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[資源]
蛋白質(zhì)分析路線、方法
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最近在學(xué)習(xí)純化蛋白及蛋白活性的檢測 搜集到這個資料覺得很有啟發(fā) 希望對大家也有幫助 物理性質(zhì)預(yù)測： Compute PI/MW http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.html Peptidemass http://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html TGREASE ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/ SAPS http://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html 基于組成的蛋白質(zhì)識別預(yù)測 AACompIdent http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacompi.html AACompSim http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.html PROPSEARCH http://www.embl-heidelberg.de/prs.html 二級結(jié)構(gòu)和折疊類預(yù)測 nnpredict http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredictPredictprotein http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/SOPMA http://www.ibcp.fr/predict.htmlSSPRED http://www.embl-heidelberg.de/sspred/ssprd_info.html 特殊結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)預(yù)測 COILS http://ulrec3.unil.ch/software/COILS_form.htmlMacStripe http://www.wi.mit.edu/matsudaira/macstripe.html 與核酸序列一樣，蛋白質(zhì)序列的檢索往往是進行相關(guān)分析的第一步，由于數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)絡(luò)技校術(shù)的發(fā)展，蛋白序列的檢索是十分方便，將蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫下載到本地檢索和通過國際互聯(lián)網(wǎng)進行檢索均是可行的。 由NCBI檢索蛋白質(zhì)序列 可聯(lián)網(wǎng)到：“http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrz/query.fcgi?db=protein”進行檢索。 利用SRS系統(tǒng)從EMBL檢索蛋白質(zhì)序列 聯(lián)網(wǎng)到：http://srs.ebi.ac.uk/”，可利用EMBL的SRS系統(tǒng)進行蛋白質(zhì)序列的檢索。 通過EMAIL進行序列檢索 當(dāng)網(wǎng)絡(luò)不是很暢通時或并不急于得到較多數(shù)量的蛋白質(zhì)序列時，可采用EMAIL方式進行序列檢索。 蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析 蛋白質(zhì)序列的基本性質(zhì)分析是蛋白質(zhì)序列分析的基本方面，一般包括蛋白質(zhì)的氨基酸組成，分子質(zhì)量，等電點，親水性，和疏水性、信號肽，跨膜區(qū)及結(jié)構(gòu)功能域的分析等到。蛋白質(zhì)的很多功能特征可直接由分析其序列而獲得。例如，疏水性圖譜可通知來預(yù)測跨膜螺旋。同時，也有很多短片段被細(xì)胞用來將目的蛋白質(zhì)向特定細(xì)胞器進行轉(zhuǎn)移的靶標(biāo)（其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白質(zhì)將被引向內(nèi)質(zhì)網(wǎng)。WEB中有很多此類資源用于幫助預(yù)測蛋白質(zhì)的功能。 疏水性分析 位于ExPASy的ProtScale程序（ http://www.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl）可被用來計算蛋白質(zhì)的疏水性圖譜。該網(wǎng)站充許用戶計算蛋白質(zhì)的50余種不同屬性，并為每一種氨基酸輸出相應(yīng)的分值。輸入的數(shù)據(jù)可為蛋白質(zhì)序列或SWISSPROT數(shù)據(jù)庫的序列接受號。需要調(diào)整的只是計算窗口的大�。╪）該參數(shù)用于估計每種氨基酸殘基的平均顯示尺度。 進行蛋白質(zhì)的親/疏水性分析時，也可用一些windows下的軟件如， bioedit,dnamana等。 跨膜區(qū)分析 有多種預(yù)測跨膜螺旋的方法，最簡單的是直接，觀察以20個氨基酸為單位的疏水性氨基酸殘基的分布區(qū)域，但同時還有多種更加復(fù)雜的、精確的算法能夠預(yù)測跨膜螺旋的具體位置和它們的膜向性。這些技術(shù)主要是基于對已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺旋Tmbase 數(shù)據(jù)庫，可通過匿名FTP獲得(http://www.isrec.isb-sib.ch/ftp-server/tmbase)，參見表一 資源名稱 網(wǎng)址 說明 TMPRED http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html 基于對tmpred數(shù)據(jù)庫的統(tǒng)計分析PHDhtm http://www.embl-heidelberg.de/se ... tprotein.htmlMEMSAT ftp://ftp.biochem.ucl.ac.uk 微機版本 ，蛋白質(zhì)序列含有跨膜區(qū)提示它可能作為膜受體起作用，也可能是定位于膜的錨定蛋白或者離子通道蛋白等，從而，含有跨膜區(qū)的蛋白質(zhì)往往和細(xì)胞的功能狀態(tài)密切相關(guān)。http://genome.cbs.dtu.dk/sevices/TMHMM-2.0“或“http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html” 前導(dǎo)肽與蛋白質(zhì)定位 在生物內(nèi)，蛋白質(zhì)的合成場所與功能場所常被一層或多層細(xì)胞膜所隔開，這樣就涉及到蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)運。合成的蛋白質(zhì)只有準(zhǔn)確地定向運行才能保證生命活動的正常進行。一般來說，蛋白質(zhì)的定位的信息存在于該蛋白質(zhì)自身結(jié)構(gòu)中，并通過與膜上特殊的受體相互作用而得以表達。在起始密碼子之后，有一段編碼疏水性氨基酸序列的RN***段，這個氨基酸序列就這個氨基酸序列就是信號肽序列。含有信號肽的蛋白質(zhì)一般都是分泌到細(xì)胞外，可能作為重要的細(xì)胞因子起作用，從而具有潛在的應(yīng)用價值。 http://genome.cbs.dtu.dk/sevices/signalP-2.0 卷曲螺旋分析 另一個能夠直接從序列中預(yù)測的功能motif是α-螺旋的卷曲排列方式。在這種結(jié)構(gòu)中，兩種螺旋通過其疏水性界面相互纏在一起形成一個十分穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。 蛋白質(zhì)卷曲的相關(guān)資源 資源 網(wǎng)址 coiled-coil http://www.york.ac.uk/depts/biol/units/coils/coilcoil.htmlCOILS http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.htmlEpitopeInfo http://epitope-informatics.com/Links.htm 蛋白質(zhì)功能預(yù)測 基于序列同源性分析的蛋白質(zhì)功能預(yù)測 到少有80個氨基酸長度范圍內(nèi)具有25%以上序列一致性才提示可能的顯著性意義。最快的工具如BlastP能很容易地發(fā)現(xiàn)顯著性片段，而無需使用十分耗時的BLITZ軟件。 基于NCBI/BLAST軟件的蛋白序列同源性分析 類似于核酸序列同源性分析，用戶直接將待分析的蛋白質(zhì)序列輸入NCBI/BLAST(www.ncbi.nlm.gov/blast)，選擇程序BLASTP就可網(wǎng)上分析。 基于WU/BLAST2軟件進行分析 華盛頓大學(xué)的BLAST軟件（dove.embl-heidelberg.dl/blast2）也可進行蛋白質(zhì)序列的同源性分析。 基于motif、結(jié)構(gòu)位點、結(jié)構(gòu)功能域數(shù)據(jù)庫的蛋白質(zhì)功能預(yù)測 蛋白質(zhì)的磷酸化與糖基化對蛋白質(zhì)的功能影響很大，所以對其的分析也是生物信息學(xué)的一個部分。 同時，分子進化方面的研究表明，蛋白質(zhì)的不同區(qū)域具有不同的進化速率，一些氨基酸必須在進化過程中足夠保守以實現(xiàn)蛋白質(zhì)的功能。在序列模式的鑒定方面有兩類技術(shù)，第一類是依賴于和一致性序列（consensus sequence）或基序各殘基的匹配模式，該技術(shù)可用于十分容易并快速搜索motif數(shù)據(jù)庫。 Motif數(shù)據(jù)庫-PROSITE 最好的是PROSITE（www.expasy.org/prosite） 蛋白質(zhì)序列的(profile)分析 www.isrec.isb-sib.ch/software/PFSCAN_form.html InterProScan綜合分析網(wǎng)站 InterProScan是EBI 開發(fā)的一個集成了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和功能位點的數(shù)據(jù)庫，其中把SWISS-PROT,TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等數(shù)據(jù)庫提供的蛋白質(zhì)序列中的各種局域模式，如結(jié)構(gòu)域，motif等信息統(tǒng)一起來，提供了一個較為全央的分析工具。 www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html 蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)功能域分析 簡單模塊構(gòu)架搜索工具（simple modular architecture research tool,SMART）一個較好的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的數(shù)據(jù)，可用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的分析，所得到的結(jié)構(gòu)域同時提供相關(guān)的資源的鏈接http://smart.embl-heidelberg.de/ 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測 PDB數(shù)據(jù)庫 蛋白質(zhì)基本立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(PDB, www.rcsb.org)其中有大量工具用于查看PDB數(shù)據(jù)庫中的結(jié)構(gòu)，如rasmol，可用于顯于出蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)，下載地址：www.umass.edu/microbio/rasmol） PDBFinder 數(shù)據(jù)庫 是在PDB、DSSP、HSSP基礎(chǔ)上建立的二級庫，它包含PDB序列，作者，R因子，分辨率、二級結(jié)構(gòu)等，這些些信息隨著PDB庫每次發(fā)布新版，PDBFinder在EBI自動生成，網(wǎng)址為“www.sander.embl-heideberg.de/pdbfinder/ ftp://swift.embl-heidelberg.de/pdbfinder. NRL-3D數(shù)據(jù)庫 是所有已知結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫，可用于查詢蛋白序列時行相似性分析以確定其結(jié)構(gòu)，www.gdb.org/Dan/protein/nrl3d.html ISSD數(shù)據(jù)庫 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，其每個條目包含一個基因的編碼序列，同相應(yīng)的氨基酸序列對比，并給出相應(yīng)的多肽鏈結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。www.protein.bio.msu.su/issd HSSP數(shù)據(jù)庫 是根據(jù)同源性導(dǎo)出的蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，每一條PDB項目都有一個對應(yīng)的HSSP文件，www.sander.embl-heidelberg.de/hssp 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫 對已知蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)進行手工分類得到的數(shù)據(jù)庫，位于劍橋的站點也提供BLAST檢索服務(wù) http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ MMDB蛋白質(zhì)分子模型數(shù)據(jù)庫 是ENTREZ檢索工具所使用的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，以ASN格式反蚋的PDB中的結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)。NCBI同時提供一個配套的三維結(jié)構(gòu)顯示程序的Cn3D,www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/ Dali/FSSP數(shù)據(jù)庫 基于PDB數(shù)據(jù)庫中現(xiàn)有的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，用自動結(jié)構(gòu)對比程序Dali比較而形成的折疊單元和家庭分類庫。www.embl-ebi.ac.uk/dali 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測 基于序列進行蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)方面已有了大量文獻描述，本質(zhì)上，這些研究可被分為兩大類：基于單一序列的分析和基于多重序列對齊的分析。 文獻報道PHD程序是目前此方面的最好程序，提供了從二級結(jié)構(gòu)到折疊方面分析的多種資源。其網(wǎng)址為www.embl-heidel-berg.de/predictprotein/predictprotein.html,也可通過email:predictprotein@embl-heidelberg.de進行數(shù)據(jù)分析。 蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測 蛋白質(zhì)同源家庭的分析對于確立物種之間的親緣關(guān)系和預(yù)測新蛋白質(zhì)序列的功能 有重要意義，同源蛋白質(zhì)（homolog）進一步劃分為直系同源（ortholog）和旁系同源（paralog）, 前者指不同物種中具有相同功能和共同起源的基因，后者則指在同一物種內(nèi)具有不同功能，但也有共同起源的基因，例如同是起源于珠蛋白的α珠蛋白、β珠蛋白和肌紅蛋白。 蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫（ProtoMap） 是對SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫中的全部蛋白質(zhì)由計算機自動時行層次分類，把相關(guān)者聚集分極所得到的數(shù)據(jù)庫。www.proteinmap.cs.huji.ac.il 蛋白質(zhì)序列多重對齊分析及進化分析 如果發(fā)現(xiàn)一個未知蛋白質(zhì)序列和較多不同和種屬或同一種屬的蛋白質(zhì)序列具有較高的同源性（大于30%）那么提示待分析的蛋白質(zhì)序列可能是相應(yīng)家族的成員，從而可從分子時化的角度對蛋白質(zhì)序列進行綜合分析。 |
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2012-04-18 08:39:42, 156.63 K
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