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hunter2010鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
超分子體系計算
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本人研究超分子體系弱相互作用計算，現(xiàn)在有幾個問題要咨詢下大家，望大家在空間時間幫我解答下，謝謝。 第一：我本人幾何優(yōu)化的時候，就是把2個分子根據(jù)主客體關(guān)系搭建了模型，進行幾何優(yōu)化收斂了，頻率計算后無虛頻，有內(nèi)振動。后然用各種方法計算，指定opt=tight,int=tight,freq=hinderedrotor,仍舊提示W(wǎng)arning 40 free degree significant error 之類，后然查詢頻率校正因子，發(fā)現(xiàn)沒有我用的基組的校正因子，就選了個0.950.幾何優(yōu)化頻率都是使用DFT—D就行優(yōu)化，不知道優(yōu)化要不要counterpoise,我看有些文件幾何優(yōu)化用了，有些沒有。 第二，模型搭建的時候，發(fā)現(xiàn)我自己搭建的和文獻不一樣，有些文件也是和我一樣，根據(jù)化學(xué)性質(zhì)，放兩個分子進去，進行幾何優(yōu)化。但還有些文獻寫的是利用chem3D軟件組建超分子構(gòu)型，比如用chem3D組建NTO, H20超分子體系勢能面上的各種可能構(gòu)型。我不清楚怎么用chem3D組建超分子體系勢能面上的各種可能構(gòu)型？？構(gòu)型搜索？？ 第三：[img]。請問這種圖的分子間氫鍵和氫鍵鍵長畫的，用什么軟件 dimer |
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jiewei
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2樓2012-04-25 16:39:39
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