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[交流]
]NCBI上只有基因編號沒有名字的這種是不是未知的？
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比如這種，只有前面種屬字母加一個編號的，還是假定蛋白的，是不是就是說沒有人研究過這個基因，這個基因還沒有名字和功能的相關(guān)文章發(fā)表？ Gene symbol azo0558 Gene description hypothetical protein Locus tag azo0558 另外，這種假定的基因的名字怎么叫呢？就叫azo0558么？ |
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3樓2012-05-25 21:02:26
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
macleod(金幣+1): 謝謝參與
scelab: 金幣+7, MicEPI+1, 鼓勵新蟲，謝謝交流哦~ 2012-05-25 21:28:46
macleod(金幣+1): 謝謝參與
scelab: 金幣+7, MicEPI+1, 鼓勵新蟲，謝謝交流哦~ 2012-05-25 21:28:46
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判斷一個一個基因有沒有名字和功能的相關(guān)文章發(fā)表，不是通過這種genbank的簡單信息來判斷的。hypothetical protein 是當時基因組注釋的時候，沒有在特定的數(shù)據(jù)庫里（比如NR）里找到相應(yīng)的同源蛋白或者同源蛋白是hypothetical protein。 要想知道它的具體信息，必須自己做進一步的分析，比如做結(jié)構(gòu)域的掃描（CDD，Pfam等）。你的蛋白的cdd結(jié)果是“ Description PssmId Multi-dom E-value DUF269 super family[cl03973], Protein of unknown function, DUF269; Members of this family may be involved in nitrogen fixation, since they are found within ... 155787 no 2.09e-70 Protein of unknown function, DUF269; Members of this family may be involved in nitrogen fixation, since they are found within nitrogen fixation operons. The actual alignment was detected with superfamily member pfam03270:”。 是不是有功能驗證可以根據(jù)這個自己去查。 基因的名稱，如果你發(fā)文章，自己命名去。 不知道這么說，你有沒有明白。呵呵 |
2樓2012-05-25 20:31:28
4樓2012-05-25 21:13:06
5樓2012-05-25 21:36:54
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