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tuwenwuguan新蟲 (正式寫手)
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[求助]
幫忙看看審稿意見（有關(guān)氫鍵鍵能）
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文章已經(jīng)是大修后讓再次修改， 編輯說一句“請珍惜最后的修改機會”，嚇得我不輕，還等著畢業(yè)。555，請高人不吝賜教！ the authors claim that energy for interaction energy between tyrosine and dG (nucleotide) increased from 6.2 kcal/mol to 12.5 kcal/mol after equilibrium and dynamic simulation. This corresponds to a deltadelta G of are greater than 6 kcal/mol, a value that is far too high for simple H-bonds or even a single electrostatic interaction. I do not believe this number has any real meaning. The authors must explain this in better detail. How is this caused by "enhanced electrostatic energy"? 這段話的意思是我計算得出的氫鍵能量審稿人覺得太高了嗎？ 6kcal/mol，相當(dāng)于24kj/mol，我查了百度，在氫鍵鍵能的范圍啊 (12-25 kj/mol）。難道氫鍵鍵能范圍不是這個嗎？又如何解釋這個問題呢？謝謝。 |
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tuwenwuguan
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關(guān)于靜電作用，這位審稿人之前提出來說要分析這個氨基酸與核苷酸之間的能量主要是什么能量，于是我就分析了一下，發(fā)現(xiàn)作用能主要是“VDW 力和靜電作用能，VDW變化不大，所以，能量變化來自于靜電能的增加。 We analyzed the VDW Interaction Energy and Electrostatic Interaction Energy which constituted the interaction energy between Ser94 and dG, and we found the interaction energy was changed due to the increase of Electrostatic Interaction Energy, the VDW Interaction Energy varied little. |
7樓2012-04-01 14:57:22
2樓2012-03-30 13:14:43
itsok
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-04-01 17:18:06
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zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-04-01 17:18:06
| 一般氫鍵鍵能范圍：O—H … :N （29 kJ/mol 或 6.9 kcal/mol）O—H … :O （21 kJ/mol 或 5.0 kcal/mol）N—H … :N （13 kJ/mol 或 3.1 kcal/mol）N—H … :O （8 kJ/mol 或 1.9 kcal/mol）；如果是氨基酸，應(yīng)該是很高了，似乎文章中還提到了'靜電作用的增強"，如果可以解釋氫鍵對靜電作用的影響或許可以。希望對你有幫助。 |
3樓2012-03-30 18:21:36
tuwenwuguan
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感謝樓上兩位的回復(fù)。我試著這樣回復(fù)如下： The interaction energy between tyrosine and nucleotide was not constant and there existed a variation. For example, At the beginning of the MD simulation, the interaction energy fluctuated from 6 kcal/mol to 7.3 kcal/mol; at the end of MD, this interaction energy fluctuated from 11.3 kcal/mol to 12.5 kcal/mol. To emphasize the increase of the interaction energy during the MD process, we chose 6.2 kcal/mol and 12.5 kcal/mol at the beginning/end of MD, but the actual change of the interaction energy should be less obvious. In the present manuscript, we added the standard deviation when the interaction energy was analyzed. Furthermore, it has been reported that the hydrogen bond energy is about 23.3 kj/mol (5.6 kcal/mol)， Therefore, basically the H-bond energy between tyrosine and nucleotide is reasonable. 大家覺得是否妥當(dāng)？ |
4樓2012-03-31 12:43:33
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