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隨風(fēng)奔馳1018新蟲 (初入文壇)
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[求助]
想做一些卟啉的模擬計(jì)算，請(qǐng)做過類似工作的大俠幫忙報(bào)一下你們電腦的配置
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| 主要是做卟啉分子的模擬計(jì)算，構(gòu)型優(yōu)化，頻率計(jì)算，光譜計(jì)算等�？赡芪磥磉�會(huì)接合到二氧化鈦和考慮溶劑效應(yīng)做進(jìn)一步的計(jì)算。目前卟啉分子大概200~300個(gè)原子左右，里面有不少苯環(huán)的結(jié)構(gòu)和長(zhǎng)烷氧基鏈。在初始構(gòu)型還行的情況下，希望在linux環(huán)境下的g09軟件包下能夠兩三天算完，最長(zhǎng)也不能超過一周的時(shí)間，請(qǐng)大家提一個(gè)電腦配置方案，特別是做過類似計(jì)算工作的大俠報(bào)一下你們電腦的配置。請(qǐng)大家積極發(fā)帖，謝謝大家！ |
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liuhuisfp
金蟲 (小有名氣)
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我最近也在算卟啉，不過體系比你的小多了，只是計(jì)算卟吩與金屬的配位，原子數(shù)總共也不過40個(gè)左右。 用GAMESS US進(jìn)行的計(jì)算，初始構(gòu)型都是從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫里扣出來的，用60個(gè)CPU大概十幾分鐘就算好了。（39個(gè)原子，MP2/6-31G*，453個(gè)基函數(shù)） 不過，GAUSSIAN的并行效率……不敢恭維。 如果不是專業(yè)搞計(jì)算，一臺(tái)12CPU的服務(wù)器應(yīng)該夠了。不過現(xiàn)在云計(jì)算這么熱門，可以考慮到各超算中心購買機(jī)時(shí)可能更簡(jiǎn)單方便。 |
2樓2012-07-30 23:59:02
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