 4/200 |
|