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[資源]
蛋白質(zhì)分析路線、方法
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最近在學(xué)習(xí)純化蛋白及蛋白活性的檢測(cè) 搜集到這個(gè)資料覺得很有啟發(fā) 希望對(duì)大家也有幫助 物理性質(zhì)預(yù)測(cè): Compute PI/MW http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.html Peptidemass http://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html TGREASE ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/ SAPS http://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html 基于組成的蛋白質(zhì)識(shí)別預(yù)測(cè) AACompIdent http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacompi.html AACompSim http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.html PROPSEARCH http://www.embl-heidelberg.de/prs.html 二級(jí)結(jié)構(gòu)和折疊類預(yù)測(cè) nnpredict http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredictPredictprotein http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/SOPMA http://www.ibcp.fr/predict.htmlSSPRED http://www.embl-heidelberg.de/sspred/ssprd_info.html 特殊結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) COILS http://ulrec3.unil.ch/software/COILS_form.htmlMacStripe http://www.wi.mit.edu/matsudaira/macstripe.html 與核酸序列一樣,蛋白質(zhì)序列的檢索往往是進(jìn)行相關(guān)分析的第一步,由于數(shù)據(jù)庫(kù)和網(wǎng)絡(luò)技校術(shù)的發(fā)展,蛋白序列的檢索是十分方便,將蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)下載到本地檢索和通過(guò)國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)進(jìn)行檢索均是可行的。 由NCBI檢索蛋白質(zhì)序列 可聯(lián)網(wǎng)到:“http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrz/query.fcgi?db=protein”進(jìn)行檢索。 利用SRS系統(tǒng)從EMBL檢索蛋白質(zhì)序列 聯(lián)網(wǎng)到:http://srs.ebi.ac.uk/”,可利用EMBL的SRS系統(tǒng)進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的檢索。 通過(guò)EMAIL進(jìn)行序列檢索 當(dāng)網(wǎng)絡(luò)不是很暢通時(shí)或并不急于得到較多數(shù)量的蛋白質(zhì)序列時(shí),可采用EMAIL方式進(jìn)行序列檢索。 蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析 蛋白質(zhì)序列的基本性質(zhì)分析是蛋白質(zhì)序列分析的基本方面,一般包括蛋白質(zhì)的氨基酸組成,分子質(zhì)量,等電點(diǎn),親水性,和疏水性、信號(hào)肽,跨膜區(qū)及結(jié)構(gòu)功能域的分析等到。蛋白質(zhì)的很多功能特征可直接由分析其序列而獲得。例如,疏水性圖譜可通知來(lái)預(yù)測(cè)跨膜螺旋。同時(shí),也有很多短片段被細(xì)胞用來(lái)將目的蛋白質(zhì)向特定細(xì)胞器進(jìn)行轉(zhuǎn)移的靶標(biāo)(其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白質(zhì)將被引向內(nèi)質(zhì)網(wǎng)。WEB中有很多此類資源用于幫助預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的功能。 疏水性分析 位于ExPASy的ProtScale程序( http://www.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl)可被用來(lái)計(jì)算蛋白質(zhì)的疏水性圖譜。該網(wǎng)站充許用戶計(jì)算蛋白質(zhì)的50余種不同屬性,并為每一種氨基酸輸出相應(yīng)的分值。輸入的數(shù)據(jù)可為蛋白質(zhì)序列或SWISSPROT數(shù)據(jù)庫(kù)的序列接受號(hào)。需要調(diào)整的只是計(jì)算窗口的大。╪)該參數(shù)用于估計(jì)每種氨基酸殘基的平均顯示尺度。 進(jìn)行蛋白質(zhì)的親/疏水性分析時(shí),也可用一些windows下的軟件如, bioedit,dnamana等。 跨膜區(qū)分析 有多種預(yù)測(cè)跨膜螺旋的方法,最簡(jiǎn)單的是直接,觀察以20個(gè)氨基酸為單位的疏水性氨基酸殘基的分布區(qū)域,但同時(shí)還有多種更加復(fù)雜的、精確的算法能夠預(yù)測(cè)跨膜螺旋的具體位置和它們的膜向性。這些技術(shù)主要是基于對(duì)已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺旋Tmbase 數(shù)據(jù)庫(kù),可通過(guò)匿名FTP獲得(http://www.isrec.isb-sib.ch/ftp-server/tmbase),參見表一 資源名稱 網(wǎng)址 說(shuō)明 TMPRED http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html 基于對(duì)tmpred數(shù)據(jù)庫(kù)的統(tǒng)計(jì)分析PHDhtm http://www.embl-heidelberg.de/se ... tprotein.htmlMEMSAT ftp://ftp.biochem.ucl.ac.uk 微機(jī)版本 ,蛋白質(zhì)序列含有跨膜區(qū)提示它可能作為膜受體起作用,也可能是定位于膜的錨定蛋白或者離子通道蛋白等,從而,含有跨膜區(qū)的蛋白質(zhì)往往和細(xì)胞的功能狀態(tài)密切相關(guān)。http://genome.cbs.dtu.dk/sevices/TMHMM-2.0“或“http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html” 前導(dǎo)肽與蛋白質(zhì)定位 在生物內(nèi),蛋白質(zhì)的合成場(chǎng)所與功能場(chǎng)所常被一層或多層細(xì)胞膜所隔開,這樣就涉及到蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn)。合成的蛋白質(zhì)只有準(zhǔn)確地定向運(yùn)行才能保證生命活動(dòng)的正常進(jìn)行。一般來(lái)說(shuō),蛋白質(zhì)的定位的信息存在于該蛋白質(zhì)自身結(jié)構(gòu)中,并通過(guò)與膜上特殊的受體相互作用而得以表達(dá)。在起始密碼子之后,有一段編碼疏水性氨基酸序列的RN***段,這個(gè)氨基酸序列就這個(gè)氨基酸序列就是信號(hào)肽序列。含有信號(hào)肽的蛋白質(zhì)一般都是分泌到細(xì)胞外,可能作為重要的細(xì)胞因子起作用,從而具有潛在的應(yīng)用價(jià)值。 http://genome.cbs.dtu.dk/sevices/signalP-2.0 卷曲螺旋分析 另一個(gè)能夠直接從序列中預(yù)測(cè)的功能motif是α-螺旋的卷曲排列方式。在這種結(jié)構(gòu)中,兩種螺旋通過(guò)其疏水性界面相互纏在一起形成一個(gè)十分穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。 蛋白質(zhì)卷曲的相關(guān)資源 資源 網(wǎng)址 coiled-coil http://www.york.ac.uk/depts/biol/units/coils/coilcoil.htmlCOILS http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.htmlEpitopeInfo http://epitope-informatics.com/Links.htm 蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè) 基于序列同源性分析的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè) 到少有80個(gè)氨基酸長(zhǎng)度范圍內(nèi)具有25%以上序列一致性才提示可能的顯著性意義。最快的工具如BlastP能很容易地發(fā)現(xiàn)顯著性片段,而無(wú)需使用十分耗時(shí)的BLITZ軟件。 基于NCBI/BLAST軟件的蛋白序列同源性分析 類似于核酸序列同源性分析,用戶直接將待分析的蛋白質(zhì)序列輸入NCBI/BLAST(www.ncbi.nlm.gov/blast),選擇程序BLASTP就可網(wǎng)上分析。 基于WU/BLAST2軟件進(jìn)行分析 華盛頓大學(xué)的BLAST軟件(dove.embl-heidelberg.dl/blast2)也可進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的同源性分析。 基于motif、結(jié)構(gòu)位點(diǎn)、結(jié)構(gòu)功能域數(shù)據(jù)庫(kù)的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè) 蛋白質(zhì)的磷酸化與糖基化對(duì)蛋白質(zhì)的功能影響很大,所以對(duì)其的分析也是生物信息學(xué)的一個(gè)部分。 同時(shí),分子進(jìn)化方面的研究表明,蛋白質(zhì)的不同區(qū)域具有不同的進(jìn)化速率,一些氨基酸必須在進(jìn)化過(guò)程中足夠保守以實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)的功能。在序列模式的鑒定方面有兩類技術(shù),第一類是依賴于和一致性序列(consensus sequence)或基序各殘基的匹配模式,該技術(shù)可用于十分容易并快速搜索motif數(shù)據(jù)庫(kù)。 Motif數(shù)據(jù)庫(kù)-PROSITE 最好的是PROSITE(www.expasy.org/prosite) 蛋白質(zhì)序列的(profile)分析 www.isrec.isb-sib.ch/software/PFSCAN_form.html InterProScan綜合分析網(wǎng)站 InterProScan是EBI 開發(fā)的一個(gè)集成了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫(kù),其中把SWISS-PROT,TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等數(shù)據(jù)庫(kù)提供的蛋白質(zhì)序列中的各種局域模式,如結(jié)構(gòu)域,motif等信息統(tǒng)一起來(lái),提供了一個(gè)較為全央的分析工具。 www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html 蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)功能域分析 簡(jiǎn)單模塊構(gòu)架搜索工具(simple modular architecture research tool,SMART)一個(gè)較好的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的數(shù)據(jù),可用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的分析,所得到的結(jié)構(gòu)域同時(shí)提供相關(guān)的資源的鏈接http://smart.embl-heidelberg.de/ 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) PDB數(shù)據(jù)庫(kù) 蛋白質(zhì)基本立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)(PDB, www.rcsb.org)其中有大量工具用于查看PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中的結(jié)構(gòu),如rasmol,可用于顯于出蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu),下載地址:www.umass.edu/microbio/rasmol) PDBFinder 數(shù)據(jù)庫(kù) 是在PDB、DSSP、HSSP基礎(chǔ)上建立的二級(jí)庫(kù),它包含PDB序列,作者,R因子,分辨率、二級(jí)結(jié)構(gòu)等,這些些信息隨著PDB庫(kù)每次發(fā)布新版,PDBFinder在EBI自動(dòng)生成,網(wǎng)址為“www.sander.embl-heideberg.de/pdbfinder/ ftp://swift.embl-heidelberg.de/pdbfinder. NRL-3D數(shù)據(jù)庫(kù) 是所有已知結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫(kù),可用于查詢蛋白序列時(shí)行相似性分析以確定其結(jié)構(gòu),www.gdb.org/Dan/protein/nrl3d.html ISSD數(shù)據(jù)庫(kù) 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù),其每個(gè)條目包含一個(gè)基因的編碼序列,同相應(yīng)的氨基酸序列對(duì)比,并給出相應(yīng)的多肽鏈結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。www.protein.bio.msu.su/issd HSSP數(shù)據(jù)庫(kù) 是根據(jù)同源性導(dǎo)出的蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù),每一條PDB項(xiàng)目都有一個(gè)對(duì)應(yīng)的HSSP文件,www.sander.embl-heidelberg.de/hssp 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫(kù) 對(duì)已知蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行手工分類得到的數(shù)據(jù)庫(kù),位于劍橋的站點(diǎn)也提供BLAST檢索服務(wù) http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ MMDB蛋白質(zhì)分子模型數(shù)據(jù)庫(kù) 是ENTREZ檢索工具所使用的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù),以ASN格式反蚋的PDB中的結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)。NCBI同時(shí)提供一個(gè)配套的三維結(jié)構(gòu)顯示程序的Cn3D,www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/ Dali/FSSP數(shù)據(jù)庫(kù) 基于PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中現(xiàn)有的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu),用自動(dòng)結(jié)構(gòu)對(duì)比程序Dali比較而形成的折疊單元和家庭分類庫(kù)。www.embl-ebi.ac.uk/dali 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 基于序列進(jìn)行蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)方面已有了大量文獻(xiàn)描述,本質(zhì)上,這些研究可被分為兩大類:基于單一序列的分析和基于多重序列對(duì)齊的分析。 文獻(xiàn)報(bào)道PHD程序是目前此方面的最好程序,提供了從二級(jí)結(jié)構(gòu)到折疊方面分析的多種資源。其網(wǎng)址為www.embl-heidel-berg.de/predictprotein/predictprotein.html,也可通過(guò)email:predictprotein@embl-heidelberg.de進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。 蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 蛋白質(zhì)同源家庭的分析對(duì)于確立物種之間的親緣關(guān)系和預(yù)測(cè)新蛋白質(zhì)序列的功能 有重要意義,同源蛋白質(zhì)(homolog)進(jìn)一步劃分為直系同源(ortholog)和旁系同源(paralog), 前者指不同物種中具有相同功能和共同起源的基因,后者則指在同一物種內(nèi)具有不同功能,但也有共同起源的基因,例如同是起源于珠蛋白的α珠蛋白、β珠蛋白和肌紅蛋白。 蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫(kù)(ProtoMap) 是對(duì)SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫(kù)中的全部蛋白質(zhì)由計(jì)算機(jī)自動(dòng)時(shí)行層次分類,把相關(guān)者聚集分極所得到的數(shù)據(jù)庫(kù)。www.proteinmap.cs.huji.ac.il 蛋白質(zhì)序列多重對(duì)齊分析及進(jìn)化分析 如果發(fā)現(xiàn)一個(gè)未知蛋白質(zhì)序列和較多不同和種屬或同一種屬的蛋白質(zhì)序列具有較高的同源性(大于30%)那么提示待分析的蛋白質(zhì)序列可能是相應(yīng)家族的成員,從而可從分子時(shí)化的角度對(duì)蛋白質(zhì)序列進(jìn)行綜合分析。 |
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