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shizishanshang至尊木蟲 (職業(yè)作家)
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[資源]
利用CODEHOP和iCODEHOP 設(shè)計簡 并引物
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| 前面給人設(shè)計了幾對簡并引物，說以后給大家上傳一個方法的文章。但是原帖子不能上傳附件，所以就重新開一貼，放到這里來算了。 |
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2012-04-06 11:09:08, 249.94 K
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- 【求助/交流】緊急求助~~ 關(guān)于簡并引物設(shè)計 codehop 和genefisher 在線
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請高手幫看看這條蛋白序列的簡并引物。 >gi|376316684|emb|CCG00069.1| Cysteine sulfinic acid decarboxylase [uncultured Flavobacteriia bacterium] MSYALKHTKQRKHTNREAHMILNDLNQPIIESTELDEFFEALCAANYENYEGLIKAHNINFETLLPFASW SSKSYQRICLASNEECELILLCWDKGQKTPIHSHDGQKCWVYFAKGEFEEFLYAKGEKNNLLQKNSVAEG QVTFLTDEIGFHSLENKSSGLGMTLHLYANPITKCQVYSESKKEFENKELQYDIDLSDSNRDTEMSADLL TFIQLSQELLKDENDNPVSQRIPSSELKKVLNIGLEENGINEDQFVETLKKIVLATPKTSSSLFFNQLFG GRESKAVLGDLLAVMLNNSMYTYKVGGVQVGIEKEIINQVIDRLDYGPHAGGTFPSGGSMSNFMAILMAR DKVNEVSRQTGLKINMIAYTSAESHYSIEKNAAFIGIGRENVRKIPVNEVGEMRVDSLKAAIDKDLEAGN TPFFVNATAGTTVLGAFDPIKELGEVCRAYNIWMHVDGAYKGSVLLSEKYKHLLEGSNQADSFSFNPHKM LGAPLTCSVIVVKDKKHLHDSFSNNAEYLYQTDEDDFNLGKTSFQCGRRNDALKLWTLWKSKGRKGLERI VDKQFELADYAREYVRNHPDYELYSFDDSIAICFNYKNISADQLCTDLYEHDELMVGYGKFRENEFVRMV TINHANTKEDIEHFFKVIEAFYTR 下面是我自己用PRIMER5.0做的引物，感覺簡并度很高 上游引物：TYAAYCARYTNTTYGGNGG 下游引物：：RTCRTTNCKNCKNCCRCA |
18樓2012-06-10 00:02:21
shizishanshang
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
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19樓2012-06-10 15:51:01
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>gi|376316684|emb|CCG00069.1| Cysteine sulfinic acid decarboxylase [uncultured Flavobacteriia bacterium] MSYALKHTKQRKHTNREAHMILNDLNQPIIESTELDEFFEALCAANYENYEGLIKAHNINFETLLPFASW SSKSYQRICLASNEECELILLCWDKGQKTPIHSHDGQKCWVYFAKGEFEEFLYAKGEKNNLLQKNSVAEG QVTFLTDEIGFHSLENKSSGLGMTLHLYANPITKCQVYSESKKEFENKELQYDIDLSDSNRDTEMSADLL TFIQLSQELLKDENDNPVSQRIPSSELKKVLNIGLEENGINEDQFVETLKKIVLATPKTSSSLFFNQLFG GRESKAVLGDLLAVMLNNSMYTYKVGGVQVGIEKEIINQVIDRLDYGPHAGGTFPSGGSMSNFMAILMAR DKVNEVSRQTGLKINMIAYTSAESHYSIEKNAAFIGIGRENVRKIPVNEVGEMRVDSLKAAIDKDLEAGN TPFFVNATAGTTVLGAFDPIKELGEVCRAYNIWMHVDGAYKGSVLLSEKYKHLLEGSNQADSFSFNPHKM LGAPLTCSVIVVKDKKHLHDSFSNNAEYLYQTDEDDFNLGKTSFQCGRRNDALKLWTLWKSKGRKGLERI VDKQFELADYAREYVRNHPDYELYSFDDSIAICFNYKNISADQLCTDLYEHDELMVGYGKFRENEFVRMV TINHANTKEDIEHFFKVIEAFYTR >gi|88803186|ref|ZP_01118712.1| hypothetical protein PI23P_11377 [Polaribacter irgensii 23-P] MSNITKDLAMFNELVEVLITEEGIHPVAERIEANKLYDVLDLSLNAEEMVDAEFKEVLRDVLVSTPKTAT NLFFNQLFGGRQSKAVLGDLLAVLLNNSMYTYKVAGPQVGIEQEIIRQSCHLIGYGAASNGTFPTGGSMS NYMALVMGRDAKDPECRLDGMTKPLIVYTSKEAHYSNDKNVSFAGIGRNNMRYIATDAEGRMLPRLLEAQ IIEDMKNGGIPTYVNATAGTTVLGAFDPIDAIADITEKYEMWLHVDGAYCGSVIFSDQYKHLVSGVSRSN SFSYNAHKMLGTPLTCSILLVNDKKHLHDSFSNDADYLYQTDGDDFNLGKTSFQCGRRNDALKFWTLWKS IGTSGLKNIVDQQFSLADIALDYIRSHSEYTLYSFNDSISVCFNYKDIEPMALCTALYEQQITVVGFGSF EEDTFVRLVTINANNEKVDILNFFHVLEAFVVKTPNLPKVLALQA >gi|91214784|ref|ZP_01251757.1| diaminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase [Psychroflexus torquis ATCC 700755] MQADLKVFQKISQKLIDYEQKEGVTKPIEANQLFETLDLDLDEEGLDEEKFESLLEDVVLSTPRTSTKLF FNQLFGGRSHKGTLGELLAVMLNNSMYTYKVGGPQVGIEKAIIDKVCKMLNFGKNADGTFPPGGSMSNFM AMLMGRDAYNRDIKLEGVSEKMIIYTSDTSHYSITKNAMFGGIGISQIRKIETDKFGKMKPLALQNQIEE DMKHGFQPFFVNATAGTTVLGAFDDIEAIHHITKNYKNLWLHVDGAYCGSVIFSEKYKHLVDGVEHADSF SFNAHKMLNVPLSCSILITKEKHNLKHSFACDADYLYQTDGDEYNLGKTSLQCGRRNDALKFWTLWKSVG TKGLEQMVNQQFDLAETARTYIENHSDYKLYSYEDSISVCFNYKNIDPKDLCNSLYQDGKLMVGYGEFDG ETFVRLVTINSTNRDKDILNFFKVMETYVAEKHEDLVTL >gi|163787564|ref|ZP_02182011.1| Pyridoxal-dependent decarboxylase [Flavobacteriales bacterium ALC-1] MQKDINIFIELVEQLLLEEKSQPVAKPIPTSDLYNQLDLSLNENGLIDDDLKNILKDIIKSTPKTASKSF FNQLFGGRIGKAALGDLLAVMFNNSMYTYKVAGPHVGIEKQVIHNICELAGYSKNSDGTLAPGGSMSNMM ALTMARDYKNGSIRTHGLNRLMTLYTSKESHYSISKNAALTGIGRNQVRHVNTNNKGELLAEHLGELVQK DINDGYEPFFVNATAGTTVLGAFDDIEAISKVCKKHKLWLHVDGAYCGGVIFSKTYKQLIKGLELSDSFS VNAHKMLGTPLSCSIIVTQHKAQLHHSFSNEADYLYQTDSDDFNLGKTSLQCGRRNDALKLWTLWKSIGT NGLEKIVDKQFEMADIARTYINNHKDYTLHSFDDSISICFSYKDIAAKEICTALYENSKLMVGFGKFNNQ EFVRMVTINSVLEKEDILAFFETLESYVSSTLLNISAS |
20樓2012-06-10 23:35:32
shizishanshang
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上游引物1：GCAGTTATGTTTAATAATTCCATGtayacntayaa 配對下游引物1，2，3分別為： CCACAGTGTCCAAAATTTCARNGCRTCRTT TTCAGTGCATCATTTCGTCKNCCRCAYTG ACTGTTGTGCCTGCTGTNGCRTTNAC 片段長度分別為：775，759，423 bp. 上游引物2： AGGCACAACAGTTCTGggngcnttyga 與上面的下游引物1，2配對，長度分別為365，349 bp. 94度30妙秒，54退火1min, 72度延伸1min, 40個循環(huán)。 注意簡并引物要比非簡并引物多加些，一般要加倍。 做出來做不出來都給我說一聲。 [ Last edited by shizishanshang on 2012-6-12 at 21:03 ] |
21樓2012-06-12 20:59:24
28樓2012-08-10 13:47:30
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http://www.kazusa.or.jp/codon/cg ... robacterium&c=s是我所要從中克隆的菌種的密碼子偏好性表。 現(xiàn)在已知A，B有已報道該酶活力，C,D,E••••••是我要克隆的菌同源性高的幾種菌。能否花費您時間幫我看看，我設(shè)計的引物怎么樣？個人感覺GC含量太高，TM值太大。但是這種酶本身的GC含量就是很高。我最后用touch-down條件沒有P出東西，大俠看見您給一些蟲友設(shè)計的引物都很好，所以特在這請教您。拜托了~ Up-1:CGCCGGCGTCCCnatgatgaayg Up-2:CGGCAAGGCCGTCtgygargayyt Up-3:CCATCGGCGGCGAYCARGGNGG down-1:GGGAAGGCGCCGgtrtasggsac down-2:GGCACGGTGATGgcsggrtgncc >A: 1 mgiklptled lreiskqfnl dledeelksf lqllklqles yerldslpdy tprvkyqrtl 61 grppmkeenp ygalvwitsi kgkeegklkg kricikdnvm iagipmlngs kmlegfvphm 121 datvvsrild eageivaktt cedlcfsggs htsypwpvln prnpeymagg sssgsavava 181 sgycdmavgg dqggsirips swvgiyglkp thglvpytga fsieptldhl gpmantvkdv 241 allleviagr deldsrqpds lppppvkpys klidgdvkdm kvgivkegfn wsnsekdvde 301 lvldsakkle dygikvedts iplhrmgldi wtpiaiegat atmilgsgvg wgrkglfetq 361 iadffgnslk srardlpntv kgvlmlgylm ikmynnryya karnlsivlk eaydsalrky 421 dalimpttpm kamryksepg fdeyfimalg minntapfdv tghpamnipv gysnglpvgl 481 miigrhfeed kvlklanvfe rikk >B: 1 mtvvlptpaq lldvakqcgl sltdadvasf rglmqgsida ynlvgampde lpevkyprtp 61 gyrpspeenp rnawyrkstv kgaasgklkg ktvalkdnim lagvpmmngs atlegyvpdf 121 dativtrmld agaeiagkvh cesfcmsggs htgavgavhn phkmgysagg sssgsgvvva 181 lgevdmaigg dqggsirmps sfcgtygmkp twglvpytgi mpieifvdht gpmtatvadn 241 alllevlagd dgydprikap kveeytkalg qgvkgmkigi lkegfeqpta eaavnesvre 301 aakrfkdlga tvetvsipmh mvgpaiwtpi gtegmtqtmm ygdgyglsrs dlystslmdf 361 hrgwrrqads lsettklfll lgtyinnsfg pryygkalni srrltaaydk afgeydllll 421 pttpmkatkl peptasredy varalemian tapfdithhp aislpcgmvd glpvglmlvg 481 rmfeestiyr aahafeqigd wkkm >C: 1 msiqppdlaa fakaavdgel gikesdlaay haaaegllgs wrtveelyse iapiapkrsw 61 srpaagdngl gawsvqtqlq evssgplagr tvvikdnvsv agvpmmngsr tlegfvpsed 121 atvvtrllga gativgkavc edlcfsggsh tskpgpvrnp wnhahasggs ssgsgalvaa 181 gevdmaiggd qggsiripaa fcgvvghkpt hglvpytggf pieqsidhlg pitrtvtdaa 241 lmlsviagrd ekdprqpdri dpvdyvaalg esakglrvgv vtegfgrens epevddtvrs 301 avetlrsvgl qaadvsipwh lyggalwdvl ategglsqmi dgnaygmnwk 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sssgsaalva 181 sgevdlavgg dqggsirmpa afsgivghkp thglvpytga fpieltldhl gpmtrtvada 241 aamldvlagr dgddprqpad vvpeqyaaal dgdvaglrvg vvaqgfgwee lsedgvddtv 301 raaaerlrel gievvdvdlp whrhalhvwn viatdgatvq mvegngygwn yegrydpeli 361 ahygrqrrev vdrwsptvta valtgrwsle reqtrhyama qnlatevrrq ydaaladvdl 421 lvmptvpmva peipapddpv etrvaralem ivncapfdvs ghpatsvpag lsqglpvgmm 481 lvgrrfedtt plkvahafeq lvggfprppa r >F: 1 mairrpdtqd vaalaesygm hpgedavaty talidgslvs ydaveelyaa iapqapagrs 61 gqrpdddanp lgawyvrtei tgapdgplag rtvavkdnta vagvpmmngs htlegfvptr 121 datvvsrlla agatitgksv cedlcfsggs htsvtgpvrn pwdrsrttgg sssgsgalva 181 agevdlglgg dqggsirmpa afcgvvghkp tfglvpytga fpieltidhl gpitrtvada 241 alaldvlagr dgldprqpad lapeqyaaal ggdvaglrvg vvtqgfgweg lsepgvdetv 301 raaaarlgel gievvevdlp whrhalhvwn viatdgaavq mvegngyghn wdgfydpeli 361 ahygrqsrav adrwsptvtl valagrwsaq qeqtrhyama rdlvvevraq ydraladvdl 421 llmptvpmva plipaaddpl evqvaralem ivntapfdvs ghpatsvpag lsdglpvgmm 481 lvgrrfedtt clkvahafeq ivggfpappt a >G: 1 msvqrpdaea igvaaehfgl hldapareef vglvdgalgs ydvveelyaa svapvtpare 61 yvaeldgksn plgawyvtts vtadapsdtr lagrrvaikd nvalagvpmm ngsrtlegft 121 psrdatvvsr lldagaeiag kavcedlcfs gssftpasgp vrnpwdlsre aggssggsaa 181 lvangdvdla iggdqggsir ipasfcgvvg hkptfglvpy tgafpierti dhvgpiartv 241 adaalmlsvi agydgrdprq pesvsaadyl sslgdgvegm rigvvaegfg heasqaavdd 301 tvqtaaqrft eagavveqvs iqwhrdafhv wnviatdgga yqmldgngyg lnagglydpe 361 qmeyfaehri ahadalsetv klvalcghhg vtalggssyg karnlvplar aaydaalqty 421 dvlvmptlpy vaselpdpsi dratyltkal gmiantapld vtghpalsvp aglvdglpvg 481 mmiigkhhdd atvlrvgqty ehltggfptp ssqragtmgs qfapa >H: 1 mtvirpndda igsaanrygl hldaatrqef aglvdgalgs ydvvddlyad esfsapsrdh 61 atpdasdnpl gawyvttsis tatggpltgr rvaikdnvtv agvpmmngsr slegfvptrd 121 atvvtrllda gatvagkavc edlcfsgssf tpatgpvrnp wdpdreaggs sggsaalvaa 181 gdvdfaiggd qggsiripaa fcgvvghkpt fglvpytgaf piertidhlg pitrtvedaa 241 lllsviagrd ghdprqpdnl vvddyvstld tgtdglrvgv vsqgfghans qpevddavra 301 aahrfteagg vvdevsipwh 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30樓2012-09-05 21:55:07
31樓2012-09-10 09:30:30
受教了。感謝！ 27樓2012-08-08 15:49:09
沒錢，下載不了。 29樓2012-08-10 17:31:12
33樓2012-09-20 10:31:41
42樓2013-02-20 22:19:32
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