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beingking至尊木蟲 (著名寫手)
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質(zhì)粒DNA提取實(shí)驗(yàn)常見問題解答
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1.加入solution.III,經(jīng)10分鐘離心后細(xì)菌沉淀怎么不結(jié)實(shí),有的漂浮在液面,有的貼在 離心管壁上,一搖晃即破碎脫落下來?細(xì)菌的用量太少,導(dǎo)致產(chǎn)生的沉淀主要是鹽分的沉淀,因?yàn)槿鄙僮冃缘募?xì)菌蛋白和細(xì)菌基因組DNA 的纏繞,沉淀就顯得不結(jié)實(shí)。解決方法:將細(xì)菌的用量增加。 2.加入soln.III,經(jīng)10分鐘離心后細(xì)菌沉淀怎么不結(jié)實(shí),呈大塊的水泡狀,上清較少? (1)使用了過多的細(xì)菌,導(dǎo)致菌體未被有效裂解。解決方法:將細(xì)菌用量減半。 (2)細(xì)菌懸浮不充分,存留小菌塊, 導(dǎo)致菌體未被有效裂解。解決方法:注意將細(xì)菌懸浮充分。 (3)加Solution III后中和不充分。解決方法:如果細(xì)菌用量較多,請(qǐng)注意多翻轉(zhuǎn)幾次直至中和后的沉淀呈松散的豆腐花狀(也可以稍用力混合直至沉淀呈松散的豆腐花狀)。 (4)Solution II出現(xiàn)沉淀。解決方法:如果實(shí)驗(yàn)室內(nèi)溫度低于15℃,使用試劑盒前請(qǐng)注意觀察Solution II中是否出現(xiàn)沉淀。如果出現(xiàn)沉淀,請(qǐng)于37℃水浴溶解沉淀后再使用。 (5)Solution II 長(zhǎng)時(shí)間暴露于空氣中被CO2中和,導(dǎo)致菌體未能被有效裂解。解決方法:可用經(jīng)典堿裂解法抽提質(zhì)粒DNA方法中的II液替代 Solution II使用。 3.出現(xiàn)嚴(yán)重的RNA污染? (1)未在Solution I中事先加入RNase A1。解決方法:補(bǔ)加RNase A1。 (2)加入RNase A1的Solution I長(zhǎng)期保存于室溫,導(dǎo)致RNase A1活性下降。 (3)細(xì)菌過量,RNase A1不能有效降解RNA。解決方法:將細(xì)菌用量減半或增加RNase A1在 Solution I中的濃度。 4.抽提的質(zhì)粒DNA電泳時(shí)怎么出現(xiàn)切口.斷裂或降解現(xiàn)象? (1)使用的是收集后冷凍保藏的細(xì)菌。解決方法:使用新鮮培養(yǎng)的細(xì)菌。 (2)宿主菌富含核酸內(nèi)切酶。解決方法:增加一步Rinse A洗滌步驟以徹底去除殘留的核酸內(nèi)切酶;蛘邔①|(zhì)粒DNA進(jìn)行乙醇沉淀。 (3)質(zhì)粒DNA在Solution II中暴露過久,易造成質(zhì)粒DNA的切口斷裂。裂解步驟控制5分鐘內(nèi)完成。 (4)培養(yǎng)的細(xì)菌被雜菌污染。解決方法:重新挑取單菌落培養(yǎng)細(xì)菌。 5.抽提的質(zhì)粒DNA電泳時(shí)怎么出現(xiàn)基因組DNA的污染? (1)菌體裂解和中和過程中,劇烈混合造成基因組DNA斷裂所致。解決方法:溫和地進(jìn)行菌體的裂解和中和。 (2)加Solution II時(shí)操作時(shí)間過長(zhǎng),造成基因組DNA斷裂所致。解決方法:將裂解步驟控制在5分鐘內(nèi)完成。 (3)細(xì)菌的質(zhì)量差(反復(fù)凍融的細(xì)菌,陳舊的細(xì)菌,培養(yǎng)條件不合適的細(xì)菌等)中有許多斷裂或降解而游離的基因組DNA,使用生長(zhǎng)良好的新鮮細(xì)菌。 6.加樣時(shí)DNA飄出加樣孔外? 忽略或省略了高速離心以甩干殘留的Rinse B的操作步驟。解決方法:按說明書的操作步驟操作以確保殘留的Rinse B被甩干。 7.為什么提出的質(zhì)粒的多是二聚體和多聚體形式? 是在質(zhì)粒復(fù)制過程中形成的,與宿主菌相關(guān),電泳可檢測(cè)出。 8.質(zhì)粒為何會(huì)丟失? 細(xì)菌培養(yǎng)不要超過16小時(shí),否則細(xì)菌會(huì)崩潰,引起細(xì)菌大量死亡,導(dǎo)致質(zhì)粒丟失。有些質(zhì)粒本身不能在某些菌種中穩(wěn)定存在,經(jīng)多次轉(zhuǎn)接后有可能造成質(zhì)粒丟失。因此不要頻繁轉(zhuǎn)接,每次接種時(shí)應(yīng)接種單菌落。另外,檢查篩選用抗生素使用濃度是否正確。 |
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