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cenwanglai榮譽(yù)版主 (知名作家)
老和山猥瑣派九段
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[求助]
跑第一性原理分子動(dòng)力學(xué)用配多大的計(jì)算硬件？
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以前是做第一性原理結(jié)構(gòu)優(yōu)化和靜態(tài)性質(zhì)計(jì)算，一般100核以內(nèi)就可以基本滿足要求。 現(xiàn)在想關(guān)第一性原理分子動(dòng)力學(xué)（BOMD&CPMD）。希望給個(gè)概念： （1）第一性原理分子動(dòng)力學(xué)現(xiàn)在一般（非做方法，只是應(yīng)用）跑多少個(gè)原子的體系； （2）就上海超算中心的配置來(lái)講，需要租用多少個(gè)核。 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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| 這取決于你做多大的體系，然后再取決于你研究什么性質(zhì)。如果你只是研究常溫或者熔化溫度左右的溫度，且體系也在100個(gè)原子左右，那你之前的機(jī)器也夠用了。但是，ABMD需要的時(shí)間很長(zhǎng)，一般至少幾天以上。所以，如果你要同時(shí)跑很多作業(yè)，那就得多要節(jié)點(diǎn)了。我通常做凝聚態(tài)范圍內(nèi)的MD的話，一百個(gè)原子左右，且不包含稀有金屬等電子很多的體系，我每個(gè)左右32-64個(gè)節(jié)點(diǎn)足夠。有些大的體系，且計(jì)算時(shí)間要很長(zhǎng)的體系，需要128-256個(gè)核。所以，你自己可以估量一下。 |
2樓2012-04-24 12:23:13
goldenfisher
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3樓2012-04-24 12:23:56
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