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[交流] ]NCBI上只有基因編號沒有名字的這種是不是未知的？

比如這種，只有前面種屬字母加一個編號的，還是假定蛋白的，是不是就是說沒有人研究過這個基因，這個基因還沒有名字和功能的相關(guān)文章發(fā)表？

Gene symbol azo0558
Gene description hypothetical protein
Locus tag azo0558

另外，這種假定的基因的名字怎么叫呢？就叫azo0558么？

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1樓 2012-05-25 08:48:41

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elon1133

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macleod(金幣+1): 謝謝參與
scelab: 金幣+7, MicEPI+1, 鼓勵新蟲，謝謝交流哦~ 2012-05-25 21:28:46

判斷一個一個基因有沒有名字和功能的相關(guān)文章發(fā)表，不是通過這種genbank的簡單信息來判斷的。hypothetical protein 是當(dāng)時基因組注釋的時候，沒有在特定的數(shù)據(jù)庫里（比如NR）里找到相應(yīng)的同源蛋白或者同源蛋白是hypothetical protein。
要想知道它的具體信息，必須自己做進一步的分析，比如做結(jié)構(gòu)域的掃描（CDD，Pfam等）。你的蛋白的cdd結(jié)果是“
Description PssmId Multi-dom E-value
DUF269 super family[cl03973], Protein of unknown function, DUF269; Members of this family may be involved in nitrogen fixation, since they are found within ...
155787 no 2.09e-70
Protein of unknown function, DUF269; Members of this family may be involved in nitrogen fixation, since they are found within nitrogen fixation operons.
The actual alignment was detected with superfamily member pfam03270:”。
是不是有功能驗證可以根據(jù)這個自己去查。
基因的名稱，如果你發(fā)文章，自己命名去。
不知道這么說，你有沒有明白。呵呵

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2樓2012-05-25 20:31:28

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2樓: Originally posted by elon1133 at 2012-05-25 20:31:28
判斷一個一個基因有沒有名字和功能的相關(guān)文章發(fā)表，不是通過這種genbank的簡單信息來判斷的。hypothetical protein 是當(dāng)時基因組注釋的時候，沒有在特定的數(shù)據(jù)庫里（比如NR）里找到相應(yīng)的同源蛋白或者同源蛋白是hyp ...

多謝，學(xué)習(xí)了。

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3樓2012-05-25 21:02:26

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我查到我關(guān)心的另一個，結(jié)果是
Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2076); This domain, found in various hypothetical prokaryotic proteins, has no known function. The domain, however, is found in various periplasmic ligand-binding sensor proteins.

好像沒有已知的功能。。。

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4樓2012-05-25 21:13:06

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macleod: 金幣+1 2012-05-25 23:16:22

引用回帖:

4樓: Originally posted by macleod at 2012-05-25 21:13:06
我查到我關(guān)心的另一個，結(jié)果是
Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2076); This domain, found in various hypothetical prokaryotic proteins, has no known function. The domain, however, is ...

對于這個問題，我給出以下意見：
第一：可以blaspt一下，看看相似蛋白有沒有功能驗證，如果identity在35%以上，coverage在70%以上或者保守結(jié)構(gòu)域區(qū)域沒有覆蓋的蛋白的功能沒有報道，基本上認(rèn)為是功能位知蛋白。
第二：在以上條件符合后，可以分析蛋白的性質(zhì)，比如sp，tm，DNA binding等等

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5樓2012-05-25 21:36:54

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引用回帖:

5樓: Originally posted by elon1133 at 2012-05-25 21:36:54
對于這個問題，我給出以下意見：
第一：可以blaspt一下，看看相似蛋白有沒有功能驗證，如果identity在35%以上，coverage在70%以上或者保守結(jié)構(gòu)域區(qū)域沒有覆蓋的蛋白的功能沒有報道，基本上認(rèn)為是功能位知蛋白。
...

非常感謝，我研究一下！
只是目前我們做的可能沒辦法做蛋白這么詳細(xì)，暫且都是敲除、互補驗證這些實驗，可我覺得我發(fā)現(xiàn)這個基因應(yīng)該對一個表型有很大的作用。

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6樓2012-05-25 23:19:00

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簡單回復(fù)

JOEF7樓

2012-06-01 14:17 回復(fù)

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