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20111987金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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已知秀麗隱桿線(xiàn)蟲(chóng)的引物序列，如何得到所擴(kuò)增片段的長(zhǎng)度
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已知秀麗隱桿線(xiàn)蟲(chóng)的引物序列，如何得到所擴(kuò)增片段的長(zhǎng)度？ 引物如下： skn-1 5′-AGTGTCGGCGTTCCAGATTTC-3′； 5′-GTCGACGAATCTTGCGAATCA-3′； sod-3 5'-CCAACCAGCGCTGAAATTCAATGG 5'-GGAACCGAAGTCGCGCTTAATAGT daf-16(NM_001026247), 5′-TTTCCGTCCCCGAACTCAA-3′ ; 5′-ATTCGCCAACCCATGATGG-3′; hsp-16.2 5′-ACGCCAATTTGCTCCAGTCT-3′, 5′-GATGGCAAACTTTTGATCATTGTTA-3′; ama-1 5′-CTGACCCAAAGAACACGGTGA-3′ 5′-TCCAATTCGATCCGAAGAAGC-3′ akt-2 5′-TTGTAAAACGACGGCCAG 5′-CATGATTACGCCAAGCTC tub-1 5′-TCCAATTGCTCAACCACG-3′, 5′-AGGGAGTACTTCACTTGG-3′ |
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hongqifei
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UCSC的In-Silico PCR。物種選C.elegans，后面輸入引物序列即可。 鏈接在此： http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/h ... amp;hgsid=273515433 |
4樓2012-05-28 12:47:34
西瓜
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這個(gè)好辦，把蟲(chóng)體洗滌幾次就可以了。收集了之后，3000g離心30秒~1分鐘，蟲(chóng)體就可以離下來(lái)了，而細(xì)菌還在上清里。棄上清，加入水或者M(jìn)9,混勻，再離心棄上清，反復(fù)2、3次，看到上清比較清就可以了。 如果提RNA是想克隆基因，那食物殘余一點(diǎn)問(wèn)題不大；如果是想做熒光定量PCR,那就像上面那樣洗一下吧。因?yàn)闊晒舛縋CR用到的內(nèi)參基因都是保守基因，可能細(xì)菌的也能被擴(kuò)增出來(lái)；另外細(xì)菌的RNA也會(huì)讓你對(duì)蟲(chóng)體RNA的量判斷不準(zhǔn)。 |
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2011198710樓2012-05-29 11:16:58
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2樓2012-05-28 09:10:26
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amisking: 回帖置頂 2012-05-28 20:30:52
| 找到pubmed中Nucleotide界面，點(diǎn)擊左側(cè)工具條內(nèi)的BLAST，進(jìn)入blast界面，選擇Nucleotide板塊中的Search for short, nearly exact matches ，在Search 提供的空白區(qū)鍵入 上游（5‘-3’）nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn（20個(gè)以上的n）下游引物（5‘-3’），在其他選框中進(jìn)行必要的限定。點(diǎn)擊blast按鈕。待進(jìn)入下一界面后點(diǎn)擊format, 待出現(xiàn)下一界面后，察看其中上下游引物能100%互補(bǔ)序列，用目的序列的最大堿基位置-最小堿基位置+1即目的片段的長(zhǎng)度。需要補(bǔ)充說(shuō)明的是，統(tǒng)一引物可能會(huì)blast到多條pcr產(chǎn)物，但目的片段的大小一致，主要是同一基因，有些提供的序列不完整造成的。 你試試。 |
3樓2012-05-28 11:12:40
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6樓2012-05-28 17:02:56
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7樓2012-05-28 20:29:52
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8樓2012-05-28 22:56:31
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