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藍(lán)紫色玻璃心

新蟲(chóng) (小有名氣)

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[求助] VMD不顯示小分子

我用Gromacs跑完動(dòng)力學(xué)之后，想看一下小分子的作用位點(diǎn)，但是用VMD導(dǎo)入之后為什么沒(méi)有小分子的結(jié)構(gòu)，只有蛋白的........哪位高手指點(diǎn)一下.........

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1樓 2012-05-29 17:49:16

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caixin5120

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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小分子的顯示模式不對(duì)！ new cartoon只能顯示蛋白，詳情請(qǐng)查看 VMD說(shuō)明書(shū)，或者 amber網(wǎng)站教學(xué)中的VMD使用教程，會(huì)給你詳細(xì)的指導(dǎo)

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4樓2012-05-30 09:57:18

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Tanya_snail

木蟲(chóng) (小有名氣)

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藍(lán)紫色玻璃心: 金幣+5 2012-05-30 10:34:56

你把原子調(diào)大一點(diǎn)，用滑鼠就可以調(diào)整原子的大小了，顯示方式改一下試試

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2樓2012-05-29 23:26:39

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藍(lán)紫色玻璃心

新蟲(chóng) (小有名氣)

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引用回帖:

2樓: Originally posted by Tanya_snail at 2012-05-29 23:26:39
你把原子調(diào)大一點(diǎn)，用滑鼠就可以調(diào)整原子的大小了，顯示方式改一下試試

是不是說(shuō)我用new cartoon顯示的話只能顯示蛋白嗎？那我應(yīng)該用什么顯示方式呢？

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3樓2012-05-30 08:31:38

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jiaoyixiong

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引用回帖:

3樓: Originally posted by 藍(lán)紫色玻璃心 at 2012-05-30 08:31:38
是不是說(shuō)我用new cartoon顯示的話只能顯示蛋白嗎？那我應(yīng)該用什么顯示方式呢？...

你可以在VMD 中不同的分子用不同的顯示方式，下面是我做模擬，用VMD 做漂亮顯示的一段腳本，你可以參考，把這一段看懂了，你自己就會(huì)調(diào)節(jié)了

mol delrep 0 top

display Orthographic
color Display Background white

color Resname TIP3 green
#color Resname POT yellow
#color Resname CLA blue
color Resname GRA cyan
color Resname ADE blue
color Resname THY red

mol representation VDW 1.5 23
mol color ResName
mol selection {resname TIP3}
mol addrep top

mol representation VDW 1.5 23
mol color Name
mol selection {resname POT CLA}
mol addrep top

mol representation Licorice 0.3 60 60
mol color ResName
mol selection {resname GRA}
mol addrep top

mol representation NewCartoon
mol color ResName
mol selection {resname ADE THY}
mol addrep top

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5樓2012-05-30 10:15:47

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