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hengyue5257木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
高通量測(cè)序分析微生物物種的豐度
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最近想利用高通量測(cè)序儀來(lái)分析環(huán)境微生物群落，問(wèn)個(gè)問(wèn)題。高通量測(cè)序能分析微生物的豐度至屬嗎？華大說(shuō)用Illumina測(cè)序16S rRNA只能分析至科，這樣對(duì)我來(lái)說(shuō)意義不大，如果能分析到屬，意義就大多了。是否真的如華大所述？ 由于目前只想知道物種的豐度，不想了解功能基因，所以只想測(cè)16S rRNA。如果能有意義才會(huì)去做de nove 測(cè)序。 另外能否自己擴(kuò)增出V6區(qū)，然后用454測(cè)序而不用Illumina測(cè)序？ 望高手賜教！ |
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girlfisher
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5樓2012-08-04 10:03:58
xp198766
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rainwander: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2012-09-20 08:40:19
rainwander: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2012-09-20 08:40:19
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得到4個(gè)可變區(qū)，你通過(guò)PCR就可以得到了，就是454測(cè)序平均讀長(zhǎng)約400bp左右，你PCR出來(lái)的結(jié)果太長(zhǎng)，不可能測(cè)通的，像前面說(shuō)的，能測(cè)個(gè)2個(gè)區(qū)就差不多了； 多少reads是根據(jù)你的環(huán)境微生物的豐度來(lái)看的，假設(shè)你的樣品就10種微生物，一般100reads就夠了，如果你的有1W種，那想都分析到的話，reads可多了。。。 |
9樓2012-09-19 16:53:23
girlfisher
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2樓2012-08-03 14:17:50
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3樓2012-08-03 15:10:51
hengyue5257
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4樓2012-08-03 16:54:21
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6樓2012-08-04 10:29:09
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7樓2012-08-16 21:01:34
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hengyue5257
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10樓2012-09-20 14:44:46
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