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haiyanqian木蟲 (小有名氣)
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[求助]
同源模建的一些問題
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| 我想問一下，同源模建時是如何確定我的結(jié)構(gòu)保守區(qū)，還有就是根據(jù)什么來定義helix的長度。看文獻都是直接那張序列比對圖就出來了。在用Clustal進行序列比對時，那個下面有“：”和“."分別是表示什么意思呀？哪位知道的幫忙回答一下吧，非常感謝！ |
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度_T
鐵蟲 (初入文壇)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
haiyanqian: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-07-30 22:16:01
haiyanqian: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-07-30 22:16:01
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clustal 的help里面有關(guān)于clustal系列版本的好幾篇參考文獻，比如說關(guān)于clustalX的Thompson,J.D., Gibson,T.J., Plewniak,F., Jeanmougin,F. and Higgins,D.G. (1997) The ClustalX windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research, 25:4876-4882. 里邊就有提到：The colouring of residues takes place according to physicochemical criteria highlighting conserved positions in the sequences. A consensus line is also displayed below the alignment with the following symbols denoting the degree of conservation observed in each column: ‘*’ (identical residues in all sequences), ‘:’ (highly conserved column), ‘.’ (weakly conserved column).（摘自原文）去看看吧。 |
2樓2012-07-30 18:42:20
haiyanqian
木蟲 (小有名氣)
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3樓2012-07-30 22:17:00
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