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隨風(fēng)奔馳1018新蟲 (初入文壇)
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[求助]
想做一些卟啉的模擬計算，請做過類似工作的大俠幫忙報一下你們電腦的配置
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| 主要是做卟啉分子的模擬計算，構(gòu)型優(yōu)化，頻率計算，光譜計算等。可能未來還會接合到二氧化鈦和考慮溶劑效應(yīng)做進(jìn)一步的計算。目前卟啉分子大概200~300個原子左右，里面有不少苯環(huán)的結(jié)構(gòu)和長烷氧基鏈。在初始構(gòu)型還行的情況下，希望在linux環(huán)境下的g09軟件包下能夠兩三天算完，最長也不能超過一周的時間，請大家提一個電腦配置方案，特別是做過類似計算工作的大俠報一下你們電腦的配置。請大家積極發(fā)帖，謝謝大家！ |
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liuhuisfp
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 30 (小學(xué)生)
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- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
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zhou2009: 金幣+3 2012-07-31 09:39:04
zhou2009: 金幣+5, 代LZ發(fā) 2012-07-31 14:21:41
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我最近也在算卟啉，不過體系比你的小多了，只是計算卟吩與金屬的配位，原子數(shù)總共也不過40個左右。 用GAMESS US進(jìn)行的計算，初始構(gòu)型都是從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫里扣出來的，用60個CPU大概十幾分鐘就算好了。（39個原子，MP2/6-31G*，453個基函數(shù)） 不過，GAUSSIAN的并行效率……不敢恭維。 如果不是專業(yè)搞計算，一臺12CPU的服務(wù)器應(yīng)該夠了。不過現(xiàn)在云計算這么熱門，可以考慮到各超算中心購買機(jī)時可能更簡單方便。 |
2樓2012-07-30 23:59:02
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