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kuailede新蟲 (初入文壇)
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[求助]
AIM計(jì)算氫鍵的八個(gè)指標(biāo)求助 已有1人參與
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| AIM計(jì)算氫鍵有八個(gè)指標(biāo)分別是標(biāo)準(zhǔn)如下所述：(1)正確的拓?fù)漕愋?(即存在一個(gè)鍵的臨界點(diǎn)(BCP)和一條鍵徑)；(2)在此BCP處適當(dāng)?shù)碾娮用芏戎�，約在0.002到0.035 au之間；(3)在此BCP處電子密度的Laplacian值在0.024到0.139 au之間；(4)H和Y原子的相互滲透；(5)氫原子凈電荷的增加；(6)氫原子的能量增高；(7)偶極極化的降低；(8)氫原子的原子體積減小。第四個(gè)指標(biāo)是在搞不清楚說(shuō)是非鍵半徑減去成鍵半徑，成鍵半徑是原子到臨界點(diǎn)的距離，那請(qǐng)問(wèn)非鍵半徑咋辦文獻(xiàn)是這么說(shuō)的，非鍵原子半徑則為在此氫鍵方向上原子與一條等密度線(此處我們?nèi)?.001 au)之間的距離，但實(shí)際上怎么操作。盼高手解答�。�！ |
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shangwu
銅蟲 (小有名氣)
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3樓2014-09-13 10:11:10
kuailede
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kuailede: 回帖置頂 2012-06-07 11:01:00
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Popelier等在研究Y …HC氫鍵的基礎(chǔ)上提出了8 個(gè)更加具體的電子密度拓?fù)湫再|(zhì)作為氫鍵存在的標(biāo)準(zhǔn)，有個(gè)標(biāo)準(zhǔn)我一直都沒(méi)弄懂就是第四個(gè)關(guān)于氫鍵相互滲透的。您的文章是這么描述的H 與受體原子Y 的半徑之和減小( Δ rH +Δ rY<0, Δ r=r−r0, 這里復(fù)合物中原子半徑r 計(jì)算為原子核與H …Y 之間的BCP之間的距離, 單體中原子半徑r0 計(jì)算為原子核到 0.001 a.u.等電子密度面的距離), 原子到等電子密度面的距離時(shí)怎么量出來(lái)的？？ 謝謝 |
2樓2012-06-07 11:00:11
sobereva
至尊木蟲 (著名寫手)
本人已永久離開小木蟲
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【答案】應(yīng)助回帖
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gmy1990: 金幣+3 2014-09-14 06:49:27
gmy1990: 金幣+3 2014-09-14 06:49:27
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參見(jiàn)此文第12小節(jié) Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概覽 http://hi.baidu.com/sobereva/item/932f96260c57eaf951fd8716 以及此文的第六節(jié) 使用Multiwfn結(jié)合VMD分析和繪制分子表面靜電勢(shì)分布 http://hi.baidu.com/sobereva/item/692f9a83d8e9a5c8b071545d |
4樓2014-09-13 23:09:13
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