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高斯計(jì)算兩個(gè)有機(jī)分子 已有4人參與
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請(qǐng)教下做量子化學(xué)的高手們 如何實(shí)現(xiàn)兩個(gè)有機(jī)分子的相互作用計(jì)算，目的是算出calculated energy levels或者是density of state 比如像下面的圖，圖中最下面和最上面的曲線和短線圖分別是單獨(dú)的分子A和分子B的能級(jí)和DOS， 這個(gè)很簡(jiǎn)單就可以算出來(lái)，中間的是兩個(gè)分子一起作用后的結(jié)果，這咋計(jì)算呀 請(qǐng)高手指教 [ Last edited by zhurl123 on 2012-4-16 at 16:01 ] |
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Jasminer
鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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- 專業(yè): 應(yīng)用有機(jī)化學(xué)
3樓2012-04-18 01:10:08
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感謝樓上的老兄，建議很好。 對(duì)兩種有機(jī)物分別而言，通過(guò)計(jì)算單個(gè)有機(jī)物的態(tài)密度，可以知道哪些地方有軌道，上圖中最上面和最下面的單豎線和曲線是高斯計(jì)算得到的軌道和畫(huà)出的相應(yīng)的態(tài)密度，從圖上可以看出，在費(fèi)米能級(jí)到1.8eV沒(méi)有能級(jí)（對(duì)單個(gè)的SubPc和NPB而言）. 實(shí)際問(wèn)題中，兩種有機(jī)分子同時(shí)在高真空下蒸發(fā)沉積，然后測(cè)定光電子能譜，這時(shí)候需要通過(guò)計(jì)算看看那哪些地方有新的軌道出現(xiàn)（光電子能譜和軌道應(yīng)該是有很好的吻合）。上圖中中間的曲線和bar，就是一起計(jì)算SubPc和NPB后的軌道和態(tài)密度，計(jì)算后發(fā)現(xiàn)，相對(duì)于單個(gè)分子，在費(fèi)米能級(jí)到1eV之間出現(xiàn)了ABC三個(gè)新軌道，同時(shí)實(shí)驗(yàn)中光電子能譜也有峰出現(xiàn)，而對(duì)單個(gè)的SubPc和NPB的光電子能譜，在0到1.8 之間是沒(méi)有能級(jí)的。 請(qǐng)教如何建模比較合適，比如放置兩個(gè)分子時(shí)的距離，取向等以什么標(biāo)準(zhǔn)來(lái)衡量，然后讓他們計(jì)算 感謝幫助�。。�！ [ Last edited by zhurl123 on 2012-4-18 at 09:26 ] |
4樓2012-04-18 09:22:27
★ ★ ★ ★
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
zhou2009: 金幣+3 2012-04-18 16:29:14
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
zhou2009: 金幣+3 2012-04-18 16:29:14
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這個(gè)方面的計(jì)算我也沒(méi)做過(guò)。我就隨便說(shuō)一下。 當(dāng)分子二聚或者高聚的時(shí)候，兩個(gè)分子的分子軌道相互作用使得HOMO和LUMO軌道分裂。于是光譜就出現(xiàn)變化了。 關(guān)于兩個(gè)分子之間相互作用的取向，一般情況下都不止一種取向，如果分子結(jié)構(gòu)比較簡(jiǎn)單剛性，可以根據(jù)分子間相互作用力來(lái)作二聚體的構(gòu)想。如果想比較完整，就需要做Anealing--分子淬火來(lái)尋找二聚體的最低能量構(gòu)想。 PS：你說(shuō)的density of state,我不太懂到底是什么意思，我平時(shí)也有算density of state，不過(guò)我是算動(dòng)力學(xué)RRKM的時(shí)候用，這個(gè)是統(tǒng)計(jì)方法算出來(lái)的，高斯頻率分析可以提供參數(shù)，但是沒(méi)法算density of state。如果你所說(shuō)的density of state和我說(shuō)的意思一樣的話，你就得需要采用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法，而且你這個(gè)情況很可能需要做一個(gè)溫度下的density of state，這樣就是做該溫度下的boltzman溫度分布的態(tài)的積分，感覺(jué)比較復(fù)雜。不過(guò)我也沒(méi)做過(guò)類似的，不敢保證我說(shuō)的是不是正確 |
5樓2012-04-18 14:15:59
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謝謝樓上哥們的幫助解答，給的建議都非常好。 我說(shuō)的態(tài)密度（DOS）是把分子畫(huà)出后，然后進(jìn)行優(yōu)化，得到的數(shù)據(jù)里面就可以提取出DOS圖來(lái)，再?zèng)]有進(jìn)行任何的計(jì)算，就只是優(yōu)化的結(jié)果。 就比如下圖（Fig.1 Calculated density of states of SubPc），只是優(yōu)化后就可以畫(huà)出態(tài)密度及軌道圖，可能你說(shuō)的DOS考慮了很多因素之后的。 以上是單個(gè)分子的，如果想把兩個(gè)分子放在一起，優(yōu)化后，也照樣可以畫(huà)出軌道圖和態(tài)密度圖，樓上兄弟的建議很全面，兩個(gè)一起算的時(shí)候考慮的附加因素挺多的，這樣應(yīng)該更準(zhǔn)確。如果只是簡(jiǎn)單的放在一起優(yōu)化一下結(jié)構(gòu)，不考慮那么多的因素，是不是隨便畫(huà)出來(lái)放在一起，然后讓他們自動(dòng)優(yōu)化就行了呢？ [ Last edited by zhurl123 on 2012-4-18 at 16:14 ] |
6樓2012-04-18 16:12:03
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