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uuv2010

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看看應(yīng)用版面做一個blog是不是可以，呵呵

一、關(guān)于DFT計(jì)算的知識體系的建立
個人認(rèn)為如果開一個詳細(xì)的書單的話，可以是這樣（一家之言，歡迎大家批評指正，歡迎大家刪改增添）

1 數(shù)理基礎(chǔ)書單如下：
微積分和數(shù)學(xué)分析引論（R.柯朗 F. 約翰）
漫畫線性代數(shù)（挺有趣的一本書，漫畫中的人物挺好玩的）
數(shù)學(xué)物理方法(R.柯朗)（根據(jù) cgq88的推薦發(fā)現(xiàn)這套書的確不錯，贊）

2.物理化學(xué)基礎(chǔ)書單如下：
物理化學(xué)（傅獻(xiàn)彩）
統(tǒng)計(jì)力學(xué)（李政道）
熱力學(xué)（王竹溪）（ cgq88推薦，多謝）

3.物理基礎(chǔ)書單如下：
量子力學(xué)原理（狄拉克）（這本書對于了解量子力學(xué)的基本概念有很大的好處）
費(fèi)曼物理學(xué)講義（1~3）
朗道物理學(xué)教程（力學(xué)、量子力學(xué)、統(tǒng)計(jì)物理）（很推崇朗道的教學(xué)方法，在學(xué)生的基礎(chǔ)知識方面嚴(yán)格要求）

4.固體物理基礎(chǔ)書單如下：
Introduction to solid state physics(Kittel)
Solid state phycics,(Ashcroft Mermin)(對于學(xué)物理的人來說十本好書，特別喜歡這本)
固體物理學(xué)（黃昆）

5.凝聚態(tài)物理基礎(chǔ)書單如下：
表面與界面（霍夫曼）
凝聚態(tài)物理學(xué)（馮端）
Basic notations of condensed matter physics（Anderson）

6.化學(xué)基礎(chǔ)書單如下：
量子化學(xué)（徐光憲上中下三冊）
Quantum Chemistry（Iran Levine）
Modern Quantum Chemistry: Introduction to Advanced Electronic Structure Theory
（Attila Szabo）

7.群論數(shù)目如下：
群論及其在固體物理中的應(yīng)用（喀興林）
群論在化學(xué)中的應(yīng)用（科頓） http://ishare.iask.sina.com.cn/f/21028991.html
物理學(xué)中的群論基礎(chǔ)(約什) http://ishare.iask.sina.com.cn/f/21754436.html

8.密度泛函理論書單如下：
Electonic structre（Martin）
PLANEWAVES. PSEUDOPOTENTIALS AND THE LAPW METHOD
Density functional theory of atoms and molecules(楊偉濤)（老爺子仍奮斗在DFT理論發(fā)展的前沿ing~）

9.程序類書單如下：
Fortran 程序設(shè)計(jì)（彭國倫）
Perl語言編程（大駱駝書）
Perl語言入門（小駱駝書）

10.其他需要大家推薦的書單：
從上面的書單可以看出，我推薦的書單中缺少矩陣、熱力學(xué)、相對論量子力學(xué)、場論、拓?fù)�、python程序、C語言、shell語言等方面的書，歡迎大家推薦這些方面經(jīng)典的入門教材。如果大家有其他認(rèn)為有助于完善知識體系的書，歡迎推薦！

對于這些書是不是一定要讀的問題，個人認(rèn)為：不了解的地方就找相應(yīng)的書的部分來看看，另外要盡可能找名家的書來看，這樣對于基礎(chǔ)概念的了解很有幫助，不至于被一知半解的書給帶偏了。

[ Last edited by uuv2010 on 2012-8-8 at 11:26 ]

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8樓2012-10-08 13:29:53

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看到版上很多人問graphene的坐標(biāo)的寫法，提供給大家，直接保存為car文件，import進(jìn)MS軟件即可看到構(gòu)型

graphene的坐標(biāo)

CODE:

!BIOSYM archive 3

PBC=ON

Materials Studio Generated CAR File

!DATE Tue Apr 03 11:51:13 2012

PBC    2.4600    2.4600   10.0000   90.0000   90.0000  120.0000 (P1)

C1      -0.000000000    1.420281705    5.000000000 XXXX 1      xx      C   0.000

C2       1.230000037    0.710140852    5.000000000 XXXX 1      xx      C   0.000

end

end

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2樓2012-08-06 15:42:41

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Determining the groundstate energ of atoms
The POTCAR file contains information on the energy of the atom in the reference configuration (i.e. the configuration for which the PP was generated). Total energies calculated by vasp are with respect to this configuration. The reference calculation, however, did not allow for spin-polarisation or broken symmetry solutions, which usually lower the energy for gradient corrected of hybrid functionals. To include these effects properly, it is required to calculate the lowest energy magnetic groundstate using VASP.

Unfortunately convergence to the symmetry broken spin polarized groundstate can be relatively slow in VASP. The following INCAR file worked reasonably well for most elements:

ISYM = 0    # no symmetry
ISPIN = 2    # allow for spin polarisation
VOSKOWN = 1 # this is important, in particular for GGA
            # but not required for PBE potentials
ISMEAR = 0 # Gaussian smearing, otherwise negative occupancies might come up
SIGMA = 0.002 # tiny smearing width to safely break symmetry
AMIX = 0.2 # mixing set manually
BMIX = 0.0001
NELM = 100 # often many steps are required
ICHARG = 1

Execute VASP twice to three times, consecutively with this input file until energies are converged. Furthermore, we recommend to use large slightly non-cubic cells, i.e. 12 Å$\times$13 Å$\times$14 Å. In some cases, we also found it advantageously to use direct energy minimization instead of charge-density mixing

ALGO = D ; LSUBROT = .FALSE. ; NELM = 500 ; TIME = 0.2

or

ALGO = A ; LSUBROT = .FALSE. ; NELM = 500 ; TIME = 0.2

Always check for convergence, and whether all occupancies are 0 or 1.

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3樓2012-08-07 14:39:46

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DFT計(jì)算軟件(補(bǔ)充中……)
VASP
http://www.vasp.at/

QE(PWSCF)
http://www.quantum-espresso.org/

Abinit
http://www.abinit.org/

ELK
http://elk.sourceforge.net/

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4樓2012-08-12 15:25:00

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