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[求助]
請大家看看我的磷脂膜初始結構,如何鏡像一下?
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下圖是maritini力場自組裝運行25ns后的磷脂膜發(fā)現(xiàn)水不在兩側而在中間,紫色是水, 用packmol得到的膜跑25ns后也是如此。光看圖,我感覺是周期性邊界導致的。 我用editconf來處理,沒有效果。 我應該如何處理,得到對稱的、水在兩側的穩(wěn)定膜結構呢? 2.png [ Last edited by sheva7love on 2012-4-24 at 15:17 ] |

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我的packmol得到的初始結構都沒問題,就是雙層膜,關鍵在平衡后就成上面這樣了。 tolerance 2.0 filetype pdb output bilayer.pdb structure water.pdb number 3998 inside box 0. 0. 0. 127. 129. 25. end structure structure water.pdb number 3998 inside box 0. 0. 75. 127. 129. 100. end structure structure DPPC.pdb number 256 inside box 0. 0. 20. 127. 129. 50. atoms 1 below plane 0. 0. 1. 25. end atoms atoms 12 over plane 0. 0. 1. 48 end atoms end structure structure DPPC.pdb number 256 inside box 0. 0. 50. 127. 129. 80. atoms 12 below plane 0. 0. 1. 52. end atoms atoms 1 over plane 0. 0. 1. 75 end atoms end structure |

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