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[交流]
反應路徑計算(NEB&CNEB)
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最近的一篇文章是關于反應路徑的，算了幾條NEB，算了更多的CNEB. 文章投出前，趁熱寫出來，跟大家交流一下，歡迎批評指正。 （1）收斂速度 收斂速度有兩個標準：開始計算到最后得到結果的時間；和開始計算到得到結果經歷的總離子步數。我更關注第一個。 就我的金屬氧化物體系來看，IOPT = 7的fire算法30步內有明顯的收斂效果，100步出現定性結果。覺得比其他方法都快。 （2）測試計算 反應路徑或者過渡態(tài)計算失敗的機會很大。給出兩個端點，直接拉一條線，一個run到終點就收斂，這樣應該是走大運了。 NEB或者CNEB開始計算的時候多次出錯，不是一件壞事情。這可能意味著我們開始的設想是錯誤的。克服這些困難，就離真相更近了，研究的意義就體現出來。我覺得有幾點需要認真考慮： a. 兩個端點是不是穩(wěn)定的。有可能精度不夠，或者該處“過于平坦”，收斂了，但是不是該領域的全局最小點。比如NEB中第二點或者第三點能量更低，但是他們與起點的幾何構型很接近，那就果斷停掉NEB，從第二點或者第三點結構優(yōu)化，找新的起始點。 b. 計算方法導致的出錯。有種情況，路徑初設施合理的，但是計算方法或者流程上不合理，導致計算過程中出現錯誤。這種情況最容易在CNEB計算中發(fā)生。一開始就高精度加CLIMBING，導致整個路徑嚴重偏離合理的范圍。這個時候，我不清楚，堅持算下去會不會恢復到合理范圍。我會選擇停掉計算，擦掉眼淚和失去的時間，從頭再來。避免這種錯誤出現的最好辦法，是多觀察中間結果，先從低精度快速收斂到一個較好的狀態(tài)，保存中間結果慢慢推進。 (3)結果分析 按照CNEB收斂的，最高點應該就是過渡態(tài)了�？梢杂嬎闾擃l驗證之。如果出現多過虛頻，那最可能的，是收斂精度不夠。一般我的EDIFFG=-0.03，不會超過兩個虛頻。 如果只有兩三個虛頻，分析一下各個頻率對應的振動。如果是反應路勁上只有一個虛頻，那應該就是可以了。如果還有其他虛頻，應該也是極小的。 有一種說法，不知對不對：如果虛頻對應的是整體的平移，就忽略之。 關于零點校正，我不確定是不是一定需要。我見過沒有校正就發(fā)表的。也有不校正，校正，以及校正并考慮范德華力的過渡態(tài)計算。討論的時候到底看什么，我并沒有十足的把握。 我想，計算結果給出的能壘也只能是定性的，絕對值意義并不大。一般而言，一個體系里，關注點放在能量相對大小，得出定性結論就可以。 第一性原理過渡態(tài)能壘的絕對值到底有多大意義呢？希望各位發(fā)表意見。 [ Last edited by cenwanglai on 2012-7-26 at 19:35 ] |
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