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藍紫色玻璃心新蟲 (小有名氣)
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[求助]
VMD不顯示小分子
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| 我用Gromacs跑完動力學(xué)之后，想看一下小分子的作用位點，但是用VMD導(dǎo)入之后為什么沒有小分子的結(jié)構(gòu)，只有蛋白的........哪位高手指點一下......... |
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Tanya_snail
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2樓2012-05-29 23:26:39
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4樓2012-05-30 09:57:18
【答案】應(yīng)助回帖
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你可以在VMD 中不同的分子用不同的顯示方式，下面是我做模擬，用VMD 做漂亮顯示的一段腳本，你可以參考，把這一段看懂了，你自己就會調(diào)節(jié)了 mol delrep 0 top display Orthographic color Display Background white color Resname TIP3 green #color Resname POT yellow #color Resname CLA blue color Resname GRA cyan color Resname ADE blue color Resname THY red mol representation VDW 1.5 23 mol color ResName mol selection {resname TIP3} mol addrep top mol representation VDW 1.5 23 mol color Name mol selection {resname POT CLA} mol addrep top mol representation Licorice 0.3 60 60 mol color ResName mol selection {resname GRA} mol addrep top mol representation NewCartoon mol color ResName mol selection {resname ADE THY} mol addrep top |
5樓2012-05-30 10:15:47
visualization
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6樓2012-05-30 10:27:59
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7樓2012-05-30 10:33:32
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8樓2012-05-30 10:34:12
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9樓2012-05-30 10:34:38
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