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astringent銅蟲 (著名寫手)
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[求助]
哪種軟件可以如何實(shí)現(xiàn)體系中某些分子動(dòng)？
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| 最近想找一款軟件，要求大體系中的一個(gè)小分子可以整體移動(dòng)，但是大分子的其他部分固定，不知道MD能否實(shí)現(xiàn)？要是能實(shí)現(xiàn)，具體如何抄作？或者推薦其他可視化軟件,請(qǐng)大家指點(diǎn),xiexie |
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ChemiAndy
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+5, 鼓勵(lì)交流 2012-05-16 07:34:48
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樓主到底是要看軌跡的可視化軟件，還是要做約束動(dòng)力學(xué)？這兩者顯然完全不一樣。 做約束動(dòng)力學(xué)，顯然任何流行的MD軟件都可實(shí)現(xiàn)，NAMD, GROMACS， DL_POLY, LAMMPS，只要看看手冊(cè)，了解一下如何： 設(shè)置所有其它原子坐標(biāo)不動(dòng)；設(shè)置小分子的鍵和鍵角不變；然后MD即可； 有了Trajectory，任何可視化軟件，只要能讀你的trajectroy文件格式，都能看了。不過你要分析小分子的運(yùn)動(dòng)可及空間，用VMD最好。 |
2樓2012-05-16 06:28:36
astringent
銅蟲 (著名寫手)
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3樓2012-05-17 01:56:38
ChemiAndy
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【答案】應(yīng)助回帖
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jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-05-17 07:24:52
astringent: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-05-18 05:09:20
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astringent: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-05-18 05:09:20
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一般我用gaussview干這件事情。在gaussview中，按住alt鍵，然后在目標(biāo)小分子上拖曳鼠標(biāo)左鍵可以單獨(dú)轉(zhuǎn)動(dòng)小分子而其他分子不動(dòng)；（要求小分子與其它部分不成鍵，如果距離太短成鍵，就打斷）；按住Alt+Shift后拖曳小分子可以平移。 樓主試試吧。當(dāng)然，Material Studio/DS viewer pro都可以實(shí)現(xiàn)類似操作，只是我不常用。 |
4樓2012-05-17 02:49:26
【答案】應(yīng)助回帖
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chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2012-05-17 08:51:28
astringent: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-05-18 05:26:54
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VMD 當(dāng)然可以實(shí)現(xiàn)了，兩種方法： 1： set sel [atomselcet top "你想移動(dòng)的小分子"] $sel moveby {x y z } #xyz就是你在這三個(gè)方向移動(dòng)的距離，你看一下VMD的這兩個(gè)命令便知其意。 2：直接鼠標(biāo)移：點(diǎn)擊mouse——move——molecule 就OK |
5樓2012-05-17 07:28:43
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