 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 606 | 回復(fù): 2 | ||
sheva7love銅蟲 (小有名氣)
|
[求助]
請大家看看我的磷脂膜初始結(jié)構(gòu)，如何鏡像一下？
|
|
下圖是maritini力場自組裝運(yùn)行25ns后的磷脂膜發(fā)現(xiàn)水不在兩側(cè)而在中間，紫色是水， 用packmol得到的膜跑25ns后也是如此。光看圖，我感覺是周期性邊界導(dǎo)致的。 我用editconf來處理，沒有效果。 我應(yīng)該如何處理，得到對稱的、水在兩側(cè)的穩(wěn)定膜結(jié)構(gòu)呢？ 2.png [ Last edited by sheva7love on 2012-4-24 at 15:17 ] |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
求調(diào)劑院校信息
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085600材料與化工306
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
328求調(diào)劑，英語六級551，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)070300 學(xué)碩336求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286分人工智能專業(yè)請求調(diào)劑愿意跨考！
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
資源與環(huán)境 調(diào)劑申請(333分)
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
280求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
269專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
材料學(xué)碩301分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 大家都來看看，這吉大考博咋回事啊
已經(jīng)有37人回復(fù)
- 迷茫，大家看看我申請德國慕尼黑大學(xué)的概率有多大
已經(jīng)有10人回復(fù)
- C++編程，關(guān)于循環(huán)結(jié)構(gòu)的，大家看看我這程序哪里錯了？
已經(jīng)有21人回復(fù)
- 大家給看看這個編輯部的意見，指導(dǎo)一下我這個新手
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【請教】大家?guī)臀铱纯催@種薄膜樣品的截面SEM照片是怎么獲得的，謝謝了
已經(jīng)有18人回復(fù)
- 【求助】求一個磷脂雙分子膜的PDB文件
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 投了篇CPL，請大家看看是怎么回事？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 大家看看編輯對我催稿信的回復(fù)，不知還要多久才能審?fù)辏?/a>
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 【討論】大家看看我配的鉻酸洗液有沒問題
已經(jīng)有22人回復(fù)
2樓2012-04-24 17:27:34
sheva7love
銅蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 231.4
- 帖子: 57
- 在線: 97.2小時
- 蟲號: 1458206
- 注冊: 2011-10-24
- 專業(yè): 傳熱傳質(zhì)學(xué)
|
我的packmol得到的初始結(jié)構(gòu)都沒問題，就是雙層膜，關(guān)鍵在平衡后就成上面這樣了。 tolerance 2.0 filetype pdb output bilayer.pdb structure water.pdb number 3998 inside box 0. 0. 0. 127. 129. 25. end structure structure water.pdb number 3998 inside box 0. 0. 75. 127. 129. 100. end structure structure DPPC.pdb number 256 inside box 0. 0. 20. 127. 129. 50. atoms 1 below plane 0. 0. 1. 25. end atoms atoms 12 over plane 0. 0. 1. 48 end atoms end structure structure DPPC.pdb number 256 inside box 0. 0. 50. 127. 129. 80. atoms 12 below plane 0. 0. 1. 52. end atoms atoms 1 over plane 0. 0. 1. 75 end atoms end structure |
3樓2012-04-26 09:13:05
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 sheva7love 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 資源與環(huán)境 調(diào)劑申請(333分) +5 | holy J 2026-03-21 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑 +5 | yzysaa 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
[考研] 求助 +5 | 夢里的無言 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +3 | 哇呼哼呼哼 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)一志愿985，分?jǐn)?shù)349求調(diào)劑 +3 | zxts12 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中科技大學(xué)071000，求調(diào)劑 +3 | 沿岸有貝殼6 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿山大07化學(xué) 332分 四六級已過 本科山東雙非 求調(diào)劑！ +3 | 不想理你 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料工程（專）一志愿985 初試335求調(diào)劑 +3 | hiloiy 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 臨澤境llllll 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +6 | 曼殊2266 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，一志愿:南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分 +4 | @taotao 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中農(nóng)業(yè)071010，總分320求調(diào)劑 +3 | 困困困困坤坤 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑 +11 | Ymlll 2026-03-18 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 261求B區(qū)調(diào)劑，科研經(jīng)歷豐富 +3 | 牛奶很忙 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑，一志愿華南理工大學(xué)071005 +5 | ioodiiij 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085601材料工程專碩求調(diào)劑 +10 | 慕寒mio 2026-03-16 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿985，本科211，0817化學(xué)工程與技術(shù)319求調(diào)劑 +10 | Liwangman 2026-03-15 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 344求調(diào)劑 +6 | knight344 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 312求調(diào)劑 +8 | 陌宸希 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +5 | 大米飯！ 2026-03-15 | 5/250 |
|