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記憶微笑新蟲 (初入文壇)
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[求助]
相互作用力能否用高斯計(jì)算證明
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實(shí)驗(yàn)已經(jīng)證實(shí)一個(gè)酶和底物之間有著很強(qiáng)的結(jié)合理，現(xiàn)在要通過計(jì)算為其提供理論依據(jù)，如果將兩部分結(jié)合的殘基進(jìn)行優(yōu)化，得到的穩(wěn)定結(jié)構(gòu)，那么通過這個(gè)穩(wěn)定結(jié)構(gòu)能否說他們之間的相互作用呢？ ps:酶與底物之間的相互作用力有：氫鍵，鹽橋，疏水作用，范德華力、 要說明這兩部分強(qiáng)的相互作用，還有別的什么辦法么？ 謝謝大家！ |
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2樓2012-08-21 11:30:13
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光從結(jié)構(gòu)上很難說明什么。 圖形化的研究方法見我以前小木蟲上發(fā)的《使用Multiwfn圖形化研究弱相互作用》一帖，可以看出范德華、氫鍵、鹽橋的作用區(qū)域和強(qiáng)度。也可以考慮用probe程序可視化相互作用，見http://kinemage.biochem.duke.edu/software/probe.php mmpbsa計(jì)算結(jié)合自由能各種成分并做能量分解也是常用研究方法，范德華、靜電以及疏水作用能都可以算出來。 |
3樓2012-08-21 15:20:47
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7樓2014-04-20 22:31:26
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