 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2455 | 回復(fù): 9 | ||||||||
| 本帖產(chǎn)生 1 個(gè) MolEPI ，點(diǎn)擊這里進(jìn)行查看 | ||||||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||||||||
[交流]
引物設(shè)計(jì)
|
||||||||
|
上游1（含信號(hào)肽） 5’—3’ TTGATCATGATTACACGTC 上游2（不含信號(hào)肽） 5’—3’ 下游 5’—3’ GATCATTGCAGGATCACTAA 引物設(shè)計(jì)的怎么樣啊，用oligo，primer5分析里面數(shù)據(jù)太多，看不懂~~ oligo PCR分析（圖1），得到的數(shù)據(jù)，覺得數(shù)據(jù)怪怪的，上下游引物退火溫度差不多就好了，干嘛還有個(gè)product Tm呢，總結(jié)論也看不懂 上游引物二聚體分析：圖2 下游引物二聚體分析：圖3 上游錯(cuò)配分析：圖4 看不懂，糾結(jié)~~還請(qǐng)各位賜教 引物分析時(shí)要不要把限制性酶堿基，保護(hù)堿基包括在內(nèi)呀~ 圖一（PCR分析） 圖2 上游引物二聚體分析 圖3 下游引物二聚體分析 圖4 上游引物錯(cuò)配率分析 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 分子生物學(xué)資料 | 分子生物 | 【分子生物】EPI帖 | 分子生物實(shí)驗(yàn)相關(guān) |
| 分子生物 |
» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測(cè)重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有143人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
留學(xué)--博士招生
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
化學(xué)工程，本211，求調(diào)劑，ab區(qū)不限
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
湖北師范大學(xué)招調(diào)劑啦
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
邵陽學(xué)院食品與化學(xué)工程學(xué)院碩士調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
東莞理工土木工程和土木水利專業(yè)碩士接受調(diào)劑
+1/82
-
大連海事大學(xué)輪機(jī)工程學(xué)院尚有少量調(diào)劑名額，如有興趣的同學(xué)可以聯(lián)系。
+2/62
-
中國科學(xué)院深圳先進(jìn)院唐永炳研究員團(tuán)隊(duì)誠聘電化學(xué)/電池方向博士后
+1/43
-
大連工業(yè)大學(xué) 高分子材料 接收考研調(diào)劑
+1/39
-
北京印刷學(xué)院 [印刷電子工藝與裝備]科研團(tuán)隊(duì)招收學(xué)碩專碩研究生調(diào)劑
+1/35
-
API項(xiàng)目尋求落地合作
+1/18
-
大連工業(yè)大學(xué) 高分子材料 接收考研調(diào)劑
+1/18
-
南京林業(yè)大學(xué)-國家級(jí)青年人才團(tuán)隊(duì) 招2026級(jí)博士、調(diào)劑碩士（合成化學(xué)方向）
+1/17
-
中國地震局地質(zhì)研究所+地球物理專業(yè)+接收調(diào)劑
+1/9
-
博士科研人員（化學(xué)過程工藝與硬件系統(tǒng)工程）
+1/8
-
西北工業(yè)大學(xué)機(jī)電學(xué)院 復(fù)合材料加工制造方向招聘博士后
+1/8
-
遼寧地區(qū)高校招生
+1/6
-
原中山大學(xué)池振國教授的五邑大學(xué)團(tuán)隊(duì)大量接收2026化學(xué)化工材料背景考研生調(diào)劑
+1/5
-
齊齊哈爾大學(xué)李莉課題組誠招2026級(jí)考研調(diào)劑生
+1/4
-
招收2026年度調(diào)劑碩士研究生
+1/3
-
湖南工業(yè)大學(xué)生醫(yī)學(xué)院接受有機(jī)化學(xué)、生物與醫(yī)藥等方向的碩士調(diào)劑生
+1/2
-
材料成型及控制工程 材料加工工程
+1/2
-
南開大學(xué)環(huán)境學(xué)院 環(huán)境微生物方向 2026年博士招生（名額1人）
+1/2
-
廣東工業(yè)大學(xué)馬琳教授課題組招收2026年博士
+1/1
-
美國田納西理工 | 人工智能/機(jī)器人/自動(dòng)駕駛方向（全獎(jiǎng)）
+1/1
8樓2012-03-27 21:17:50
atlanticwi
金蟲 (正式寫手)
- MolEPI: 25
- 應(yīng)助: 138 (高中生)
- 金幣: 141.2
- 帖子: 536
- 在線: 313.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 1099992
2樓2012-03-26 17:25:23
atlanticwi
金蟲 (正式寫手)
- MolEPI: 25
- 應(yīng)助: 138 (高中生)
- 金幣: 141.2
- 帖子: 536
- 在線: 313.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 1099992
★ ★ ★
小丹木木: 金幣+3, MolEPI+1, 只能說，非常感謝對(duì)本版的支持！ 2012-03-27 11:37:58
小丹木木: 金幣+3, MolEPI+1, 只能說，非常感謝對(duì)本版的支持！ 2012-03-27 11:37:58
|
嗯.............要不這么來說說吧 1. 首先不明白你上游引物寫了兩個(gè)，為什么分析中只有一個(gè)，觀察你的序列和引物位置，那么就假設(shè)你P的是某基因的CDS全長(zhǎng) 2. 從PCR分析來看，兩引物Tm值相差不大，但較不穩(wěn)定引物與產(chǎn)物Tm值相差達(dá)到32.7度，這個(gè)比較致命，因?yàn)楫a(chǎn)物與引物Tm相差過高，會(huì)引起模板-模板間和模板-引物間的退火競(jìng)爭(zhēng)效應(yīng)，Oligo軟件設(shè)計(jì)官方給出的最大差值是不要超過29度，也有人提出不要超過20度。所以要不增大你引物長(zhǎng)度，適當(dāng)增加引物Tm值，要不依舊使用此引物但采用高退火溫度去P。 3. 以假定你是需要擴(kuò)CDS來講，那么上下游的Dimer實(shí)際并不用考慮過多，只要3‘Dimer不是很嚴(yán)重就可以了，文中觀察你的Dimer中堿基配對(duì)數(shù)量和自由能觀察，你這個(gè)引物基本木有問題。 4. 關(guān)于錯(cuò)配，Primer Premier5中是有錯(cuò)配是否能生成產(chǎn)物的結(jié)論，如果沒有，怎么錯(cuò)配了我們都不管，或是錯(cuò)配產(chǎn)物遠(yuǎn)遠(yuǎn)小于P產(chǎn)物，那么我們也是不管，而Oligo好像是看上頭Primering efficiency的，上游引物第一個(gè)與正義鏈的錯(cuò)配分?jǐn)?shù)較高，但感覺也不會(huì)出現(xiàn)問題。 5. 再說明一下，需要另加的酶切位點(diǎn)和保護(hù)堿基是不算在引物分析之內(nèi)的。 6. 以你就是要P某基因的CDS為例，反正正反開始都限定了，你就選個(gè)合適的引物長(zhǎng)度去P就是了，注意長(zhǎng)度要盡量長(zhǎng)一點(diǎn)，保證高退火下的特異性就可以了。 純屬個(gè)人經(jīng)驗(yàn)，不足之處或說錯(cuò)之處希望高手出現(xiàn)并指正，祝實(shí)驗(yàn)成功  |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
3樓2012-03-26 22:33:37
送鮮花一朵 |
謝謝~~幫助很大 根據(jù)所提的一些要點(diǎn)，我重新設(shè)計(jì)了兩條引物 上游1（含有信號(hào)肽）AAAAAGAACCTGATCATGATTACACGTC 上游2（不含有信號(hào)肽）AGCTTTCCCATCTAGTATTCAA 下游 GATCATTGCAGGATCACTAAAGGAG 上游1：從起始密碼子之前的15個(gè)堿基開始設(shè)計(jì)的 上游2：不含信號(hào)肽的部分不好設(shè)計(jì)，鏈短退火溫度低，鏈長(zhǎng)會(huì)嚴(yán)重的形成3'端二聚體， 這一次的引物設(shè)計(jì)結(jié)果PCR分析數(shù)據(jù)： [ Last edited by happywyh on 2012-3-27 at 10:37 ] |
5樓2012-03-27 10:35:13
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 342求調(diào)劑 +12 | Mary Keen 2026-03-28 | 13/650 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 303分 0807學(xué)碩求調(diào)劑 +3 | TYC3632 2026-04-01 | 3/150 |
|
|
[考研] 一志愿鄭大材料工程290求調(diào)劑 +18 | Youth_ 2026-03-30 | 18/900 |
|
|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +8 | Lyy930824@ 2026-03-29 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 生物與醫(yī)藥考研調(diào)劑 +5 | 鐵憨憨123425 2026-03-31 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 好好讀書。 2026-04-01 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 08工科275求調(diào)劑，可跨考。 +5 | AaAa7420 2026-03-31 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | DADA怪 2026-03-31 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 262求調(diào)劑 +9 | 勵(lì)志一定發(fā)文章 2026-03-31 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +4 | 阿科逸 2026-03-31 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 354求調(diào)劑 +3 | lxb598 2026-03-31 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿大連理工大學(xué)，機(jī)械工程學(xué)碩，341 +3 | 西瓜田的守望者 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 083000學(xué)碩274求調(diào)劑 +12 | Li李魚 2026-03-26 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +7 | DLkz1314. 2026-03-30 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0703 化學(xué) 求調(diào)劑，一志愿山東大學(xué) 342 分 +7 | Shern—- 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085602 化學(xué)工程專碩 340分求調(diào)劑 +4 | qianbai11 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +5 | wei-5 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 2026年華南師范大學(xué)歡迎化學(xué)，化工，生物，生醫(yī)工等專業(yè)優(yōu)秀學(xué)子加入！ +3 | llss0711 2026-03-28 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求佛 +7 | 迷人的哈哈 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 李嘉圖·S·路 2026-03-27 | 3/150 |
|