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看看應(yīng)用版面做一個(gè)blog是不是可以，呵呵

一、關(guān)于DFT計(jì)算的知識(shí)體系的建立
個(gè)人認(rèn)為如果開(kāi)一個(gè)詳細(xì)的書(shū)單的話，可以是這樣（一家之言，歡迎大家批評(píng)指正，歡迎大家刪改增添）

1 數(shù)理基礎(chǔ)書(shū)單如下：
微積分和數(shù)學(xué)分析引論（R.柯朗 F. 約翰）
漫畫(huà)線性代數(shù)（挺有趣的一本書(shū)，漫畫(huà)中的人物挺好玩的）
數(shù)學(xué)物理方法(R.柯朗)（根據(jù) cgq88的推薦發(fā)現(xiàn)這套書(shū)的確不錯(cuò)，贊）

2.物理化學(xué)基礎(chǔ)書(shū)單如下：
物理化學(xué)（傅獻(xiàn)彩）
統(tǒng)計(jì)力學(xué)（李政道）
熱力學(xué)（王竹溪）（ cgq88推薦，多謝）

3.物理基礎(chǔ)書(shū)單如下：
量子力學(xué)原理（狄拉克）（這本書(shū)對(duì)于了解量子力學(xué)的基本概念有很大的好處）
費(fèi)曼物理學(xué)講義（1~3）
朗道物理學(xué)教程（力學(xué)、量子力學(xué)、統(tǒng)計(jì)物理）（很推崇朗道的教學(xué)方法，在學(xué)生的基礎(chǔ)知識(shí)方面嚴(yán)格要求）

4.固體物理基礎(chǔ)書(shū)單如下：
Introduction to solid state physics(Kittel)
Solid state phycics,(Ashcroft Mermin)(對(duì)于學(xué)物理的人來(lái)說(shuō)十本好書(shū)，特別喜歡這本)
固體物理學(xué)（黃昆）

5.凝聚態(tài)物理基礎(chǔ)書(shū)單如下：
表面與界面（霍夫曼）
凝聚態(tài)物理學(xué)（馮端）
Basic notations of condensed matter physics（Anderson）

6.化學(xué)基礎(chǔ)書(shū)單如下：
量子化學(xué)（徐光憲上中下三冊(cè)）
Quantum Chemistry（Iran Levine）
Modern Quantum Chemistry: Introduction to Advanced Electronic Structure Theory
（Attila Szabo）

7.群論數(shù)目如下：
群論及其在固體物理中的應(yīng)用（喀興林）
群論在化學(xué)中的應(yīng)用（科頓） http://ishare.iask.sina.com.cn/f/21028991.html
物理學(xué)中的群論基礎(chǔ)(約什) http://ishare.iask.sina.com.cn/f/21754436.html

8.密度泛函理論書(shū)單如下：
Electonic structre（Martin）
PLANEWAVES. PSEUDOPOTENTIALS AND THE LAPW METHOD
Density functional theory of atoms and molecules(楊偉濤)（老爺子仍?shī)^斗在DFT理論發(fā)展的前沿ing~）

9.程序類(lèi)書(shū)單如下：
Fortran 程序設(shè)計(jì)（彭國(guó)倫）
Perl語(yǔ)言編程（大駱駝書(shū)）
Perl語(yǔ)言入門(mén)（小駱駝書(shū)）

10.其他需要大家推薦的書(shū)單：
從上面的書(shū)單可以看出，我推薦的書(shū)單中缺少矩陣、熱力學(xué)、相對(duì)論量子力學(xué)、場(chǎng)論、拓?fù)洹ython程序、C語(yǔ)言、shell語(yǔ)言等方面的書(shū)，歡迎大家推薦這些方面經(jīng)典的入門(mén)教材。如果大家有其他認(rèn)為有助于完善知識(shí)體系的書(shū)，歡迎推薦！

對(duì)于這些書(shū)是不是一定要讀的問(wèn)題，個(gè)人認(rèn)為：不了解的地方就找相應(yīng)的書(shū)的部分來(lái)看看，另外要盡可能找名家的書(shū)來(lái)看，這樣對(duì)于基礎(chǔ)概念的了解很有幫助，不至于被一知半解的書(shū)給帶偏了。

[ Last edited by uuv2010 on 2012-8-8 at 11:26 ]

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1樓 2012-08-06 15:36:26

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4樓2012-08-12 15:25:00

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看到版上很多人問(wèn)graphene的坐標(biāo)的寫(xiě)法，提供給大家，直接保存為car文件，import進(jìn)MS軟件即可看到構(gòu)型

graphene的坐標(biāo)

CODE:

!BIOSYM archive 3

PBC=ON

Materials Studio Generated CAR File

!DATE Tue Apr 03 11:51:13 2012

PBC    2.4600    2.4600   10.0000   90.0000   90.0000  120.0000 (P1)

C1      -0.000000000    1.420281705    5.000000000 XXXX 1      xx      C   0.000

C2       1.230000037    0.710140852    5.000000000 XXXX 1      xx      C   0.000

end

end

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2樓2012-08-06 15:42:41

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Determining the groundstate energ of atoms
The POTCAR file contains information on the energy of the atom in the reference configuration (i.e. the configuration for which the PP was generated). Total energies calculated by vasp are with respect to this configuration. The reference calculation, however, did not allow for spin-polarisation or broken symmetry solutions, which usually lower the energy for gradient corrected of hybrid functionals. To include these effects properly, it is required to calculate the lowest energy magnetic groundstate using VASP.

Unfortunately convergence to the symmetry broken spin polarized groundstate can be relatively slow in VASP. The following INCAR file worked reasonably well for most elements:

ISYM = 0    # no symmetry
ISPIN = 2    # allow for spin polarisation
VOSKOWN = 1 # this is important, in particular for GGA
            # but not required for PBE potentials
ISMEAR = 0 # Gaussian smearing, otherwise negative occupancies might come up
SIGMA = 0.002 # tiny smearing width to safely break symmetry
AMIX = 0.2 # mixing set manually
BMIX = 0.0001
NELM = 100 # often many steps are required
ICHARG = 1

Execute VASP twice to three times, consecutively with this input file until energies are converged. Furthermore, we recommend to use large slightly non-cubic cells, i.e. 12 Å$\times$13 Å$\times$14 Å. In some cases, we also found it advantageously to use direct energy minimization instead of charge-density mixing

ALGO = D ; LSUBROT = .FALSE. ; NELM = 500 ; TIME = 0.2

or

ALGO = A ; LSUBROT = .FALSE. ; NELM = 500 ; TIME = 0.2

Always check for convergence, and whether all occupancies are 0 or 1.

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3樓2012-08-07 14:39:46

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一個(gè)計(jì)算聲子的軟件phon
程序文件為：
phon.f
reader.f: drdatab.f
set_lattice.f :  sgama.f  :  cubicsym.f , hexsym.f
generate_punti.f
build_supercell.f
get_displ.f
rshell.f :  hpsort.f
numeric_force.f : get_wig.f ,  set_forces.f ,sgama1.f
dyn_mat.f
diagonalize.f :  dsyev.f  ,zheev.f
smooth.f


simpson.f

MODULE
nrtype.f
nrutil.f
data.f

FUNCTION
equiva.f
dlexlib.f

計(jì)算流程為：
!==========================================================================
  ! read in run time variables
  !==========================================================================
  !======================================================================
  ! set lattice
  !=====================================================================
  !---------------------------
  ! Number of phonon branches
  !---------------------------
  !===========================
  ! Build a supercell ?
  !===========================
  !=============================================================================
  ! construct the shell of vectors in real space
  !=============================================================================
  !--------------------------
  ! set the list of vectors
  !--------------------------
  !==========================================================
  ! Write the force constant matrix in the file HARMONIC ?
  !==========================================================
  !==========================================================================
  ! calculate the free energy as the sum of frequencies, you must provide
  ! the file 'QPOINTS' which contains the special points of the BZ
  ! IN RECIPROCAL LATTICE COORDINATES
  !=========================================================================
      !==========================================================================
      ! construct the dynamical matrix
      !==========================================================================
      !==========================================================================
      ! diagonalize the dynamical matrix
      !==========================================================================
      !=====================
      ! density of states
      !=====================
         !==========================================================================
         ! the phonon frequencies are the squares of the matrix eigenvalues
         !==========================================================================
         !-----------------------------------------------------------------------
         ! exclude the acustic mode at gamma and any imaginary frequency
         !-----------------------------------------------------------------------
            !                stop 'negative eigenvalues'
            !----------------------------------------------------------
   !------------------------------------------------------------
   ! print out thermodynamic quantities and writes file THERMO
   !------------------------------------------------------------
   !---------------------------------
   ! writes density of states files
   !---------------------------------
  !============================================================================
  ! calculate phonon dispersions, written in files FREQ and FREQ?
  !===========================================================================
      !==========================================================================
      ! construct the dynamical matrix
      !==========================================================================
      !==========================================================================
      ! diagonalize the dynamical matrix
      !==========================================================================
         !==========================================================================
         ! the phonon frequencies are the square roots of the matrix eigenvalues
         !==========================================================================

[ Last edited by uuv2010 on 2012-8-12 at 16:24 ]

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5樓2012-08-12 16:16:50

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