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liyincumt金蟲 (職業(yè)作家)
小學(xué)生
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[求助]
LAMMPS是否適用于研究小型有機(jī)分子的溶劑效應(yīng)？
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大家好！ 我的研究課題是主客體的相互作用。主體分子一般是冠醚和杯芳烴，客體分子一般是苯酚與金屬陽(yáng)離子。最近看到一篇文獻(xiàn)，作者用AMBER研究了不同溶劑（甲醇，乙腈，氯仿）環(huán)境下，分子的構(gòu)型以及相互作用的能量。我最近的研究項(xiàng)目也正好是溶劑效應(yīng)的問(wèn)題，我所使用的溶劑是甲醇，乙醇和丁醇。所以本打算按照作者的研究方法開始學(xué)習(xí)AMBER，后來(lái)發(fā)現(xiàn)AMBER不是free，所以放棄了。實(shí)驗(yàn)室一哥們向我推薦LAMMPS，據(jù)說(shuō)是免費(fèi)軟件。但他也只是聽說(shuō)，不是很了解。 想請(qǐng)教大家， 1. LAMMPS是完全free嗎? 2. LAMMPS是否適用于我所研究的體系，我想得到體系相互作用的焓，熵以及Gibbs自由能？ 3. 還有就是大概需要多長(zhǎng)時(shí)間能上手？ 本人先階段水平，了解MD的基本原理，會(huì)使用hyperchem中的MD功能。 |
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jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2012-04-18 07:46:47
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| 我的專業(yè)主要涉及用MD做蛋白質(zhì)和小分子的模擬，看了一下你的情況，如果配體是苯酚，我覺(jué)得amber是很適合的，也可以得到分子構(gòu)型和相互作用的能量（其特有的MM-PBSA特別適用于你的研究）。上手不算太快，但是官網(wǎng)資料齊全，學(xué)習(xí)起來(lái)比較方便。lammps比較適合用于金屬材料的模擬（我沒(méi)用過(guò)）,金屬離子作為配體的模擬我不太清楚。要是還要用免費(fèi)的軟件，可以試試gromacs.這個(gè)上手快，但是對(duì)于相互作用的描述現(xiàn)階段還比較弱，用FEP或者LIE都是比較慢的過(guò)程。 |
2樓2012-04-17 20:13:55
liyincumt
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3樓2012-04-17 21:28:20
4樓2012-04-17 21:33:05
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5樓2012-04-17 22:19:23
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