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憂游鳥(niǎo)

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[交流] 【求助/交流】緊急求助~~ 關(guān)于簡(jiǎn)并引物設(shè)計(jì) codehop 和genefisher 在線

求助關(guān)于簡(jiǎn)并引物設(shè)計(jì)的問(wèn)題，希望各位大蝦幫忙

本人做的是漆酶基因多樣性的東西，這是dnaman中比對(duì)的ncbi 下載的序列，有四個(gè)部分出現(xiàn)的保守區(qū)域還是不少，命名為1 2 3 4，放到codehop中之后要自己肉眼判斷保守區(qū)域的那一段然后手動(dòng)設(shè)計(jì)引物么？？學(xué)環(huán)境的好多東西實(shí)在是不懂~~ 希望大家不吝賜教啊~

[ Last edited by 憂游鳥(niǎo) on 2011-3-31 at 20:28 ]

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1樓 2011-03-24 20:20:36

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dhd997(金幣+5): 熱心 2011-03-29 08:42:11

可以去看看這個(gè)帖子，我剛發(fā)上，有關(guān)CODEHOP
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3011161&fpage=1

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8樓2011-03-28 16:31:05

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1949stone(金幣+1): 呵呵不錯(cuò) 2011-03-28 10:35:47

我有一些這方面的經(jīng)驗(yàn)，codehop用了幾次，還不錯(cuò)，這會(huì)沒(méi)時(shí)間，等我下了班回去再給你說(shuō)，或者你能詳細(xì)說(shuō)你一下你的情況

[ Last edited by csdyg on 2011-3-26 at 19:09 ]

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2樓2011-03-26 01:13:29

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dhd997(金幣+3): 很熱心，在這里討論不方便嗎？ 2011-03-26 08:49:06
憂游鳥(niǎo)(金幣+20): 2011-03-26 11:06:43

在CODEHOP里粘貼進(jìn)你要比對(duì)的序列，生成比對(duì)結(jié)果之后，用引物設(shè)計(jì)，軟件會(huì)自動(dòng)在保守區(qū)序列上生成引物。

但是生成的引物效率并不一定很高，根據(jù)我的經(jīng)驗(yàn)，你最好人工檢查，然后根據(jù)codehop的基本設(shè)計(jì)原則自己設(shè)計(jì)引物

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3樓2011-03-26 05:11:41

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引用回帖:

Originally posted by csdyg at 2011-03-26 05:11:41:
在CODEHOP里粘貼進(jìn)你要比對(duì)的序列，生成比對(duì)結(jié)果之后，用引物設(shè)計(jì)，軟件會(huì)自動(dòng)在保守區(qū)序列上生成引物。

但是生成的引物效率并不一定很高，根據(jù)我的經(jīng)驗(yàn)，你最好人工檢查，然后根據(jù)codehop的基本設(shè)計(jì)原則自己設(shè) ...

是的就是放進(jìn)去比對(duì)了之后又很多什么block unknown A B C D E 之類(lèi)的了然后分值都是六十多最后還是要根據(jù)自己的保守區(qū)域來(lái)選取么需要反過(guò)來(lái)查找相應(yīng)的堿基序列來(lái)選擇密碼子的偏好性的堿基么

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4樓2011-03-26 11:19:22

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