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[交流]
【求助/交流】緊急求助~~ 關(guān)于簡并引物設(shè)計 codehop 和genefisher 在線
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求助關(guān)于簡并引物設(shè)計的問題，希望各位大蝦幫忙 本人做的是漆酶基因多樣性的東西，這是dnaman中比對的ncbi 下載的序列，有四個部分出現(xiàn)的保守區(qū)域還是不少，命名為1 2 3 4，放到codehop中之后要自己肉眼判斷保守區(qū)域的那一段 然后手動設(shè)計引物么？？學(xué)環(huán)境的 好多東西實在是不懂~~ 希望大家不吝賜教啊~ [ Last edited by 憂游鳥 on 2011-3-31 at 20:28 ] |
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
1949stone(金幣+5): 鼓勵 2011-03-28 10:36:11
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1949stone(金幣+5): 鼓勵 2011-03-28 10:36:11
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樓主可以依照codehop的引物設(shè)計理念，查找到相應(yīng)的保守區(qū)后，在保守區(qū)周圍設(shè)計引物。 找到你實驗用的物種的密碼子偏好性表，然后對應(yīng)保守序列中的每個氨基酸殘基給出相應(yīng)的編碼三聯(lián)密碼子。對于保守區(qū)內(nèi)存在兩個或多個不同氨基酸殘基的位點，分別找出各氨基酸殘基的編碼密碼子，在這些位點上設(shè)計簡并堿基。一般說來，在進(jìn)化過程中，即便是氨基酸序列發(fā)生改變，也極有可能是因為三位密碼子的其中一位突變引起，所以其他兩位點均可能為保守。 引物近5’端序列盡量依照密碼子偏好性找到最大可能的編碼密碼子，盡可能不涉及簡并堿基，并且5‘端要稍長。3’端序列可以加入3、4個簡并堿基，但是要注意的是，3’端最后兩位需按照密碼子偏好性找到編碼序列的前兩位，也就是說確定最后兩個堿基的正確性。 在數(shù)據(jù)庫中查找相應(yīng)比對序列時，盡量找親緣相近物種。 我們可以共同討論，codehop我是兩年前用過設(shè)計了不少簡并引物，效果都不錯。當(dāng)時查找資料很困難，用這個軟件設(shè)計引物的不多，而且都沒有詳細(xì)介紹。有時間可以考慮寫點這個軟件的應(yīng)用，以拋磚引玉。 樓主用好了也可以分享經(jīng)驗。我都快忘光了，剛才拿出來試了一下，手生了很多。 樓上不知道是不是沒找到正確的軟件地址，我給你一個在線的，掌握了基本設(shè)計理念之后，上手還是蠻快的，個人感覺。 https://icodehop.cphi.washington.edu/i-codehop-context/Welcome [ Last edited by csdyg on 2011-3-27 at 09:59 ] |
6樓2011-03-27 09:58:22
2樓2011-03-26 01:13:29
3樓2011-03-26 05:11:41
4樓2011-03-26 11:19:22
5樓2011-03-26 17:58:43
謝謝，地址找到了，試了試，用著還不行，就想學(xué)學(xué)這個怎么用，我再摸索摸索 7樓2011-03-27 20:44:03
★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金幣+5): 熱心 2011-03-29 08:42:11
dhd997(金幣+5): 熱心 2011-03-29 08:42:11
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可以去看看這個帖子，我剛發(fā)上，有關(guān)CODEHOP http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3011161&fpage=1 |
8樓2011-03-28 16:31:05
9樓2011-03-28 20:48:04
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
dhd997(金幣+6): good 2011-03-29 08:42:31
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dhd997(金幣+6): good 2011-03-29 08:42:31
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你好，如果你確定每次擴(kuò)增中使用的模板來自單一物種，那最好是分別設(shè)計引物針對不同物種進(jìn)行擴(kuò)增。 如果你使用的模板是從多物種環(huán)境樣品中提取出來的，那就不好說了，比較有難度對照不同物種的密碼子偏好。不過樓主不用太擔(dān)心這一問題，因為絕大部分情況下編碼同一氨基酸的密碼子前兩位是固定的，即使偏好性不同也只是在第3位上發(fā)生了改變。這樣的情況下，只在第三位上進(jìn)行簡并，簡并堿基盡量降低簡并度，盡量少使用N\D\V\B等高簡并度的設(shè)計，這需要你在核苷酸序列比對時多做工作，弄清進(jìn)化過程中同一氨基酸的編碼子的保守性。 |
10樓2011-03-28 21:42:33
11樓2012-09-02 09:02:32
12樓2012-09-05 20:39:17
13樓2012-09-06 16:21:13
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