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cenwanglai榮譽(yù)版主 (知名作家)
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反應(yīng)路徑計(jì)算(NEB&CNEB)
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最近的一篇文章是關(guān)于反應(yīng)路徑的，算了幾條NEB，算了更多的CNEB. 文章投出前，趁熱寫出來，跟大家交流一下，歡迎批評指正。 （1）收斂速度 收斂速度有兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)：開始計(jì)算到最后得到結(jié)果的時(shí)間；和開始計(jì)算到得到結(jié)果經(jīng)歷的總離子步數(shù)。我更關(guān)注第一個(gè)。 就我的金屬氧化物體系來看，IOPT = 7的fire算法30步內(nèi)有明顯的收斂效果，100步出現(xiàn)定性結(jié)果。覺得比其他方法都快。 （2）測試計(jì)算 反應(yīng)路徑或者過渡態(tài)計(jì)算失敗的機(jī)會很大。給出兩個(gè)端點(diǎn)，直接拉一條線，一個(gè)run到終點(diǎn)就收斂，這樣應(yīng)該是走大運(yùn)了。 NEB或者CNEB開始計(jì)算的時(shí)候多次出錯(cuò)，不是一件壞事情。這可能意味著我們開始的設(shè)想是錯(cuò)誤的。克服這些困難，就離真相更近了，研究的意義就體現(xiàn)出來。我覺得有幾點(diǎn)需要認(rèn)真考慮： a. 兩個(gè)端點(diǎn)是不是穩(wěn)定的。有可能精度不夠，或者該處“過于平坦”，收斂了，但是不是該領(lǐng)域的全局最小點(diǎn)。比如NEB中第二點(diǎn)或者第三點(diǎn)能量更低，但是他們與起點(diǎn)的幾何構(gòu)型很接近，那就果斷停掉NEB，從第二點(diǎn)或者第三點(diǎn)結(jié)構(gòu)優(yōu)化，找新的起始點(diǎn)。 b. 計(jì)算方法導(dǎo)致的出錯(cuò)。有種情況，路徑初設(shè)施合理的，但是計(jì)算方法或者流程上不合理，導(dǎo)致計(jì)算過程中出現(xiàn)錯(cuò)誤。這種情況最容易在CNEB計(jì)算中發(fā)生。一開始就高精度加CLIMBING，導(dǎo)致整個(gè)路徑嚴(yán)重偏離合理的范圍。這個(gè)時(shí)候，我不清楚，堅(jiān)持算下去會不會恢復(fù)到合理范圍。我會選擇停掉計(jì)算，擦掉眼淚和失去的時(shí)間，從頭再來。避免這種錯(cuò)誤出現(xiàn)的最好辦法，是多觀察中間結(jié)果，先從低精度快速收斂到一個(gè)較好的狀態(tài)，保存中間結(jié)果慢慢推進(jìn)。 (3)結(jié)果分析 按照CNEB收斂的，最高點(diǎn)應(yīng)該就是過渡態(tài)了�？梢杂�(jì)算虛頻驗(yàn)證之。如果出現(xiàn)多過虛頻，那最可能的，是收斂精度不夠。一般我的EDIFFG=-0.03，不會超過兩個(gè)虛頻。 如果只有兩三個(gè)虛頻，分析一下各個(gè)頻率對應(yīng)的振動。如果是反應(yīng)路勁上只有一個(gè)虛頻，那應(yīng)該就是可以了。如果還有其他虛頻，應(yīng)該也是極小的。 有一種說法，不知對不對：如果虛頻對應(yīng)的是整體的平移，就忽略之。 關(guān)于零點(diǎn)校正，我不確定是不是一定需要。我見過沒有校正就發(fā)表的。也有不校正，校正，以及校正并考慮范德華力的過渡態(tài)計(jì)算。討論的時(shí)候到底看什么，我并沒有十足的把握。 我想，計(jì)算結(jié)果給出的能壘也只能是定性的，絕對值意義并不大。一般而言，一個(gè)體系里，關(guān)注點(diǎn)放在能量相對大小，得出定性結(jié)論就可以。 第一性原理過渡態(tài)能壘的絕對值到底有多大意義呢？希望各位發(fā)表意見。 [ Last edited by cenwanglai on 2012-7-26 at 19:35 ] |
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 計(jì)算化學(xué)-輔助工具 | VASP相關(guān)主題 |
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5樓2012-07-26 11:31:20
賀儀
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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2樓2012-07-26 07:51:00
3樓2012-07-26 08:42:13
cenwanglai
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4樓2012-07-26 08:49:59
6樓2012-07-26 19:12:33
★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
franch: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-07-28 18:08:15
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| 哎，提到VASP的過渡態(tài)，我是滿眼淚啊。悲催的過渡態(tài)，我以前用能量收斂做標(biāo)準(zhǔn)，大概成功率有50%�，F(xiàn)在改用力收斂，發(fā)現(xiàn)算得很慢并且很容易失敗，最終用力標(biāo)準(zhǔn)-0.2基本上可以算完，但是不知道算出的結(jié)果有沒有意義，或者再這個(gè)結(jié)果基礎(chǔ)上提高精度再算，又發(fā)現(xiàn)很難收斂了。不知道有沒有高手知道在力收斂到-0.2之后，有沒有更好的方法進(jìn)行進(jìn)一步的優(yōu)化？ |
7樓2012-07-27 10:17:09
cenwanglai
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8樓2012-07-27 12:27:15
cenwanglai
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9樓2012-07-27 12:28:38
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11樓2012-09-05 20:14:43
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12樓2012-09-06 09:36:02
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13樓2012-09-06 09:38:10
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