 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 4297 | 回復(fù): 12 | |||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||||
cenwanglai榮譽(yù)版主 (知名作家)
|
[交流]
反應(yīng)路徑計(jì)算(NEB&CNEB)
|
||||
|
最近的一篇文章是關(guān)于反應(yīng)路徑的，算了幾條NEB，算了更多的CNEB. 文章投出前，趁熱寫出來，跟大家交流一下，歡迎批評指正。 （1）收斂速度 收斂速度有兩個標(biāo)準(zhǔn)：開始計(jì)算到最后得到結(jié)果的時間；和開始計(jì)算到得到結(jié)果經(jīng)歷的總離子步數(shù)。我更關(guān)注第一個。 就我的金屬氧化物體系來看，IOPT = 7的fire算法30步內(nèi)有明顯的收斂效果，100步出現(xiàn)定性結(jié)果。覺得比其他方法都快。 （2）測試計(jì)算 反應(yīng)路徑或者過渡態(tài)計(jì)算失敗的機(jī)會很大。給出兩個端點(diǎn)，直接拉一條線，一個run到終點(diǎn)就收斂，這樣應(yīng)該是走大運(yùn)了。 NEB或者CNEB開始計(jì)算的時候多次出錯，不是一件壞事情。這可能意味著我們開始的設(shè)想是錯誤的�？朔@些困難，就離真相更近了，研究的意義就體現(xiàn)出來。我覺得有幾點(diǎn)需要認(rèn)真考慮： a. 兩個端點(diǎn)是不是穩(wěn)定的。有可能精度不夠，或者該處“過于平坦”，收斂了，但是不是該領(lǐng)域的全局最小點(diǎn)。比如NEB中第二點(diǎn)或者第三點(diǎn)能量更低，但是他們與起點(diǎn)的幾何構(gòu)型很接近，那就果斷停掉NEB，從第二點(diǎn)或者第三點(diǎn)結(jié)構(gòu)優(yōu)化，找新的起始點(diǎn)。 b. 計(jì)算方法導(dǎo)致的出錯。有種情況，路徑初設(shè)施合理的，但是計(jì)算方法或者流程上不合理，導(dǎo)致計(jì)算過程中出現(xiàn)錯誤。這種情況最容易在CNEB計(jì)算中發(fā)生。一開始就高精度加CLIMBING，導(dǎo)致整個路徑嚴(yán)重偏離合理的范圍。這個時候，我不清楚，堅(jiān)持算下去會不會恢復(fù)到合理范圍。我會選擇停掉計(jì)算，擦掉眼淚和失去的時間，從頭再來。避免這種錯誤出現(xiàn)的最好辦法，是多觀察中間結(jié)果，先從低精度快速收斂到一個較好的狀態(tài)，保存中間結(jié)果慢慢推進(jìn)。 (3)結(jié)果分析 按照CNEB收斂的，最高點(diǎn)應(yīng)該就是過渡態(tài)了�？梢杂�(jì)算虛頻驗(yàn)證之。如果出現(xiàn)多過虛頻，那最可能的，是收斂精度不夠。一般我的EDIFFG=-0.03，不會超過兩個虛頻。 如果只有兩三個虛頻，分析一下各個頻率對應(yīng)的振動。如果是反應(yīng)路勁上只有一個虛頻，那應(yīng)該就是可以了。如果還有其他虛頻，應(yīng)該也是極小的。 有一種說法，不知對不對：如果虛頻對應(yīng)的是整體的平移，就忽略之。 關(guān)于零點(diǎn)校正，我不確定是不是一定需要。我見過沒有校正就發(fā)表的。也有不校正，校正，以及校正并考慮范德華力的過渡態(tài)計(jì)算。討論的時候到底看什么，我并沒有十足的把握。 我想，計(jì)算結(jié)果給出的能壘也只能是定性的，絕對值意義并不大。一般而言，一個體系里，關(guān)注點(diǎn)放在能量相對大小，得出定性結(jié)論就可以。 第一性原理過渡態(tài)能壘的絕對值到底有多大意義呢？希望各位發(fā)表意見。 [ Last edited by cenwanglai on 2012-7-26 at 19:35 ] |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 計(jì)算化學(xué)-輔助工具 | VASP相關(guān)主題 |
» 猜你喜歡
食品工程專碩一志愿中海洋309求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
311（085601）求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
305求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿北化085600材料專碩275|有文章專利｜求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿華理，數(shù)一英一285求A區(qū)調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
289求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
生物學(xué)學(xué)碩，一志愿湖南大學(xué)，初試成績338
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
343求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- NEB計(jì)算問題求助
已經(jīng)有7人回復(fù)
- Vasp NEB 計(jì)算前原子排序腳本
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 分享反應(yīng)路徑和過渡態(tài)計(jì)算JPCC論文一篇（附全套初稿及修改稿投稿文件）
已經(jīng)有25人回復(fù)
- 含有激發(fā)態(tài)的反應(yīng)路徑計(jì)算的方法
已經(jīng)有1人回復(fù)
- 反應(yīng)路徑計(jì)算：基態(tài)之間轉(zhuǎn)變的謬誤？
已經(jīng)有2人回復(fù)
- CH4在Ir（111）表面的解離吸附過渡態(tài)計(jì)算：Henkelman的PRL文章
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【文獻(xiàn)學(xué)習(xí)】JACS上一篇純DFT計(jì)算的文獻(xiàn)： CI-NEB計(jì)算，Leuwdin布局分析，態(tài)密度分析
已經(jīng)有30人回復(fù)
- 【求助】nudged elastic band 在CASTEP里怎么實(shí)現(xiàn)
已經(jīng)有2人回復(fù)
- 【分享】Materials Studio5.0中的新技術(shù)
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【討論】NEB尋找過渡態(tài)專題討論
已經(jīng)有49人回復(fù)
- 【轉(zhuǎn)帖】Materials Studio5.0中的新技術(shù)
已經(jīng)有28人回復(fù)
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
天津科技大學(xué)生物質(zhì)功能材料研究團(tuán)隊(duì) 碩士招生
+1/93
-
艾里卡特 (Alicat) - 燃料電池測試系統(tǒng)與質(zhì)量流量和壓力儀表
+3/49
-
天津城建大學(xué)招收物理、化學(xué)或者生物調(diào)劑生一名，前往天津大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)
+1/38
-
濟(jì)南大學(xué)水利與環(huán)境學(xué)院趙艷俠教授簡介
+1/29
-
API項(xiàng)目尋求落地合作
+1/23
-
三峽大學(xué)材化學(xué)院李東升校長團(tuán)隊(duì)接收化學(xué)類碩士調(diào)劑
+1/21
-
【實(shí)戰(zhàn)型】【生物醫(yī)藥】2026青島大學(xué)招博士生 含少數(shù)民族骨干計(jì)劃2名！
+1/17
-
北京石油化工學(xué)院智能防腐涂層課題組招收2026級調(diào)劑研究生
+1/16
-
西華大學(xué)材料學(xué)院表面科學(xué)與工程技術(shù)科研團(tuán)隊(duì)2026年招收研究生
+1/14
-
西安工程大學(xué)能源化工新材料研發(fā)項(xiàng)目組接收2026年計(jì)算機(jī)類調(diào)劑研究生
+1/13
-
煙臺大學(xué)先進(jìn)陶瓷方向 招收材料專業(yè)調(diào)劑研究生
+1/11
-
韓國慶熙大學(xué) Yu Taekyung 教授招2026年博士研究生
+1/10
-
蘇州初創(chuàng)公司誠聘化學(xué)過程工藝與硬件系統(tǒng)工程師
+1/10
-
三峽大學(xué)材化學(xué)院能源環(huán)保晶態(tài)材料課題組接收調(diào)劑，招收化學(xué)類碩士
+1/10
-
博士招生 | 青島科技大學(xué)（高分子、化學(xué)、材料、力學(xué)、機(jī)電工程、計(jì)算機(jī)仿真）
+1/9
-
寧夏大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院魏逸彬研究員課題組招聘啟事
+1/7
-
福建師范大學(xué)國家級人才團(tuán)隊(duì)招收2026年博士研究生
+1/4
-
上海師范大學(xué)有機(jī)化學(xué)專業(yè)研究生招生
+1/2
-
武漢紡織大學(xué)材料學(xué)院招收考研調(diào)劑
+1/2
-
廣東工業(yè)大學(xué)環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院招收資源與環(huán)境專業(yè)博士研究生
+1/1
★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
franch: 金幣+2, 鼓勵交流 2012-07-28 18:08:15
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
franch: 金幣+2, 鼓勵交流 2012-07-28 18:08:15
| 哎，提到VASP的過渡態(tài)，我是滿眼淚啊。悲催的過渡態(tài)，我以前用能量收斂做標(biāo)準(zhǔn)，大概成功率有50%�，F(xiàn)在改用力收斂，發(fā)現(xiàn)算得很慢并且很容易失敗，最終用力標(biāo)準(zhǔn)-0.2基本上可以算完，但是不知道算出的結(jié)果有沒有意義，或者再這個結(jié)果基礎(chǔ)上提高精度再算，又發(fā)現(xiàn)很難收斂了。不知道有沒有高手知道在力收斂到-0.2之后，有沒有更好的方法進(jìn)行進(jìn)一步的優(yōu)化？ |
7樓2012-07-27 10:17:09
2樓2012-07-26 07:51:00
3樓2012-07-26 08:42:13
cenwanglai
榮譽(yù)版主 (知名作家)
- 1ST強(qiáng)帖: 5
- 應(yīng)助: 46 (小學(xué)生)
- 貴賓: 8.842
- 金幣: 7440.4
- 帖子: 5306
- 在線: 1961.4小時
- 蟲號: 537452
4樓2012-07-26 08:49:59
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 本科新能源科學(xué)與工程，一志愿華理能動285求調(diào)劑 +3 | AZMK 2026-03-28 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085600，材料與化工321分求調(diào)劑 +9 | 大饞小子 2026-03-28 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +6 | 星野? 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求化學(xué)調(diào)劑 +4 | wulanna 2026-03-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +4 | 冬十三 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +8 | 超級伊昂大王 2026-03-24 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工調(diào)劑 +10 | A-哆啦Z夢 2026-03-23 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉大071010，316分求調(diào)劑 +3 | xgbiknn 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 342求調(diào)劑 +3 | 加油a李zs 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 總分322求生物學(xué)/生化與分子/生物信息學(xué)相關(guān)調(diào)劑 +5 | 星沉uu 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 281求調(diào)劑 +6 | Koxui 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 263求調(diào)劑 +6 | yqdszhdap－ 2026-03-22 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 打過很多競賽，085406控制工程300分，求調(diào)劑 +3 | askeladz 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 機(jī)械學(xué)碩總分317求調(diào)劑�。。�！ +4 | Acaciad 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 各位老師您好：本人初試372分 +5 | jj涌77 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0854電子信息求調(diào)劑 +7 | α____ 2026-03-22 | 9/450 |
|
|
|
[考研] B區(qū)考研調(diào)劑 +4 | yqdszhdap－ 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 340求調(diào)劑 +5 | 話梅糖111 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑，求導(dǎo)師收 +7 | 天天好運(yùn)來上岸?/a> 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求老師收我 +3 | zzh16938784 2026-03-23 | 3/150 |
|