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colinmacrean新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
請(qǐng)教有關(guān)高斯計(jì)算吸附能的問(wèn)題？ 已有1人參與
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各位大蝦好，我剛剛接觸高斯，關(guān)于吸附能計(jì)算請(qǐng)大家指點(diǎn)： 我要計(jì)算B-D葡萄糖分子每個(gè)羥基附近對(duì)O2分子的吸附能。 我的方法是：DFT B3LYP 6-311G 步驟： opt+freq葡萄糖分子（A），opt+freq O2分子（B） 將優(yōu)化好的O2分子copy到優(yōu)化好的葡萄糖分子中。 將O2分子放在需要計(jì)算的位置，然后opt+freq優(yōu)化得到總能量（C）。 用C的能量減去A再減去B 碰到的問(wèn)題是： 優(yōu)化好的C中氧分子已經(jīng)不在我需要計(jì)算的羥基附近，而優(yōu)化成了其他結(jié)構(gòu)。 不知道這個(gè)問(wèn)題怎么解決？ 謝謝了�。� |
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colinmacrean
新蟲(chóng) (初入文壇)
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- 專業(yè): 可再生與替代能源利用中的
4樓2012-07-19 15:53:25
colinmacrean
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2樓2012-07-18 08:34:15
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
dbb627: 金幣+2, 謝謝應(yīng)助！ 2012-07-21 22:39:50
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dbb627: 金幣+2, 謝謝應(yīng)助！ 2012-07-21 22:39:50
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你的計(jì)算步驟應(yīng)該沒(méi)什么問(wèn)題。 多試試幾種擺放構(gòu)型吧，而且O2分子在葡萄糖上吸附位點(diǎn)是否就是你說(shuō)的羥基呢？有沒(méi)有可能O2更傾向于在別的地方吸附？另外，根據(jù)你目前的結(jié)構(gòu)，算出的吸附能是否是負(fù)值？如果是，說(shuō)明O2在別的地方發(fā)生了吸附。 最后，擺放初始結(jié)構(gòu)時(shí)，O2與羥基之間的距離不要太近，否則計(jì)算時(shí)會(huì)突然彈開(kāi)（我用Dmol3時(shí)遇到過(guò)）。一種可能的辦法是先放遠(yuǎn)一點(diǎn)，然后慢慢靠近。 |
3樓2012-07-18 17:09:54
5樓2012-07-19 16:01:12
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