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sheva7love銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
請大家看看我的磷脂膜初始結(jié)構(gòu)，如何鏡像一下？
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下圖是maritini力場自組裝運(yùn)行25ns后的磷脂膜發(fā)現(xiàn)水不在兩側(cè)而在中間，紫色是水， 用packmol得到的膜跑25ns后也是如此。光看圖，我感覺是周期性邊界導(dǎo)致的。 我用editconf來處理，沒有效果。 我應(yīng)該如何處理，得到對稱的、水在兩側(cè)的穩(wěn)定膜結(jié)構(gòu)呢？ 2.png [ Last edited by sheva7love on 2012-4-24 at 15:17 ] |
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2樓2012-04-24 17:27:34
sheva7love
銅蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 231.4
- 帖子: 57
- 在線: 97.2小時
- 蟲號: 1458206
- 注冊: 2011-10-24
- 專業(yè): 傳熱傳質(zhì)學(xué)
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我的packmol得到的初始結(jié)構(gòu)都沒問題，就是雙層膜，關(guān)鍵在平衡后就成上面這樣了。 tolerance 2.0 filetype pdb output bilayer.pdb structure water.pdb number 3998 inside box 0. 0. 0. 127. 129. 25. end structure structure water.pdb number 3998 inside box 0. 0. 75. 127. 129. 100. end structure structure DPPC.pdb number 256 inside box 0. 0. 20. 127. 129. 50. atoms 1 below plane 0. 0. 1. 25. end atoms atoms 12 over plane 0. 0. 1. 48 end atoms end structure structure DPPC.pdb number 256 inside box 0. 0. 50. 127. 129. 80. atoms 12 below plane 0. 0. 1. 52. end atoms atoms 1 over plane 0. 0. 1. 75 end atoms end structure |
3樓2012-04-26 09:13:05
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