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DMandMD

金蟲(chóng) (初入文壇)

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[求助] 如何從PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中選擇合適的靶標(biāo)

做一個(gè)對(duì)接。老板只告訴是EGFR做靶標(biāo)，具體很多都沒(méi)說(shuō)。結(jié)果在PDB數(shù)據(jù)庫(kù)上隨便一搜，Epidermal Growth Factor Receptor出來(lái)上百個(gè)。請(qǐng)問(wèn)高手如何從中選擇自己合適的藥物靶標(biāo)？我的配體是個(gè)兩個(gè)苯環(huán)的小分子……
具體的流程如何呢？

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【求助】計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì) 已經(jīng)有9人回復(fù)

1樓 2012-06-27 21:17:13

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wendaoliuxu

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chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-06-28 11:18:38

計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)里專門(mén)有一章就是講EGFR的，你可以參考下……
樓上講廢話，用人類的是必須的……
有時(shí)間就看PDB的原始文獻(xiàn)，是什么條件下做的晶體……
最好找和你的配體是類似的那種晶體……
其他的我也不太清楚，希望高手出現(xiàn)……

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whowantstobemy&amp;amp;amp;quot;ErwinSchrodinger'sCat&amp;amp;amp;quot;?

4樓2012-06-28 09:19:35

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wangtj198781

銅蟲(chóng) (小有名氣)

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【答案】應(yīng)助回帖

★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-06-28 09:09:37

晶體結(jié)構(gòu)最好選人的，分辨力越高越好，最好多分析幾個(gè)晶體結(jié)構(gòu)。，！

[ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ]

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工作使我快樂(lè)

2樓2012-06-27 23:10:44

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caixin5120

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 菜兄說(shuō)的在理 2012-06-28 10:53:08
DMandMD: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-07-05 08:33:14

EGFr的晶體結(jié)構(gòu)選擇除了樓上說(shuō)的選人的和分辨率高的外：
1、分清是active or inactive類型。
2、選擇配體結(jié)構(gòu)類似的蛋白晶體結(jié)構(gòu)。

Active類型
PDB:2ITY
Iressa®, Gefitinib, (ZD-1839)
AstraZeneca

PDB:1M17
Tarceva®, Erlotinib, (OSI-774)
OSI / Genentech / Roche

Inactive類型
PDB:1XKK
Lapatinib, Tykerb®, (GW 572016)
GSK

PDB:2JIV
Neratinib, (HKI-272, CPD-820)
Wyeth

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3樓2012-06-28 09:17:09

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PSA

專家顧問(wèn) (著名寫(xiě)手)

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引用回帖:

3樓: Originally posted by caixin5120 at 2012-06-28 09:17:09
EGFr的晶體結(jié)構(gòu)選擇除了樓上說(shuō)的選人的和分辨率高的外：
1、分清是active or inactive類型。
2、選擇配體結(jié)構(gòu)類似的蛋白晶體結(jié)構(gòu)。

Active類型
PDB:2ITY
Iressa®, Gefitinib, (ZD-1839)
AstraZenec ...

怎么看是active or not?

謝謝！

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6樓2012-06-28 10:30:47

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普通表情龍兔虎貓

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