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20111987金蟲 (正式寫手)
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[求助]
已知秀麗隱桿線蟲的引物序列，如何得到所擴增片段的長度
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已知秀麗隱桿線蟲的引物序列，如何得到所擴增片段的長度？ 引物如下： skn-1 5′-AGTGTCGGCGTTCCAGATTTC-3′； 5′-GTCGACGAATCTTGCGAATCA-3′； sod-3 5'-CCAACCAGCGCTGAAATTCAATGG 5'-GGAACCGAAGTCGCGCTTAATAGT daf-16(NM_001026247), 5′-TTTCCGTCCCCGAACTCAA-3′ ; 5′-ATTCGCCAACCCATGATGG-3′; hsp-16.2 5′-ACGCCAATTTGCTCCAGTCT-3′, 5′-GATGGCAAACTTTTGATCATTGTTA-3′; ama-1 5′-CTGACCCAAAGAACACGGTGA-3′ 5′-TCCAATTCGATCCGAAGAAGC-3′ akt-2 5′-TTGTAAAACGACGGCCAG 5′-CATGATTACGCCAAGCTC tub-1 5′-TCCAATTGCTCAACCACG-3′, 5′-AGGGAGTACTTCACTTGG-3′ |
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20111987
金蟲 (正式寫手)
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9樓2012-05-29 08:12:28
niushuaiji
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2樓2012-05-28 09:10:26
duzhichao
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| 找到pubmed中Nucleotide界面，點擊左側(cè)工具條內(nèi)的BLAST，進入blast界面，選擇Nucleotide板塊中的Search for short, nearly exact matches ，在Search 提供的空白區(qū)鍵入 上游（5‘-3’）nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn（20個以上的n）下游引物（5‘-3’），在其他選框中進行必要的限定。點擊blast按鈕。待進入下一界面后點擊format, 待出現(xiàn)下一界面后，察看其中上下游引物能100%互補序列，用目的序列的最大堿基位置-最小堿基位置+1即目的片段的長度。需要補充說明的是，統(tǒng)一引物可能會blast到多條pcr產(chǎn)物，但目的片段的大小一致，主要是同一基因，有些提供的序列不完整造成的。 你試試。 |
3樓2012-05-28 11:12:40
hongqifei
木蟲 (小有名氣)
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UCSC的In-Silico PCR。物種選C.elegans，后面輸入引物序列即可。 鏈接在此： http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/h ... amp;hgsid=273515433 |
4樓2012-05-28 12:47:34
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