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高斯計(jì)算兩個(gè)有機(jī)分子 已有4人參與
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請(qǐng)教下做量子化學(xué)的高手們 如何實(shí)現(xiàn)兩個(gè)有機(jī)分子的相互作用計(jì)算，目的是算出calculated energy levels或者是density of state 比如像下面的圖，圖中最下面和最上面的曲線和短線圖分別是單獨(dú)的分子A和分子B的能級(jí)和DOS， 這個(gè)很簡(jiǎn)單就可以算出來，中間的是兩個(gè)分子一起作用后的結(jié)果，這咋計(jì)算呀 請(qǐng)高手指教 [ Last edited by zhurl123 on 2012-4-16 at 16:01 ] |
回復(fù)此樓» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
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zhou2009
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
送鮮花一朵
小紅豆: 金幣+3, 謝謝回帖 2012-04-18 18:34:05
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
送鮮花一朵小紅豆: 金幣+3, 謝謝回帖 2012-04-18 18:34:05
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不是隨便畫出來放在一起，然后讓他們自動(dòng)優(yōu)化就行了。 還是要從兩個(gè)分子的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)搭配。特別是二者可能形成配鍵、氫鍵的可能部位，以此為根據(jù)來搭配。否則只是范德華作用。 進(jìn)一步則要看A、B的HOMO、LUMO圖形，來比對(duì)�？凑l的HOMO圖形會(huì)與另外的LUMO圖形相搭配，這時(shí)要比較軌道對(duì)稱性。 在這樣的基礎(chǔ)上再優(yōu)化。 |
7樓2012-04-18 16:49:05
Jasminer
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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3樓2012-04-18 01:10:08
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感謝樓上的老兄，建議很好。 對(duì)兩種有機(jī)物分別而言，通過計(jì)算單個(gè)有機(jī)物的態(tài)密度，可以知道哪些地方有軌道，上圖中最上面和最下面的單豎線和曲線是高斯計(jì)算得到的軌道和畫出的相應(yīng)的態(tài)密度，從圖上可以看出，在費(fèi)米能級(jí)到1.8eV沒有能級(jí)（對(duì)單個(gè)的SubPc和NPB而言）. 實(shí)際問題中，兩種有機(jī)分子同時(shí)在高真空下蒸發(fā)沉積，然后測(cè)定光電子能譜，這時(shí)候需要通過計(jì)算看看那哪些地方有新的軌道出現(xiàn)（光電子能譜和軌道應(yīng)該是有很好的吻合）。上圖中中間的曲線和bar，就是一起計(jì)算SubPc和NPB后的軌道和態(tài)密度，計(jì)算后發(fā)現(xiàn)，相對(duì)于單個(gè)分子，在費(fèi)米能級(jí)到1eV之間出現(xiàn)了ABC三個(gè)新軌道，同時(shí)實(shí)驗(yàn)中光電子能譜也有峰出現(xiàn)，而對(duì)單個(gè)的SubPc和NPB的光電子能譜，在0到1.8 之間是沒有能級(jí)的。 請(qǐng)教如何建模比較合適，比如放置兩個(gè)分子時(shí)的距離，取向等以什么標(biāo)準(zhǔn)來衡量，然后讓他們計(jì)算 感謝幫助！！��！ [ Last edited by zhurl123 on 2012-4-18 at 09:26 ] |
4樓2012-04-18 09:22:27
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
zhou2009: 金幣+3 2012-04-18 16:29:14
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
zhou2009: 金幣+3 2012-04-18 16:29:14
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這個(gè)方面的計(jì)算我也沒做過。我就隨便說一下。 當(dāng)分子二聚或者高聚的時(shí)候，兩個(gè)分子的分子軌道相互作用使得HOMO和LUMO軌道分裂。于是光譜就出現(xiàn)變化了。 關(guān)于兩個(gè)分子之間相互作用的取向，一般情況下都不止一種取向，如果分子結(jié)構(gòu)比較簡(jiǎn)單剛性，可以根據(jù)分子間相互作用力來作二聚體的構(gòu)想。如果想比較完整，就需要做Anealing--分子淬火來尋找二聚體的最低能量構(gòu)想。 PS：你說的density of state,我不太懂到底是什么意思，我平時(shí)也有算density of state，不過我是算動(dòng)力學(xué)RRKM的時(shí)候用，這個(gè)是統(tǒng)計(jì)方法算出來的，高斯頻率分析可以提供參數(shù)，但是沒法算density of state。如果你所說的density of state和我說的意思一樣的話，你就得需要采用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法，而且你這個(gè)情況很可能需要做一個(gè)溫度下的density of state，這樣就是做該溫度下的boltzman溫度分布的態(tài)的積分，感覺比較復(fù)雜。不過我也沒做過類似的，不敢保證我說的是不是正確 |
5樓2012-04-18 14:15:59
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