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小木蟲論壇-學術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 第一性原理 » 其他 » uuv2010的blog
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uuv2010榮譽版主 (職業(yè)作家)
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看看應(yīng)用版面做一個blog是不是可以，呵呵 一、關(guān)于DFT計算的知識體系的建立 個人認為如果開一個詳細的書單的話，可以是這樣（一家之言，歡迎大家批評指正，歡迎大家刪改增添） 1 數(shù)理基礎(chǔ)書單如下： 微積分和數(shù)學分析引論（R.柯朗 F. 約翰） 漫畫線性代數(shù)（挺有趣的一本書，漫畫中的人物挺好玩的） 數(shù)學物理方法(R.柯朗)（根據(jù) cgq88的推薦發(fā)現(xiàn)這套書的確不錯，贊） 2.物理化學基礎(chǔ)書單如下： 物理化學（傅獻彩） 統(tǒng)計力學（李政道） 熱力學（王竹溪）（ cgq88推薦，多謝） 3.物理基礎(chǔ)書單如下： 量子力學原理（狄拉克）（這本書對于了解量子力學的基本概念有很大的好處） 費曼物理學講義（1~3） 朗道物理學教程（力學、量子力學、統(tǒng)計物理）（很推崇朗道的教學方法，在學生的基礎(chǔ)知識方面嚴格要求） 4.固體物理基礎(chǔ)書單如下： Introduction to solid state physics(Kittel) Solid state phycics,(Ashcroft Mermin)(對于學物理的人來說十本好書，特別喜歡這本) 固體物理學（黃昆） 5.凝聚態(tài)物理基礎(chǔ)書單如下： 表面與界面（霍夫曼） 凝聚態(tài)物理學（馮端） Basic notations of condensed matter physics（Anderson） 6.化學基礎(chǔ)書單如下： 量子化學（徐光憲上中下三冊） Quantum Chemistry（Iran Levine） Modern Quantum Chemistry: Introduction to Advanced Electronic Structure Theory （Attila Szabo） 7.群論數(shù)目如下： 群論及其在固體物理中的應(yīng)用（喀興林） 群論在化學中的應(yīng)用（科頓） http://ishare.iask.sina.com.cn/f/21028991.html 物理學中的群論基礎(chǔ)(約什) http://ishare.iask.sina.com.cn/f/21754436.html 8.密度泛函理論書單如下： Electonic structre（Martin） PLANEWAVES. PSEUDOPOTENTIALS AND THE LAPW METHOD Density functional theory of atoms and molecules(楊偉濤)（老爺子仍奮斗在DFT理論發(fā)展的前沿ing~） 9.程序類書單如下： Fortran 程序設(shè)計（彭國倫） Perl語言編程（大駱駝書） Perl語言入門（小駱駝書） 10.其他需要大家推薦的書單： 從上面的書單可以看出，我推薦的書單中缺少矩陣、熱力學、相對論量子力學、場論、拓撲、python程序、C語言、shell語言等方面的書，歡迎大家推薦這些方面經(jīng)典的入門教材。如果大家有其他認為有助于完善知識體系的書，歡迎推薦！ 對于這些書是不是一定要讀的問題，個人認為：不了解的地方就找相應(yīng)的書的部分來看看，另外要盡可能找名家的書來看，這樣對于基礎(chǔ)概念的了解很有幫助，不至于被一知半解的書給帶偏了。 [ Last edited by uuv2010 on 2012-8-8 at 11:26 ] |
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2樓2012-08-06 15:42:41
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Determining the groundstate energ of atoms The POTCAR file contains information on the energy of the atom in the reference configuration (i.e. the configuration for which the PP was generated). Total energies calculated by vasp are with respect to this configuration. The reference calculation, however, did not allow for spin-polarisation or broken symmetry solutions, which usually lower the energy for gradient corrected of hybrid functionals. To include these effects properly, it is required to calculate the lowest energy magnetic groundstate using VASP. Unfortunately convergence to the symmetry broken spin polarized groundstate can be relatively slow in VASP. The following INCAR file worked reasonably well for most elements: ISYM = 0 # no symmetry ISPIN = 2 # allow for spin polarisation VOSKOWN = 1 # this is important, in particular for GGA # but not required for PBE potentials ISMEAR = 0 # Gaussian smearing, otherwise negative occupancies might come up SIGMA = 0.002 # tiny smearing width to safely break symmetry AMIX = 0.2 # mixing set manually BMIX = 0.0001 NELM = 100 # often many steps are required ICHARG = 1 Execute VASP twice to three times, consecutively with this input file until energies are converged. Furthermore, we recommend to use large slightly non-cubic cells, i.e. 12 Å$\times$13 Å$\times$14 Å. In some cases, we also found it advantageously to use direct energy minimization instead of charge-density mixing ALGO = D ; LSUBROT = .FALSE. ; NELM = 500 ; TIME = 0.2 or ALGO = A ; LSUBROT = .FALSE. ; NELM = 500 ; TIME = 0.2 Always check for convergence, and whether all occupancies are 0 or 1. |
3樓2012-08-07 14:39:46
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DFT計算軟件(補充中……) VASP http://www.vasp.at/ QE(PWSCF) http://www.quantum-espresso.org/ Abinit http://www.abinit.org/ ELK http://elk.sourceforge.net/ |
4樓2012-08-12 15:25:00
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一個計算聲子的軟件phon 程序文件為： phon.f reader.f: drdatab.f set_lattice.f : sgama.f : cubicsym.f , hexsym.f generate_punti.f build_supercell.f get_displ.f rshell.f : hpsort.f numeric_force.f : get_wig.f , set_forces.f ,sgama1.f dyn_mat.f diagonalize.f : dsyev.f ,zheev.f smooth.f simpson.f MODULE nrtype.f nrutil.f data.f FUNCTION equiva.f dlexlib.f 計算流程為： !========================================================================== ! read in run time variables !========================================================================== !====================================================================== ! set lattice !===================================================================== !--------------------------- ! Number of phonon branches !--------------------------- !=========================== ! Build a supercell ? !=========================== !============================================================================= ! construct the shell of vectors in real space !============================================================================= !-------------------------- ! set the list of vectors !-------------------------- !========================================================== ! Write the force constant matrix in the file HARMONIC ? !========================================================== !========================================================================== ! calculate the free energy as the sum of frequencies, you must provide ! the file 'QPOINTS' which contains the special points of the BZ ! IN RECIPROCAL LATTICE COORDINATES !========================================================================= !========================================================================== ! construct the dynamical matrix !========================================================================== !========================================================================== ! diagonalize the dynamical matrix !========================================================================== !===================== ! density of states !===================== !========================================================================== ! the phonon frequencies are the squares of the matrix eigenvalues !========================================================================== !----------------------------------------------------------------------- ! exclude the acustic mode at gamma and any imaginary frequency !----------------------------------------------------------------------- ! stop 'negative eigenvalues' !---------------------------------------------------------- !------------------------------------------------------------ ! print out thermodynamic quantities and writes file THERMO !------------------------------------------------------------ !--------------------------------- ! writes density of states files !--------------------------------- !============================================================================ ! calculate phonon dispersions, written in files FREQ and FREQ? !=========================================================================== !========================================================================== ! construct the dynamical matrix !========================================================================== !========================================================================== ! diagonalize the dynamical matrix !========================================================================== !========================================================================== ! the phonon frequencies are the square roots of the matrix eigenvalues !========================================================================== [ Last edited by uuv2010 on 2012-8-12 at 16:24 ] |
5樓2012-08-12 16:16:50
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9樓2012-10-09 09:20:06
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