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hunter2010鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
超分子體系計(jì)算
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本人研究超分子體系弱相互作用計(jì)算，現(xiàn)在有幾個(gè)問(wèn)題要咨詢下大家，望大家在空間時(shí)間幫我解答下，謝謝。 第一：我本人幾何優(yōu)化的時(shí)候，就是把2個(gè)分子根據(jù)主客體關(guān)系搭建了模型，進(jìn)行幾何優(yōu)化收斂了，頻率計(jì)算后無(wú)虛頻，有內(nèi)振動(dòng)。后然用各種方法計(jì)算，指定opt=tight,int=tight,freq=hinderedrotor,仍舊提示W(wǎng)arning 40 free degree significant error 之類(lèi)，后然查詢頻率校正因子，發(fā)現(xiàn)沒(méi)有我用的基組的校正因子，就選了個(gè)0.950.幾何優(yōu)化頻率都是使用DFT—D就行優(yōu)化，不知道優(yōu)化要不要counterpoise,我看有些文件幾何優(yōu)化用了，有些沒(méi)有。 第二，模型搭建的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)我自己搭建的和文獻(xiàn)不一樣，有些文件也是和我一樣，根據(jù)化學(xué)性質(zhì)，放兩個(gè)分子進(jìn)去，進(jìn)行幾何優(yōu)化。但還有些文獻(xiàn)寫(xiě)的是利用chem3D軟件組建超分子構(gòu)型，比如用chem3D組建NTO, H20超分子體系勢(shì)能面上的各種可能構(gòu)型。我不清楚怎么用chem3D組建超分子體系勢(shì)能面上的各種可能構(gòu)型？？構(gòu)型搜索？？ 第三：[img]。請(qǐng)問(wèn)這種圖的分子間氫鍵和氫鍵鍵長(zhǎng)畫(huà)的，用什么軟件 dimer |
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2樓2012-04-25 16:39:39
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